جماران، امام خمینی (س) در هشتم فروردین ماه سال ۶۸ مطابق با بیستم شعبان سال ۱۴۰۹ در نامه ای خطاب به مرحوم آیت الله حسینعلی منتظری با استعفای وی از قائم مقامی رهبری موافقت کردند. متن نامه امام و آیت الله منتظری به شرح زیر است:

[‌‌بسم الله الرحمن الرحیم. محضر مبارک آیت الله العظمی امام خمینی ـ مدظله العالی‌

‌‌پس از سلام و تحیت، مرقومۀ شریفه مورخ 6 / 1 / 68 واصل شد. ضمن تشکر از ارشادات و‌‎ ‎‌راهنماییهای حضرتعالی به عرض می رساند، مطمئن باشید همان طور که از آغاز مبارزه تاکنون در همۀ‌‎ ‎‌مراحل همچون سربازی فداکار و از خود گذشته و مطیع در کنار حضرتعالی و در مسیر اسلام و انقلاب‌‎ ‎‌بوده ام، اینک نیز خود را ملزم به اطاعت و اجرای دستورات حضرتعالی می دانم؛ زیرا بقا و ثبات نظام‌‎ ‎‌اسلامی مرهون اطاعت ازمقام معظم رهبری است. برای هیچ کس قابل شک نیست که این انقلاب عظیم‌‎ ‎‌تا کنون در سایۀ رهبری و ارشادات حضرتعالی از خطرات مهمی گذشته؛ و دشمنان زیادی همچون‌‎ ‎‌منافقین کوردل، که دستشان به خون هزاران نفر از مردم و شخصیتهای عزیز ما و از جمله فرزند عزیز‌‎ ‎‌خود من‌‎[1]‎‌ آغشته است، و سایر جناحهای مخالف و ضد انقلاب و سازشکار و لیبرال مآبهای کج فکر‌‎ ‎‌را رسوا و از صحنه خارج نموده است. آیا جنایات هولناک و ضربات ناجوانمردانۀ این روسیاهان‌‎ ‎‌کوردل به انقلاب و کشور و ملت عزیز و فداکار ما فراموش شدنی است؟ و اگر بلندگوهای آنان و‌‎ ‎‌رادیوهای بیگانه خیال می کنند با جوّسازیها و نشر اکاذیب و شایعه پراکنیها به نام اینجانب می توانند به‌‎ ‎‌اهداف شوم خود برسند و در همبستگی ملت ما رخنه کنند، سخت در اشتباهند.‌

و راجع به تعیین اینجانب به عنوان قائم مقام رهبری، خود من از اول جداً مخالف بودم؛ و با توجه به‌‎ ‎‌مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین اینجانب به‌‎ ‎‌مصلحت نبوده است. و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحاً اعلام می کنم. و از حضرتعالی تقاضا‌ ‎‌می کنم به مجلس خبرگان دستور دهید مصلحت آیندۀ اسلام و انقلاب و کشور را قاطعانه در نظر‌‎ ‎‌بگیرند. و به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبۀ کوچک و حقیر در حوزۀ علمیه به تدریس و‌‎ ‎‌فعالیت های علمی و خدمت به اسلام و انقلاب، زیر سایۀ رهبری حکیمانۀ حضرتعالی، اشتغال داشته‌‎ ‎‌باشم. و اگر اشتباهات و ضعفهایی که لازمۀ طبیعت انسان است رخ داده باشد، ان شاءالله با رهبریهای‌‎ ‎‌حضرتعالی مرتفع گردد.‌

و از همۀ برادران و خواهران عزیز و علاقه مند تقاضا می کنم مبادا در مورد تصمیم مقام معظم‌‎ ‎‌رهبری و خبرگان محترم، به بهانۀ حمایت از من، کاری انجام دهند و یا کلمه ای بر زبان جاری نمایند؛‌‎ ‎‌زیرا مقام معظم رهبری و خبرگان جز خیر و مصلحت اسلام و انقلاب را نمی خواهند. ‌

امید است این شاگرد مخلص را همیشه از راهنماییهای ارزندۀ خود بهره مند، و از دعای خیر‌‎ ‎‌فراموش نفرمایید.

والسلام علیکم و رحمة الله و برکاته.‌

‌‌7 / 1 / 68 ـ حسینعلی منتظری‌‌]‌

‌‌بسم الله الرحمن الرحیم‌

‌‌جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای منتظری ـ دامت افاضاته‌

‌‌با سلام و آرزوی موفقیت برای شما، همان طور که نوشته اید رهبری نظام جمهوری‌‎ ‎‌اسلامی کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما‌‎ ‎‌می خواهد. و به همین جهت، هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم، و در‌‎ ‎‌این زمینه هر دو مثل هم فکر می کردیم. ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند؛ و من هم‌‎ ‎‌نمی خواستم در محدودۀ قانونی آنها دخالت کنم. از اینکه عدم آمادگی خود را برای‌‎ ‎‌پست قائم مقامی رهبری اعلام کرده اید پس از قبول، صمیمانه از شما تشکر می نمایم.‌‎ ‎‌همه می دانند که شما حاصل عمر من بوده اید؛ و من به شما شدیداً علاقه مندم. برای اینکه‌‎ ‎‌اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می کنم که بیت خود را از افراد ناصالح‌‎ ‎‌پاک نمایید؛ و از رفت و آمد مخالفین نظام، که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی‌ خود را جا می زنند، جداً جلوگیری کنید. من این تذکر را در قضیۀ «مهدی هاشمی»‌‎[2]‎‌ هم‌‎ ‎‌به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می بینم که شما فقیهی باشید که نظام و‌‎ ‎‌مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغهای رادیو بیگانه متأثر نباشید. مردم ما‌‎ ‎‌شما را خوب می شناسند، و حیله های دشمن را هم خوب درک کرده اند که با نسبتِ هر‌‎ ‎‌چیزی به مقامات ایران کینۀ خود را به اسلام نشان می دهند.‌

‌‌طلاب عزیز، ائمۀ محترم جمعه و جماعات، روزنامه ها، و رادیو ـ تلویزیون، باید برای‌‎ ‎‌مردم این قضیۀ ساده را روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر‌‎ ‎‌هر چیز است، و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان شاءالله با درس و بحث خود حوزه و‌‎ ‎‌نظام را گرمی می بخشید.

والسلام علیکم.‌

‌‌8 / 1 / 68‌

‌‌روح الله الموسوی الخمینی‌"

۱ـ شهید محمد منتظری که در فاجعۀ انفجار ساختمان مرکزی حزب جمهوری اسلامی، واقع در سرچشمۀ تهران همراه با دهها تن از شخصیتهای مذهبی و سیاسی دیگر به شهادت رسید.

۲ـ سید مهدی هاشمی از جمله افرادی بود که پیش از انقلاب به اتهام معاونت در قتل آقای شمس آبادی دستگیر و محکوم شد. او پس از پیروزی انقلاب از زندان آزاد شد و به مسئولیتهای مهمی نیز گمارده شد؛ اما بزودی چهرۀ واقعی خود را نشان داد و با شرکت در چند فقره جنایت و اعمال خلاف قانون از سوی دادگاه محاکمه و به اعدام محکوم شد و حکم دربارۀ او به اجرا درآمد.

صحیفه امام؛ ج ۲۱، ص ۳۳۳-۳۳۵