بسم‌‌الله الرحمن الرحیم.

جناب حجت‌الاسلام مجاهد متعهد، آقای هاشمی عزیز
مرحوم مدرس که به امر رضاخان ترور شد، از بیمارستان پیام داد: «به رضاخان بگویید من زنده هستم». مدرس حالا هم زنده است. مردان تاریخ تا آخر زنده هستند. بدخواهان باید بدانند هاشمی زنده است چون نهضت زنده است. آمریکا و دیگر ابرقدرتها بدانند ملت ما زنده است. اجتماعات عظیم این دو - سه روز شاهد زنده بودن انقلاب است. اینان با این تلاشهای احمقانه نمی‌توانند انقلاب اسلامی ما را ترور کنند؛ نمی‌توانند شخصیت انسانی - اسلامی مطهری و هاشمی را ترور کنند؛ هر چند ترورها حساب شده و سازمان یافته باشند و از لابه لای آنها جای پای ابرقدرتها و جنایتکاران بین‌المللی به چشم بخورد.
ملت با تمام قوا باید در مقابل دسیسه‌ها مقاومت کنند، توطئه‌ها را بشکنند؛ با کمال مراقبت انقلابی این جنایتکاران را شناسایی کنند و به دادگاه‌های انقلابی معرفی کنند. پاسداران انقلاب و روسای آنان موظفند از این شخصیتهای ارزنده انقلابی حفاظت کنند و رفت وآمدهای مشکوک را تحت نظر بگیرند؛ اگرچه خود آنان راضی نباشند. ملت بزرگ اسلامی مصمم است به نهضت اسلامی خود ادامه دهد، و اجازه دخالت خیانتکاران را در کشور خود ندهد. ما ملتهای بزرگ اسلامی را به همکاری در این نهضت اسلامی ایران دعوت می‌کنیم. باید دست جنایتکاران از ممالک اسلامی و از عموم مستضعفین قطع شود، و وعده الهی به همت اقشار ملتهای اسلامی تحقق یابد. من به آقای هاشمی - فرزند برومند اسلام تبریک می‌گویم که در راه هدف تا نزدیک شهادت به پیش رفت. و سلامت و ادامه خدمت ایشان را از خدای تعالی خواستارم. والسلام علیه و علی عبادالله الصالحین. روح‌الله الموسوی الخمینی‌ (صحیفه امام، ج7، صص495 و 496)
در سنگر مجلس شورای اسلامی
... الان از باب اینکه می‌بینند که نمی‌تواند و نخواهد توانست کسان دیگر اداره این کشور را آن طوری که اسلام می‌خواهد اداره بکند و ما تجربه کردیم که نشد، این آقایان با اینکه شغلشان این نیست و حالا من عرض می‌کنم که بنای روحانیون بر این نیست که حکومت را بگیرند. حکومت چیست؟ اما بنای روحانیون براین نیست که اسلام را حفظ کنند؟! ما گمان می‌کردیم که در بین روشنفکران ما - به اصطلاح - خوب، اشخاصی پیدا می‌شوند که متعهدند و حفظ می‌کنند این را. اگر حالا هم پیدا شد یک همچو اشخاصی، یک همچو جمعیت‌هایی، آقایان پست‌های مهم‌تر دارند، می‌روند سراغ کارشان؛ آقای هاشمی(رفسنجانی) هم می‌روند، آقای خامنه‌ای هم می‌روند و همه کسانی که متصدی هستند. اما، ما چه بکنیم؟ امروز وضع ما، وضع ایران، وضع گرفتاری‌های داخل و خارج به جوری است که بدون این‌ها نمی‌شود اداره کرد این مملکت را؛ یا می‌کشانندش به طرف آمریکا و یا کمونیسم؛ یا می‌کشانندش به طرف آمریکا و سرمایه‌داری یا می‌کشانندش طرف کمونیسم و آن بساط، و ما لازم است برایمان حفظ کنیم... (صحیفه امام، ج16، ص466)
بهترین خدمتگزاران
... آن شناختی که من از این متصدیان امور دارم که بعضی از آنها سال‌های طولانی با آنها بوده‌ام و از نزدیک ملاقاتشان می‌کرده‌ام، و بعضی دیگر هم که در طول این خدمتی که مشغول بودند با آنها آشنا شدم.
یک نعمت خدا به ما، این است که داده. مجلسمان را شما ملاحظه کنید، بسیاری از آنها را من از نزدیک می‌شناسم؛ یعنی سابقه طولانی دارند، مثل رئیس مجلس (هاشمی رفسنجانی) و بسیاری از آقایان دیگر، و آنها را با تعهد و تعهد به اسلام و خدمتگزاری و هرچه توان دارند، آن‌ها را می‌شناسم. و در این طول مدتی که مجلس برپاست می‌دانم که همه اینها خدمتگزارند؛ در بین آن‌ها من نمی‌توانم یکی را پیدا کنم که بتوانم بگویم که این، تعهد به اسلام ندارد. البته اختلاف سلیقه، اختلاف دید، اختلاف اجتهاد در هر قشری هست، در علما هم هست، در مجتهدین هم هست، در شما آقایان هم هست که اختلاف سلیقه دارید، اختلاف دید دارید، لکن همه مشترکند در اینکه خدمتگزارند و همه می‌خواهند خدمتگزار باشند... (صحیفه امام، ج17، ص271)
فرمانده عملیات والفجر
بسم‌الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای هاشمی رفسنجانی ایده‌الله تعالی جنابعالی را به سمت فرماندهی دنباله عملیات والفجر1 نصب کردم. توفیق و پیروزی قوای اسلام را بر کفر از خداوند تعالی خواستارم. روح‌الله ‌الموسوی ‌الخمینی 30/بهمن/1362 (صحیفه امام، ج18، ص355)
