جماران، اول آبان ماه بود. کوچه خلوت یکی یکی آدم ها را در خود جای می داد. خبر به گوش اهالی رسیده بود و همه مبهوت مانده بودند که چه شده است؟ باید خبر را به امام خمینی (س)  می رساندند. همه نگران بودند که واکنش امام چیست. مرحوم دعایی به این نکته اشاره کرده و گفته است: 

حضرت امام در برخورد با فاجعه شنیدن شهادت فرزندشان در چند مرحله عکس العمل نشان دادند. اول در لحظه شنیدن این خبر دردناک بود. دوم در لحظه ای که سر مزار پسر حاضر شد و سوم لحظه ای است که به منزل فرزندش سر زد و دلداری داد. این سه مرحله بسیار تکان دهنده بود. 

امام در آن لحظه با یک حالت توجه و تمرکز به ذات متعال و حالت ملکوتی خاص سعی می کند با خیره شدن به دستش، بر اعصابش تسلط یابد و علاقه و حب فرزندش را برای رضای خداوند از قلبش بیرون بیاورد و به جای آن حب خدا و تسلیم در برابر مشیت خداوند را قرار دهد و راضی به رضای او باشد. بدیهی است که این حالت باعث آرامش می شود و هیچ کس نمی تواند مدعی باشد که امام را در غم شهادت فرزندش گریان دیده است. یعنی امام برای شهادت فرزندش در جمع اشک نریخت.

البته دوستان و نزدیکان امام ناراحت بودند و می ترسیدند که ایشان به دلیل فشار وارده بر قلبشان سنگکوب کنند. بنابراین تصمیم گرفتند در مجالسی که جمع می شدند، به افرادی که روضه می خواندند بگویند روضه و مصیبتی را که امام به آن حساس بودند و هنگام شنیدن آن زیاد اشک می ریختند (و آن مصیبت حضرت زهرا(ع) بود) بخوانند. امام این قدرت روحی را داشتند که در جمع و در حضور دیگران بنا به مصالح غیرشخصی از گریه کردن خودداری کنند. ولی در تنهایی و مخصوصاً در حالت خاصِ خلوت با خدای خویش اشک می ریختند. (گوشه ای از خاطرات حجت الاسلام و المسلمین سید محمود دعایی؛ ص 152-153)

مرحوم دعایی درباره چگونگی حضور امام در مراسم تشییع حاج آقا مصطفی خمینی هم اینطور نقل کرده است: 

بعد از 24 ساعت به دستور امام عمل شد و مراسم تشییع جنازه انجام گرفت. امام رسمش این بود که 5 دقیقه قبل از تشییع جنازه می رفت و در جمع تشییع کنندگان حضور پیدا می کرد سپس مسافتی را بین پنجاه تا صد متر به عنوان تشییع دنبال جنازه می رفت و بعداً از تشییع کنندگان جدا می شد و به منزل بر می گشت. آن روز برای فرزندش هم همین کار را کرد، یعنی هیچ تفاوتی قائل نشد. امام مثل کوه استوار بود. با حضور در مسجد جواهری که جنازه فرزندشان در آنجا آماده تشییع بود اول فاتحه خواندند بعد بلند شدند و دنبال جنازه راه افتادند پنجاه تا صد قدم دنبال آن حرکت کردند سپس فاصله گرفتند و به داخل اتومبیل رفتند و به خانه آمدند. البته اهل بیت و علاقه مندان و دوستان جنازه را تشییع کردند و به خاک سپردند. معمول است که بعد از خاک سپاری سراغ صاحب عزا می آیند. آنها هم آمدند. در خانه امام همه به سختی گریه می کردند و اشک می ریختند ولی امام مثل کوه استوار و راضی به رضای الهی بود. اتفاقاً وقتی از تشییع جنازه برگشت، وقت مطالعات متفرقه امام بود. امام به محض رسیدن هیچ تفاوتی قائل نشد و در اتاق شروع به مطالعه کردند.

امام برای اولین بار که بر سر مزار فرزندشان رفتند، برخورد ویژه ای داشتند. اول به حرم رفتند و زیارت کردند، بعد از زیارت تصمیم گرفتند که بر سر مزار فرزند حاضر شوند. دوست و دشمن مراقب ایشان بود که امام برای اولین بار با این مسأله چگونه برخورد می کنند. حاج آقا مصطفی در مقبره مرحوم کمپانی واقع در ایوان طلای حضرت امیر پشت مقبره علامه حلی دفن شده بود. مرحوم کمپانی از فلاسفه و علمای بسیار بزرگ و شریف عصر بود. امام به مقبره رفت. وقتی وارد شد پرسید: قبر مصطفی کدام است؟

خوب، همه با صدای بلند می گریستند. با بغض اشاره کردند. ایشان فاتحه ای خواندند و به حضار گفتند که برای مرحوم کمپانی هم فاتحه بخوانید. بعد به سایر قبور اشاره کردند و گفتند برای آنها هم فاتحه بخوانید. سپس بلند شدند و بیرون آمدند. علاقه مندان به دنبال ایشان بودند.

(گوشه ای از خاطرات حجت الاسلام و المسلمین سید محمود دعایی؛  ص 153-155)