جماران، بیست و چهارم آبان ماه سال 60 بود که روح بلند علامه طباطبایی، مهمان ملکوتیان شد. حاج شیخ علی عراقچی از شاگردان ایشان که اسفار را نزد ایشان خوانده، در خاطرات خود به جوسازی هایی که علیه تدریس فلسفه به وسیله علامه صورت می گرفت پرداخته و اینگونه نقل خاطره کرده است:

یادم هست یک شب درس فلسفه در منزل شهید بهشتی بود، وقتی وارد منزل شدم و نشستم، هنوز استاد تشریف نیاورده بودند، دیدم صحبت بر سر موضوع اخیر است که با موضع گیری آیت الله بروجردی که نهی فلسفه فرمودند، چه کنیم؟ چون ایشان رئیس حوزه است، مرجع کل جهان اسلام و تشیع است؛ مرجعیت مطلق دارد، چه باید کرد؟ روش عقلایی چیست؟ آن طوری که یادم هست این بحث ها میان آقای بهشتی و آقای سید ابراهیم خسروشاهی رد و بدل می شد. آقای خسروشاهی داماد مرحوم حاج شیخ عباس تهرانی و از شاگردان سرشناس درس فلسفه علامه بود. چند لحظه گذشت حضرت علامه تشریف آوردند. وقتی نشستند از فضای جلسه فهمیدند یک صحبت  هایی هست، فرمودند: چی شده؟ گفتند در مورد واقعه اخیر صحبت می کردیم. ایشان فرمودند: من فردا به درس خواهم رفت. منظورشان درس عمومی فلسفه بود که در مسجد سلماسی داشتند. بعد معلوم شد ایشان با آقای بروجردی صحبت کردند و آقای بروجردی فرموده بودند: حالا که می  خواهید تدریس کنید، حداقل اسفار را مدتی تعطیل کنید و فعلاً شفای بوعلی را بگویید. علامه هم قبول کرده بودند.

علتش این بود که اسفار مقداری با مسائل عرفانی آمیخته است و مخالفین هم بیشتر با عرفان مخالفت داشتند تا با فلسفه. برای این که عرفان بیشتر به ذوقیات تکیه دارد و خیلی برهانی نیست و گاهی نیز با کشف و مکاشفه سروکار دارد، ولی کتاب شفا این طور نیست. از همین پیشنهاد آقای بروجردی می توان استفاده کرد که ایشان مخالف این مسائل نبوده و فقط می خواستند به گونه  ای این سر و صداها و مخالفت ها برچیده بشود. 

 وقتی این توافق حاصل شد، فردایش به مسجد سلماسی رفتم، دیدم علامه طباطبایی تشریف آوردند و درس فلسفه را از اول شفا شروع کردند. آن وقت کتاب شفای بوعلی هم خیلی کمیاب بود. من هم خیلی مایل بودم در محضر علامه باشم ولی کتاب شفا نداشتم. از قبل می  دانستم آقای شیخ محمد شاه آبادی، پسر بزرگ مرحوم شاه آبادی (استاد عرفان امام) این گونه کتاب ها را دارند و از مرحوم پدرشان به ارث برده اند، چون با ایشان آشنایی و رفاقت داشتم، به  طور امانت از وی درخواست کتاب کردم، او هم با کمال خوشرویی کتاب را داد. 

مدتی در درس شفای علامه حاضر شدم، اندکی بعد دیدم مطالبش سنگین است و هنوز در حد من نیست. به علاوه، شفا با اسفار خیلی فرق می کند، متن اسفار روان و ساده است و با قلم غیر مغلق نوشته شده است و مطالب را باز کرده و توضیح می دهد. حتی وقتی آدم خودش مطالعه می کند، می تواند یک چیزهایی استفاده بکند. ولی شفا این طور نیست، متن ثقیل دارد و بسیاری از مطالب را تلگرافی عنوان می کند و خشک خشک است، اصلاً آب نمی پاشد. به این سبب من ادامه ندادم و کتاب آقای شاه آبادی را هم پس دادم. مدتی صبر کردم، این حرف و حدیث ها تمام شد و مرحوم علامه دوباره اسفار شروع کردند و من از همان جایی که خوانده بودم، در محضر ایشان، مطالب اسفار را ادامه دادم. به یاد دارم وقتی در اسفار به بحث «عشق» رسیدیم، آقای طباطبایی این قسمت را تدریس نفرمود و گفتند: بماند و از فصل بعدی شروع کرد. وقتی شاگردان اعتراض کردند، فرمود: آخر مسجد که جای عشق نیست، این جور چیزها جوی آبی، پای بیدی، طبع شعری و  یار خوشی و از این قبیل چیزها می خواهد.

 منظور این که ایشان خیلی آرام آرام جلو می  رفت و جانب احتیاط را رعایت می کرد که مبادا احساسات ضد فلسفی بعضی ها تحریک بشود. ایشان در مسجد سلماسی حدود یک سال تفسیر المیزان را به صورت درس می  گفت و من هم شرکت می کردم. وقتی دید که پیشرفت ندارد، تعطیل کرد و فقط تفسیر را می نوشت. ایشان در اول سوره بقره، وقتی پیرامون حروف مقطعه «الم» بحث می کند، مثل دیگران رد می شود و می گوید مفصلش را در سوره شورا ذیل آیه حمعسق می آوریم. ده سال طول کشید تا این که ایشان به این سوره رسید. من خیلی کنجکاو بودم که ببینم چه مطرح خواهد کرد؛ چون تدریس هم نداشت، بعد از چاپ این بخش، دیدم انصافاً مطالب خوبی دارد.