باری، همّت علاقه‌مندان کتاب الهی تنها به قرائت و حفظ آیات قرآن خلاصه نمی شد، بلکه درصدد تعلیم و تعلّم قرآن نیز برمی‌آمدند و با پرسش‌های گوناگون از محتوای کتاب الهی مطلع می‌شدند و بعضاً جهت روشن شدن آیات قرآن، پیامبر اکرم(ص) به تبیین کلمات غریب و توضیح و تفسیر آنها می‌پرداختند. این رویکرد بعد از رحلت پیامبر، خیزش بیشتری به خود گرفت و طبیعتاً هرچه از دوران قرآن می‌گذشت، احتیاج به تفسیر و تبیین کتاب الهی بیشتر حس می شد، تا آنجا که یاران و اصحاب پیامبر به تربیت شاگردان پرداخته و حوزه های درس تفسیری تشکیل دادند و بدین گونه آیات الهی را برای علاقمندان و معتقدان به قرآن، تفسیر و تبیین می کردند. در گذر زمان گفته های مفسّران تدوین گشت و به صورت مجموعه های مدوّن در آمد، به گونه ای که شاید بتوان کتاب های "غریب القرآن" را که در واقع تفسیر کلمات غریب قرآن است، اوّلین کتب تفسیری مدوّن دانست. اما در سده های بعد که آرا و عقاید گوناگون رخ نمود، نگاه به قرآن و آیات الهی از دیدگاه های مختلف مطرح گردید و تنها به بیانات ائمه(ع) اکتفا نشد و در کنار کلمات امامان معصوم(ع)که بعدها به عنوان تفسیر مأثور تدوین یافت، تفاسیر دیگری ظهور کرد.بررسی تفاسیر مختلف و روش های مفسّران أعم از تفاسیر عقلی، فلسفی،کلامی و… بحث های مفصلی را به خود اختصاص داده است و کتاب های زیادی در این باره تألیف شده است که نقد و بررسی همه آنها مجالی فراختر می طلبد. باری در میان تفاسیر نگاشته شده بر قرآن گرامی،برخی از آنها از جامعیت ویژه ای برخوردار است و در واقع نگاهی چندگانه به آیات الهی شده است. این گونه تفاسیر،تنها تفسیر روایی،عقلی، فلسفی،ادبی،کلامی و جزآن نیست، بلکه مجموعه ای از علوم و روش های مختلف در آنها جمع شده است. مفسّران عالی قدر این تفاسیر بر آن بوده اند که در حدّ توان خود،در تفسیر آیات الهی همهٌ جوانب را در نظر بگیرند و از منظرهای گوناگون به قرآن نگاه کنند و آنگاه به تفسیر آیات بنشینند. طبعاً این گونه تفسیر برخاسته از دقت و ژرف اندیشی مفسّر آن است و از عهدهٌ هر کسی بر نمی آید.در میان معاصران کم و بیش از این گونه تفاسیر به چشم می خورد. گرچه همه آنها در یک ردیف نیستند و از سطح های مختلف برخوردارند، لکن نسبت به تفاسیری که از یک جنبه به آیات قرآن نظر کرده اند جامعیت بیشتری دارند که در جای خود نقد و بررسی و مقایسه ای بین آنها ضرور می نماید.

تفسیر قرآن مرحوم سید مصطفی خمینی(ره)_ چاپ قدیم:

در میان تفاسیری که به جامعیت معروف اند، تفسیر حاج آقا مصطفی(ره) از جایگاه ویژه ای برخوردار است، زیرا مسایل طرح شده در ذیل هر یک از آیات گویای توجه و نگرش خاص آن شهید بزرگوار است. پرداختن به مسایل مختلف کلامی، فلسفی، عرفانی، روایی و نیز علوم غریبه مانند علم اعداد و ذکر مسایل فقهی که تقریباً در ذیل تمامی آیات به چشم می خورد و بیان مسایل علم اصول به تناسب خاص، همه و همه حکایت از سطح علمی و پژوهشی معتنابه این تفسیر دارد و کاوش در تمامی ابعاد آن نیاز به مقالات مفصل و عمیقی دارد که فرصتی دیگر می طلبد.

