به گزارش انصاف نیوز، این روزنامه که ۸۷۰ میلیون تومان به موسسه ی روزنامه ی ایران بدهی دارد، سه شنبه شب در اطلاعیه ی کوتاه و مبهمی اعلام کرد: «به اطلاع می‌رسانیم به دلیل اخلالی که ماموران یکی از نهادها در فرایند کاری روزنامه ایجاد کردند، متاسفانه چاپ وطن امروز برای شماره فردا مورخ ۶ مرداد عملا امکان‌پذیر نیست و روزنامه چهارشنبه منتشر نمی‌شود».

مهدی محمدی، از روزنامه نگاران جریان همسوی کیهان نیز در این باره در کانال تلگرامی خود بدون اشاره به بدهی سنگین این روزنامه نوشت: «اين اطلاعيه را برادران من در وطن امروز دقايقي قبل منتشر كرده اند. اينكه ماجرا چيست بماند اما مدت هاست روشن است عدم انتشار وطن امروز به آرزوي ديرين كساني تبديل شده كه از طنين صداي خلاقيت انقلابي و ضرب شست صلابت مومنانه آن در عذابند». روزنامه ی وطن امروز پس از شکست انتخاباتی در سال ۹۲ برای مدتی منتشر نشده بود؛ این احتمال می رود که حالا نیز به دلیل تیراژ بسیار پایین به دنبال تعطیلی موقت روزنامه باشند.

خبرگزاري ایرنا امروز ۵ مرداد ماه ۹۵ گزارش داد: روزنامه وطن امروز یکی از بدهکاران بزرگ به روزنامه ایران است که از پرداخت بدهی سنگین خود به موسسه فرهنگی مطبوعاتی ایران امتناع می کند. یک مقام مسئول در روابط عمومی روزنامه ایران گفت: روزنامه وطن امروز با مدیریت مهرداد بذرپاش که از دولت های نهم و دهم حمایت می کرد در فاصله مهرماه ۸۷ تا آذرماه ۸۹ با امکانات متعلق به روزنامه ایران به چاپ می رسید و هزینه های کاغذ، چاپ و توزیع آن را موسسه ایران پرداخت کرده است. درپی توقف این روند،هزینه های چاپ، کاغذ، لیتوگرافی و توزیع روزنامه ‘ وطن امروز’ با قیمت تمام شده محاسبه شد و مسوولان آن روزنامه طی صورتجلسه ای که به امضا رساندند، متعهد به پرداخت بدهی خود شدند. میزان این بدهی بیش از هفت میلیارد ریال است. اما از آن زمان تاکنون علیرغم تمامی پیگیریها، مدیریت روزنامه وطن امروز از پرداخت بدهی ها خودداری می کند. امتناع گردانندگان وطن امروز از پرداخت این بدهی علیرغم مدارک روشن و آشکار، باعث ارجاع پرونده به مراجع ذیصلاح شد و بازهم علیرغم تایید مدارک و ادعای موسسه ایران، هنوز مسوولان وطن امروز حاضر به پرداخت این بدهی نیستند. روزنامه وطن امروز در هفته های اخیرعکس، تیتر و مطالب زیادی را به فیش های حقوقی غیرمتعارف و ضرورت بازگرداندن آن ها به بیت المال اختصاص داده است.

در ۲۰ آذر سال ۹۲ نيز خبرگزاری ایرنا به نقل از یک منبع آگاه نوشت: زمانی که موسسه ایران از وطن امروز شکایت کرد، حداقل هزینه ها درنظر گرفتند در حالی که اگر هزینه های واقعی را لحاظ می کردند بدهی وطن امروز به موسسه ایران خیلی بیشتر می شد. وطن امروز از اواسط سال ۸۷ تا اوایل سال ۹۰ در موسسه ایران چاپ شد و تمامی امورات چاپ مربوط به این روزنامه اعم از کاغذ، لیتوگرافی و چاپ در این موسسه صورت می گرفت. اواخر دولت دهم، اختلافاتی بین مهرداد بذرپاش و اسنفدیار رحیم مشایی بوجود آمد و چاپ وطن امروز در موسسه ایران متوقف شد. پس از آن نه تنها چاپ روزنامه وطن امروز در موسسه ایران متوقف شد بلکه به خاطر بدهی های تسویه نشده روزنامه ایران شکایت کرد. این شکایت مربوط به دوره دولت دهم است و شکایت جدیدی نیز نشده است ، البته پیگیر آن شکایت هستیم چون اموال موسسه است، باید بازگردد و به طور قطع از راه های قانونی این مساله را پیگیری می کنیم.

وی در پاسخ به این سوال که آیا چاپ روزنامه وطن امروز در موسسه ایران براساس قرارداد صورت می گرفت یا خیر افزود: یک قرارداد یکساله وجود داشته و بعد از یکسال نیز بدون قرار داد ادامه دادند. چاپ روزنامه وطن امروز در موسسه ایران مربوط به دوران مدیریت کاوه اشتهاردی بوده و در زمان علی اکبر جوانفکر از این روزنامه شکایت شده است.