امروز اول آبان ماه مصادف است با سالروز وفات مشکوک آیت‌الله سیدمصطفی خمینی فرزند بزرگ امام‌ خمینی در نجف. چنان‌که امام‌ خمینی نوشته‌است، سیدمصطفی در آذر 1309ش برابر 12رجب 1349ق در قم به دنیا آمد؛ ولی تاریخ تولد وی در شناسنامه 1310 و تاریخ صدور آن 1313 ثبت شده‌است. نام وی را سیدمحمد و لقبش را برای زنده نگه‌داشتن یاد پدربزرگ شهیدش، مصطفی و کنیه‌اش را سیدابوالحسن گذاشتند؛ ولی نام رسمی وی در شناسنامه سیدمصطفی است.
امام‌ خمینی در سفر به حج، در نامه‌ای سراسر عاطفی که از بیروت به همسر خود، خانم خدیجه ثقفی نگاشته، به دلتنگی خود درباره فرزندش سیدمصطفی نیز که در آن زمان سه‌ساله بود اشاره کرده‌است. وی دیرتر از حد معمول زبان باز کرد، به طوری که تا چهارسالگی تنها چند کلمه را می‌توانست بگوید. در شش ‌سالگی او را به مکتبخانه‌ای که نزدیک خانه امام‌ خمینی بود فرستادند و این کار در بهبودی حرف‌زدن وی اثرگذار بود.
تحصیلات
سید مصطفی تحصیلات ابتدایی خود را تا پایان دوره ششم در مدارس باقریه و سنایی قم به پایان برد و پس از مدتی ترک تحصیل، در سال 1324 در پانزده‌سالگی به انتخاب خود و تشویق و راهنمایی پدر به فراگیری علوم حوزوی روی آورد.
او پس از فراگیری ادبیات عرب و خواندن کتاب‌های مقدماتی نزد پدر خود و آیت‌الله جعفر سبحانی و دیگر استادان حوزه در هفده‌سالگی معمم شد. وی افزون بر فهم خوب و دقت بسیار، دارای حافظه خوبی بود، به‌‎ گونه‌ای که همه الفیه ابن‌مالک، قسمتی از اشعار منظومه و برخی کتب دیگر را حفظ بود.
اساتید
وی درس‌های دوره سطح را نزد آیات مرتضی حائری یزدی، محمد صدوقی، سیدمحمدباقر سلطانی طباطبایی، سیدرضا صدر و محمدجواد اصفهانی فرا گرفت و در 22سالگی این دوره‌ را به پایان برد؛ سپس در درس‌های خارج فقه و اصول آیات عظام سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای، سیدحسین بروجردی و سیدمحمد محقق داماد و امام‌ خمینی شرکت کرد. وی که علاقه‌مند به فراگیری علوم غریبه نیز بود، به شهرستان ابهر رفت و با مدتی اقامت در آن شهر این علوم را از شیخ‌زین‌العابدین معروف به امام ابهری (درگذشت 1389ق) که از استادان بزرگ این فن بود فرا گرفت.
سیدمصطفی خمینی هم‌زمان با تحصیلات فقه و اصول، به فراگیری حکمت و فلسفه نیز پرداخت، شرح منظومه سبزواری را از استاد محمد فکور یزدی فرا گرفت و اسفار را نزد علامه سیدمحمدحسین طباطبایی و آیت‌الله سیدابوالحسن رفیعی قزوینی خواند.
تدریس در قم
وی بیشتر کتاب‌های مقدماتی و سطح حوزه را در دوره جوانی برای طلاب حوزه تدریس کرده بود و در سال 1340 در مدرسه حجتیه شرح منظومه و اسفار ملاصدرا را به طور خصوصی برای عده‌ای درس داده بود.
ادامه تحصیلات در نجف
وی که یک بار در سال 1336 به عتبات مشرف شده بود، در سال 1341 به همراه مادر خود برای زیارت به نجف رفت و در مدت اقامت یک‌ماهه در جلسات و محافل درسی حاضر می‌شد و به طور جدی در بحث‌ها شرکت می‌کرد.