شهید حاج آقا مصطفی،بنا به سیرهٌ بسیار سودمند و ارجمند گذشتگان ابتدا این تفسیر را درس می گفته اند و در ضمن می نوشتند و بر آن افزوده هایی را می افزودند،چرا که در درس و بحث و گفت و گوهای عالمانه و نقادانهٌ هنگام درس نکاتی به ذهن می آید که در نگارش معمولی به آنها نمی توان دست یافت.لذا در بسیاری موارد نسخه خطی این تفسیر که به دست مبارک مؤلف نگارش یافته است تقریباً در هر چند صفحه جملهٌ "تتمه دارد" به چشم می خورد که بعداً در صفحاتی آن تتمه آمده است. آنچه از این تفسیر سال ها قبل به همّت والای حضرت حجت الاسلام و المسلمین آقای محمّد سجّادی اصفهانی که خود از شاگردان آن مرحوم بوده،به چاپ رسیده است،تمامی دست نوشته های آن شهید بزرگوار است که تنها سورهٌ حمد و از آیهٌ 1 تا 46 سورهٌ بقره است.این تفسیر در چهار جلد و در قطع وزیری توسط سازمان چاپ و انتشارات وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به چاپ رسیده است و به سبب اینکه سالیانی قبل و به دست یک نفر تحقیق شده است، دچار اشکالاتی است که البته این اشکالات هرگز از ارزش و زحمت مصحح ارجمند آن نمی کاهد و همّت جناب آقای سجّادی در آن دوران که هیچ اطلاع و یا سخنی از این کتاب نزد علاقمندان به قرآن و قرآن پژوهان نبوده، بسیار پرقدر و ارجمند است.

اشکالات چاپ موجود کتاب که برخی از آنها در چاپ جدید که به همّت برگزار کنندگان کنگره بیستمین سالگرد شهادت آن فرزانه برطرف شده است، عبارت‌اند از:

١.اغلاط مطبعی که در هر صفحه تقریباً به چشم می خورد.

٢.افتادگی برخی از صفحات که در نسخه خطی موجود است. 

 ٣.جابجایی تعدادی از صفحات که در مواردی تفسیر یک آیه، ذیل آیهٌ دیگر رفته است و یا مثلاً بحث ادبی در ذیل بحث کلامی آورده شده است.                                      

٤.چاپ موجود فاقد یک فهرست دقیق و حساب شده از مطالب کتاب است.

٥.علاوه بر فهرست مطالب،هیچ  گونه فهرست فنی و ضروری دیگری مانند فهرست آیات،روایات،اعلام و مآخذ و… ندارد.  و…

البته برخی از آنچه یاد شد به مصحح گرانقدر برنمی گردد بلکه مشکلات فراوانی که در نسخه اصلی وجود داشته بعضاً موجب شده است که کار به درستی سامان نیابد. برای نمونه مرحوم حاج آقا مصطفی، بحثی را نوشته اند و تمام شده فرض کرده اند و بحث دیگری را در پی آن آغاز کرده اند بعداً خواسته اند مطلبی را به آن اضافه کنند،نوشته اند:"تتمه دارد".سپس در جایی دیگر این تتمه را بحث کردند و مرقوم داشته اند:"تتمهٌٌ صفحهٌ…".از این موارد بسیار زیاد است؛و یا شمارهٌ برخی از صفحات تکرار شده است که باعث شده با هم اشتباه شود و تشخیص اینکه هر صفحه مربوط به کجاست از روی مطالب بوده است.  

تفسیر قرآن مرحوم سید مصطفی خمینی(ره)_ چاپ جدید:

در چاپ جدید این تفسیر،نکات لازمی مورد توجه قرارگرفته است که بر اتقان این تفسیر افزوده است: 

١.تصحیح و تجدید نظر در این کتاب به دو ـ سه نفر سپرده شده تا هم سرعت عمل بیشتر باشد و هم دقت نظر.