حزب جمهوری اسلامی
... لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان موسسین محترم حزب، مورد علاقه اینجانب می‌باشند. امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید. ضمناً تذکر می‌دهم که اهانت به هر مسلمانی چه عضو حزب باشد یا نه برخلاف اسلام و تفرقه‌اندازی در این موقع از بزرگترین گناهان است. السلام‌علیکم ‌و ‌رحمه‌الله. روح‌الله ‌الموسوی ‌الخمینی‌ 11/خرداد/1366 (صحیفه امام، ج20، ص275)
جانشین فرماندهی کل قوا
آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس جمهور، طی نامه‌ای به محضر امام خمینی اعلام داشت:... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که
1- کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.
2- شخص مزبور ازسوی حضرتعالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.
3-دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیتها به‌طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همه جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است.
امام خمینی در پاسخ مرقوم فرمودند:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی - دامت افاضاته
با توجه به درگیری رویاروی آمریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس‌جمهور محترم، جناب حجت‌الاسلام آقای خامنه‌ای - دامت افاضاته جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می‌باشید.
1- ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیه زمینه وحدت کامل.
2- هماهنگی کامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی در تمامی زمینه‌های دفاع مقدس اسلام. بدیهی است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمان‌های مربوط و پشتیبانی‌کننده در هماهنگی نیروهای مسلح نقش اساسی را دارا خواهند بود.
3- تمرکز صنایع نظامی و تهیه مایحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امکانات تعمیراتی، پشتیبانی، فنی، مهندسی، رزمی، آموزشی و تحقیقاتی و نیز بسیج همه امکانات و ابزار در جهت اهداف مشخص ازسوی فرماندهی کل.
4- سعی در استفاده هرچه بهتر از امکانات و نیروها؛ و جلوگیری از به کار گرفتن امکانات مادی و معنوی در غیرموارد ضروری. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمان‌ها و تشکیلات تکراری و غیرضروری.
5- تمرکز امور تبلیغی و فرهنگی نیروهای مسلح در تمام زمینه‌ها.
6- استفاده درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامی در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.
7- بهره‌برداری صحیح از کمک‌های مردمی در تمامی زمینه‌ها.
قوای مقننه و اجراییه و قضاییه موظفند تمامی امکانات و سیاست‌های خود را در جهت نیازهای جنگ به کار گیرند.
از مردم عزیز ایران و نیروهای نظامی و انتظامی می‌خواهم تا با صبر و شکیبایی انقلابی و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه‌های استکبار جهانی ایستادگی نمایند؛ و مطمئن باشند که پیروزی از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردمیها و حیله‌هاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت می‌باشید. من به همه شما دعا می‌کنم، خداوند یار و پشتیبان مبارزانِ راه خدا باد. توفیق جنابعالی را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام‌ علیکم‌ و رحمه‌الله. روح‌الله ‌الموسوی‌ الخمینی 2/خرداد/1367 (صحیفه امام، ج21، ص56)

*مردان تاریخ تا آخر زنده هستند. بدخواهان باید بدانند هاشمی زنده است چون نهضت زنده است
*من به آقای هاشمی فرزند برومند اسلام تبریک می‌گویم که در راه هدف تا نزدیک شهادت به پیش رفت و سلامت و ادامه خدمت ایشان را از خدای تعالی خواستارم
*یک نعمت خدا به ما این است که داده، مجلسمان را شما ملاحظه کنید، بسیاری از آنها را من از نزدیک می‌شناسم؛ یعنی سابقه طولانی دارند، مثل رئیس مجلس (هاشمی رفسنجانی) و بسیاری از آقایان دیگر، و آنها را با تعهد و تعهد به اسلام و خدمتگزاری و هرچه توان دارند، آن‌ها را می‌شناسم
*امام خمینی: جناب حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی - دامت افاضاته؛ جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم.

*روزنامه جمهوری اسلامی