سیدمصطفی که دو ماه پس از امام‌ خمینی به ترکیه تبعید شده بود. پس از انتقال به عراق در سال 1344 تحصیلات خود را در نجف ادامه داد و از درس‌های استادان بزرگ حوزه آیات عظام سیدمحسن حکیم، سیدمحمود شاهرودی، سیدابوالقاسم خویی، باقر زنجانی و به‌ویژه امام‌ خمینی استفاده کرد.
وی همچنین در درس فقه آیت‌الله سیدحسن بجنوردی که به طور خصوصی شب‌ها در خانه او برگزار می‌شد شرکت می‌کرد. وی در راه کسب دانش، به درس‌های رایج حوزه بسنده نکرد. در آثار علمی غیر درسی، با ژرف‌نگری تمام به مطالعه و مباحثه می‌پرداخت و کم‌تر کتاب علمی در رشته‌ای از دانش‌های حوزوی یافت می‌شد که آن را مطالعه یا مباحثه نکرده باشد.
تدریس در نجف
او در نجف به تدریس شرح منظومه، کفایه الاصول و مکاسب پرداخت و خارج اصول نیز تدریس می‌کرد که حدود ده سال طول کشید. او بحث‌های خود در این درس را می‌نوشت و با عنوان «تحریرات فی الاصول» منتشر شده‌است؛ چنان‌که در فقه نیز بحث صوم را تدریس کرده و پنج‌شنبه‌ها و جمعه‌ها تفسیر می‌گفت.
شاگردان
آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در میان فضلای حوزه و مجامع علمی نجف به شخصیت برجسته علمی، مدرس، مجتهد و مبارز مشهور بود و علمای ایران و عراق به شخصیت علمی، معنوی و مبارزاتی وی احترام می‌گذاشتند. در سال‌ها تدریس او شاگردان زیادی در علوم مختلف عقلی و نقلی شرکت می‌کردند.
اجتهاد
آیت‌الله سیدمصطفی با توجه به استعداد فوق‌العاده و هوش سرشاری که داشت، خیلی زود به مراتب عالی علمی دست یافت و در سی‌سالگی به درجه اجتهاد رسید و از امام‌ خمینی اجازه اجتهاد دریافت کرد. برخی اجتهاد وی را پیش از آن و در 27سالگی و حتی 25سالگی دانسته‌اند که با توجه به نسبی‌بودن موضوع اجتهاد این اختلاف طبیعی است؛ چنان‌که به گفته خودش وی بیش از چند سال تقلید نکرده‌است.
دیدگاه‌های علمی
وی علاوه بر اجتهاد مسلم در فقه و اصول، در فلسفه، رجال، تفسیر و دیگر علوم اسلامی نیز صاحب‌نظر و سرآمد بود و در بسیاری از علوم به‌ویژه فقه و اصول و تفسیر نظریه‌های مهم و ارزشمندی داشت.
دیدگاه‌های فقهی
وی در فقه در زمینه‌های غنا، تصویرگری و مجسمه‌سازی، مالیات و لزوم پرداخت آن به حکومت اسلامی، گرفتن مزد بر انجام واجبات، فهم عرفی در احکام، ریا در عبادات، معامله سرقفلی، نظریه کارشناسی در فقه و موضوعات متعدد دیگر افق‌های تازه‌ای را گشوده و نظریه‌های جدیدی را مطرح کرد. برای نمونه، در بحث غنا با نقل نظریه مشهور فقهای شیعه که مطلق غنا را حرام می‌دانند و نیز نقل نظریه محقق سبزواری و فیض کاشانی که آن را در صورتی که در مجالس لهو نباشد و با ابزار لهوی همراه نگردد و نیز مستلزم حرام دیگری نباشد حرام نمی‌دانند، به نقد و بررسی دلایل آنها پرداخته و خود نظریه سومی اختیار کرده و معتقد است اصل غنا حرام است؛ ولی نه به طور مطلق، بلکه غنا گونه‌های بسیاری دارد که برخی از آنها حرام و برخی حلالند.