٢.در جلد اوّل و مقداری از جلد دوّم از چاپ قبلی پاورقی هایی وجود دارد که بسیار مفید و ارزشمند است و متأسفانه جلد سوّم و چهارم فاقد آن است که در چاپ جدید،تمامی اثر تحقیق شده و پاورقی های سودمندی به آن افزوده شده است.

٣.در بحث های مختلفی که حاج آقا مصطفی از افراد یا منابعی نقل می کنند، استخراج و منابع یابی شده است و در حدّ امکان به منابعی که آن شهید بزرگوار مراجعه کردند آدرس داده شده،مگر آنجا که نسخهٌ ارجاعی در دسترس نبوده،به نسخه های دیگر منبع و یا منابع اصلی ارجاع داده شده است. 

٤.آنچه اکنون از نسخهٌ اصلی در دست است مقداری کمتر از آن چیزی است که اکنون به چاپ رسیده و ظاهراً برخی از صفحات گم شده است که در این موارد از نسخهٌ چاپ شده استفاده شده است. 

٥.در چاپ جدید ویرایش صوری انجام گرفته است که چاپ قبلی فاقد آن است.  

٦.عنوان گذاری کتاب:در این چاپ کار سودمندی که انجام گرفته است عنوان گذاری خوب و قابل توجه است، البته تا حدودی از عناوین نسخهٌ اصلی استفاده شده و بقیه با ملاحظهٌ متن عنوان گذاری شده است و در نتیجه باعث شده، مباحثی که در چاپ قبلی تداخل پیدا کرده،مجزا شود و هرکدام با عنوان خودش بیاید و پاراگرافها به صورت دقیق و مشخص آورده شود.

٧.متأسفانه در چاپ جدید نیز به جهت فرصت کمی که برای محققان دانشور آن بوده است،فهرست نویسی های فنّی تهیه نشده است و کتاب فاقد فهرست هایی از این قبیل است،لکن به جهت اینکه عناوین با دقت و وسواس بیشتری نوشته شده است و بحث ها مجزا گردیده،فهرستی که از مطالب تهیه شده است بسیار راهگشاست،به ویژه آنکه تمام عناوین ریز و درشت در فهرست آمده است. البته تهیهٌ فهرست های فنی در آینده میسور است که امیدواریم محققان این مجموعه غفلت نکنند و به صورت ضمیمهٌ تفسیر منتشر سازند.       

این مجموعه اکنون در پنج جلد همزمان با کنگرهٌ بزرگداشت بیستمین سالگرد شهادت آن شهید بزرگوار منتشر شده است. به هر حال مجموعه ای که با نام تفسیر قرآن از آن شهید اندیشمند و بزرگوار بر جای مانده علاوه بر اینکه میراثی ماندگار است،اگر به پایان می رسید،آن گونه که خود آن بزرگوار در جایی از آن یاد کرده اند "ناسخ التفاسیر" بود،چرا که جامع همه آنها و ناظر بر همه تفاسیر،به ویژه تفاسیر معاصر است و نیز کامل کننده آنهاست. در جای دیگر شهید بزرگوار کتاب را با عنوان "مفتاح احسن الخزائن الالهیه" نامیده اند که در چاپ جدید در ادامه و توضیح اسم کتاب آمده است: ("تفسیر القرآن الکریم،مفتاح احسن الخزائن الالهیه")

امید آنکه عالمان دیگری از سلالهٌ پاکان، آستین همّت بالا زنند و در تکمیل این تفسیر گرانسنگ بکوشند و میراث ماندگار دیگری را بر تراث ارزشمند شیعه بیفزایند. لازم به یادآوری است که برخی از آنچه در نقد و معرفی این تفسیر آورده ایم، مرهون عنایت و همراهی برادر ارجمند جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای بروجردی، مسئول محترم اسبق مؤسسهٌ تنظیم و نشر آثار امام(ره) در قم می باشیم.