شرط مشروعیت حاکمیت در زمان غیبت، یکی جامع شرایط بودن حاکم است و دیگر این که مردم او را به حاکمیت بپذیرند. اما این حاکمیت به سادگی رابطه ی دو نفر نیست که یکی به دیگری وکالت بدهد و تصرفات او از نامشروع به مشروع تبدیل شود. نقطه ی آرمانی در مشروعیت حاکمیت، پذیرش آن توسط صد در صد مردم است و نقطه ی حضیض کامل، مخالفت صد در صد مردم است.
جماران: برای حفظ نظم جامعه، قوانین باید دقیق، قاطع، صریح و فراگیر باشند. هر ابهام یا اجمالی می تواند نظم جامعه را مختل کند و در جامعه ی بدون نظم، ارباب زر و زور و تزویر، بر سرنوشت مردم مسلط خواهند شد. البته نظم فقط در کنار عدالت می تواند جامعه را به درستی اداره کند. نظم شرط لازم است ولی کافی نیست.
در ماده ی ۴۴۳ قانون آیین دادرسی مدنی، فصل مجزایی، مواعد را بیان می کند: شبانه روز ۲۴ ساعت، هفته هفت روز، ماه سی روز و سال دوازده ماه تعیین شده است. چرا؟ چون نباید در مهلت ها و مدت هایی که در قانون یا حکم قضایی تعیین می شود، هیچ ابهام و اجمالی باشد. در اعتبار حقوقی، فرقی بین قانونی، که با رأی مثبت نصف به اضافه ی یک حاضرین در مجلس تصویب شده، و قانونی که با بالای نود درصد نمایندگان تصویب شده نیست. هم چنین، فرقی بین مقامی که با رأی نصف به اضافه ی یک رأی دهندگان و مقامی که با رأی بیش از نود درصد واجدین شرایط انتخاب شده نیست.
معمولا پس از فراغت از بحث مشروعیت قانونی، مشروعیت سیاسی مطرح می شود. عموما حاکمیتی که مشروعیت سیاسی دارد، مشروعیت قانونی هم دارد، اما نمی توان ادعا کرد هر حاکمیتی که مشروعیت قانونی دارد، مشروعیت سیاسی هم دارد. در واقع، مشروعیت سیاسی کمیتی بین صفر و یک یا رنگی بین سفید و سیاه نیست، بلکه خاکستری است. این رنگ به ندرت سفید یا سیاه می شود.
حاکمیت بر مبنای نظریه ی ولایت فقیه را، از جهت مشروعیت می توان دو گونه دانست:
الف - پیامبر(ص) و امام معصوم(ع) یا نماینده ی خاص آنان، مانند مالک اشتر(ره) و نیز در زمان غیبت، نایب عام، فقیه جامع شرایط، در صورتی که منحصر به فرد باشد. در این چند صورت، مردم شرعا موظف به اطاعت از ولی مزبورند و موافقت یا مخالفتشان تأثیری در این وظیفه ندارد. اگر اطاعت کنند، وظیفه ی خود را انجام داده اند و اگر مخالفت کنند، معصیت کرده اند. البته این که وظیفه ی خود آنها چیست و آیا موظفند در اِعمال حاکمیت نظر مردم را ملاحظه کنند یا نه و اگر مردم آنها را نخواستند چه وظیفه ای دارند، بحث دیگری است.
ب - فقیه جامع شرایط در زمان غیبت امام معصوم(ع) در صورتی که متعدد باشند. در این فرض نظریات مختلفی در چگونگی اِعمال حاکمیت فقهاء متعدد وجود دارد، که قانون اساسی، نظریه ی انتخاب مردم را پذیرفته است. یعنی از چندین فقیه جامع شرایط ولایت، هر کدام را که مردم برگزیدند، حاکمیتش مشروعیت پیدا می کند. نه این که مردم به کسی مشروعیت بدهند، بلکه شارع مقدس، به منتخب مردم اجازه ی اِعمال حاکمیت می دهد. در بسیاری از احکام فقهی نظیر چنین تشریعی وجود دارد. مثلا تصرفات الف در اموال ب مشروعیت ندارد، اما وقتی ب الف را وکیل در تصرفات کند، شارع مقدس به تصرفات الف مشروعیت می دهد.
معلوم شد که شرط مشروعیت حاکمیت در زمان غیبت، یکی جامع شرایط بودن حاکم است و دیگر این که مردم او را به حاکمیت بپذیرند. اما این حاکمیت به سادگی رابطه ی دو نفر نیست که یکی به دیگری وکالت بدهد و تصرفات او از نامشروع به مشروع تبدیل شود. نقطه ی آرمانی در مشروعیت حاکمیت، پذیرش آن توسط صد در صد مردم است و نقطه ی حضیض کامل، مخالفت صد در صد مردم است. در عمل هیچ یک از این دو صورت اتفاق نمی افتد.
در اینجا سیره و روش عقلاء بر این است که تلاش می کنند موافقت حداکثرِ ممکن از مردم تحت حاکمیت را جلب کنند و چون عملا امکان جلب موافقت همه ی مردم وجود ندارد، حاکمیتی که به این ترتیب ولایتش مشروعیت پیدا کرده، باید تا جایی که ممکن است، مصالح و خواسته های اقلیت را هم در حاکمیت خود لحاظ کند، چرا که نپذیرفتن نظر اقلیت در تعیین حاکم، از باب ضرورت است: جامعه بدون حاکم ممکن نیست، ترجیح اقلیت بر اکثریت عقلاً قبیح است، ترجیح اکثریت بر اقلیت، چاره ی تعارض است. اما بر طبق قاعده ی پذیرفته شده در بین فقهاء و بلکه همه ی عقلاء: اقدام ضروری، فقط به اندازه ی رفع ضرورت مجاز است.
با این مقدمات معلوم می شود که بر اساس نظریه ی ولایت فقیه، با قرائت قانون اساسی، موافقت هر یک نفر با حاکمیت، یک درجه به مشروعیت آن اضافه می کند. به عبارتی، رنگ خاکستری مشروعیت حاکمیت را یک درجه به سفید نزدیک تر می کند.
بزرگ ترین نقش را در افزایش یا کاهش مشروعیت حاکمیت، مراجع نهایی به عهده دارند، مانند محاکم تجدید نظر، دیوان عالی کشور، دیوان عدالت اداری، مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت نظام، ریاست جمهوری و در نهایت رهبری نظام. چون این مراجع، در مسائلی که به آنها می رسد، حرف آخر را می زنند، اگر مردم مشکلاتشان را تعقیب کنند و در هریک از این مراجع به بن بست برسند، در این صورت، چون از طریق هنجارهای حاکم بر نظام، به بن بست رسیده اند، حل مشکل خود را در خارج از نظام جستجو می کنند و رواج و کثرت این مشکل، می تواند پایه های مشروعیت نظام را متزلزل کند.