بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران قبل از انقلاب اسلامی و در زمان حضور در نجف امید فراوانی به سید مصطفی پسر ارشد خود داشت. درگذشت او باعث شد تا سید احمد خمینی عهده دار بیت پدر شود. سید احمد برخلاف مصطفی کمتر جنبه علمی و فقهی داشت و بیشتر عهده دار کارهای انقلابی و حکومتی پدر بود.

احمد خمینی به دلیل رابطه عاطفی و کاری و مراقبت نتوانست سطوح بالای علمی و حوزوی را طی کند. سید احمد 5 سال بعد از امام خمینی درگذشت تا پسر ارشدش عهده دار اداره بیت امام شود.

سید حسن خمینی از همان ابتدا سعی کرد از نظر علمی مسیر عموی خود را طی کند. سید حسن به سرعت پله‌های ترقی را طی کرد و توانست در اوج جوانی از یک طلبه تبدیل به یکی از استادان حوزه علمیه قم شود. امروز برخی در حوزه علمیه او را "آیت‌الله" خطاب می‎‌کنند و حتی بعضی از طرفدارانش به وی لقب"علامه" داده‌اند.

[شکست پروژه عبور]

همین رشد علمی باعث شده است تا بسیاری سید حسن را شبیه ترین فرد از خمینی‌ها به امام بدانند. در این میان حتی بسیاری بر این باور هستند که سید حسن خمینی ترکیبی از امام موسی صدر و سیدمصطفی خمینی است.

برخی رفتارهای سیاسی سیدحسن خمینی و نزدیکی او به جریان اصلاحات باعث شد تا جریان افراطی اصول‌گرا به مخالفت با او بپردازد. این مخالفت به حدی بود که "سیدحسن خمینی" را "سیدحسن مصطفوی" خطاب کردند تا با این کنایه به وی بگویند وی مسئول و ادامه دهنده راه امام نیست.

جریان اصول‌گرا برای مقابله با سید حسن خمینی در تلاش بود سیدعلی خمینی برادر کوچک تر او را در برابر برادر علم کنند و به مردم بگویند که سید علی خمینی که امام نیز او را بسیار دوست داشت، نماد واقعی "بیت امام" است. سیدعلی خمینی بسیار مورد توجه امام بود تا جایی که حضرت امام در اهدای یک جلد صحیفه سجادیه درباره او می نویسد: «در صورت او نور علی می بینم.» [علی خمینی همان علی کوچولوی امام است که تصویر امام در حالی که او را می بوسد در آغاز کتاب های درسی دبستان ها قرار دارد].

سید علی خمینی آخرین فرزند سید احمد خمینی است. او هم راه پدر بزرگ، پدر، عمو وبرادارن خود را رفته و همچون آنان معمم شده است. در غیاب حسن خمینی، او مسئول اداره بیت حضرت امام است. علی خمینی در این سال‌ها سعی کرده خود را در قامت یک تئوریسین و نظریه پرداز معرفی کند و این را می‌شود در سخنان او مشاهده کرد. گفته می شود نظارت عالیه بر نشریه حرم امام - نشریه آستان مقدس امام خمینی- بر عهده اوست.

او داماد سید جواد شهرستانی است که خود داماد آیت الله سیستانی، مرجع عالی شیعه مقیم نجف است بدین ترتیب علی خمینی حلقه اتصال دو بیت خمینی و سیستانی شده و شاید دو مکتب قم و نجف.

در آیین هایی که اصول‌گرایان می‌خواهند نماینده‌ای از بیت امام شرکت کند، معمولا قرعه را به نام سید علی خمینی می‌زنند. نمونه آخر آن مراسم پانزدهین سالگرد رحلت آیت الله صالحی مازندرانی در مصلای شهر قائم شهر بود.

بر اساس آنچه سایت جماران گزارش داده در این مراسم امام جمعه قائم شهر در سخنانی انتقادهایی جدی و غیر منتظره را نسبت به یادگار امام مطرح می‌کند و البته با پاسخ‌های سید علی روبرو می‌شود.

علی خمینی در دفاع از برادر ارشدش می‌گوید:

« من تا به حال در منبری از حاج حسن آقای خمینی اسم نبرده بودم. ما خبر داریم کسانی در خارج کشور و دنباله های داخلی برنامه ریزی کرده بودند و یکسری غرض ورزی ها وجود داشت که ایشان را از رهبری و نظام جدا کنند. چون امام جمعه گفتند من اسم می برم؛ خیلی از این کسانی که این حرفها را می زنند و می گویند شما کجا بودید و می گویند از ولایت دفاع کنید؛ تو ندیدی! (تکبیر مردم) این درد است که خانواده امام پشت سر رهبری بوده و هست و این محبت رهبری را نمی دانم نسبت به کسان دیگری دارد یا نه. دشمن نمی خواهد اینها دیده بشود!

در انتخابات خبرگان که برادر ما را ردصلاحیت کردند، ایشان چه کار کرد؟ دشمنان ما را ناامید کردند. هفته قبل از ثبت نام ایشان و رهبری با هم صحبت کردند؛ دو هفته بعد ردصلاحیت دوباره ملاقات کردند و به خدمت ایشان رفتند. رهبری هم در زمان سالگرد امام به حرم امام آمدند. اگر شما بعد از سالها تدریس در حوزه علمیه ردصلاحیت شوید، در حالی که هرروز حداقل دویست سیصد نفر سر درس شما هستند به شما می گفتند تو بی سوادی، چه می کردید؟! اگر بحث امتحان است، آیت الله مومن گفتند امتحان لازم نیست. نمی خواهم تک تک آقایان را اسم ببرم، اما همه مى دانند علت رد صلاحیت ایشان امتحان نبود و آقایان شاهرودی، مومن و آیت الله یزدی گفتند مسأله، امتحان نبود! هرکس دیگر بود در چنین شرایطی حرکتی می کرد. اما کلمه ای گله و شکایت از امام و انقلاب و رهبری از حاج حسن آقا ندیدیم »

این سخنان نشان می‌دهد که سید علی بر خلاف تمام تلاش‌ها، سید حسن خمینی را نماد و مدیر بیت امام می‌داند و حاضر نیست تکیه به جایگاه او بزند.

سخنان روز گذشته سید علی خمینی را می‌شود شکست  طرح کنار گذاشتن سید حسن خمینی دانست. در کنار این مسئله سید علی خمینی با اعلام مواضع سید حسن خط بطلانی بر پروژه قرار دادن یادگار امام در برابر رهبری کشید.