در موضوع چهره‌نگاری و پیکرتراشی نیز با نقل نظر فقهای شیعه و بررسی دلایل آن که عمدتاً اجماع و روایات است، براین باور است که حرام‌بودن پیکرتراشی و چهره‌نگاری مطلق نیست، بلکه در صورتی است که انگیزه‌های جاهلی و زنده نگه‌داشتن شعائر بت‌پرستی در میان باشد و در غیر این صورت اشکالی ندارد. وی با اشاره به اینکه وقتی می‌توان به اطلاقِ حرمت استناد کرد که مقدمات حکمت تمام باشد؛ ولی با توجه به شرایط روزگار ظهور اسلام و وجود زمینه‌های شرک و بت‌پرستی در جامعه آن روز منطقه جزیرهالعرب معلوم نیست ادله اطلاقی داشته باشند که بتوان به آن استناد کرد، به‌ویژه آنکه وجود قرینه‌های حالیه و مقامیه و مناسبت حکم و موضوع نیز چنین اقتضایی دارند.
دیدگاه‌های تفسیری
سیدمصطفی خمینی در تفسیر قرآن نیز سبک مخصوص خود را داشت و نگرش‌های علمی را جدای از یکدیگر می‌آورد و معتقد بود رعایت‌نکردن این مسئله موجب درهم‌آمیختگی بحث‌ها در تفسیر شده و زیانبخش است.
وی در تفسیر خود با بهره‌گیری از تخصص‌های گوناگون و دانش‌های رایج در حوزه، چون رسم‌الخط، صرف، نحو، لغت، معانی، و بیان و عروض، علم حروف، تجوید و قرائت، تاریخ و شان نزول، اصول فقه، فقه، کلام، عرفان، اخلاق، حکمت و فلسفه و سبک‌ها و برداشت‌های علمای تفسیر، به بحث از آیات می‌پردازد و در این اثر، شیوه ماندگاری در دانش تفسیر و قرآن پژوهی، از خود به‌جا می‌گذارد. وی همچنین از علوم غریبه ازجمله علم معروف اعداد و اوفاق و نیز دانش جفر، در تفسیر قرآن و مباحث عرفانی استفاده‌های زیادی کرده و به نکات جالب و جدیدی دست یافته که در نوع خود کم‌نظیر و ممتاز است؛ برای نمونه، در تفسیر سوره حمد معتقد است سوره حمد از چهار سفر معنوی آدمی حکایت دارد و این کشف را از الطاف خداوند متعال نسبت به خودش می‌داند.
دیدگاه‌های فلسفی
خمینی در مسائل مشکل و مهم فلسفی مانند مسئله نفس، علم و ادراک، مقولات عشر، چگونگی وجود اجسام و معاد جسمانی با سبک خاص خود برخی دیدگاه‌های مشهور را نقد و نظریات جدیدی ارائه کرده‌است.
وی در بحث مهم امتناع تسلسل، دلایل و براهینی را که فیلسوفان برای امتناع تسلسل اقامه کرده‌اند، بررسی دقیق کرده و ایرادهای جدی بر آنها وارد ساخته‌است. او همچنین درباره مسائل پیچیده اعراض و جواهر، برخی از اندیشه‌های ملاصدرا، حکیم و فیلسوف معروف را در این زمینه نقد کرده‌است.
دیدگاه‌های اصولی
حاج‌آقا مصطفی در علم اصول فقه نیز بی‌اندازه مبتکر بود و حرف‌های جدیدی داشت. وی استفاده از فلسفه و دریافت‌ها و قاعده‌های علوم دیگر و نیز تکیه بر باریک‌بینی‌های عقلی را در مباحث اصولی یکی از آسیب‌های دانش اصول می‌دانست و معتقد بود لازم است مباحث اصولی از این امور پیراسته و برکنار باشند. او معتقد بود کتاب‌های اصولی به‌تدریج متورم شده‌اند و دانش اصول از اهداف اصلی خود دور مانده و گرفتار تقسیم‌بندی‌های غیر لازم و ورود بحث‌های غیر مرتبط و نیز طرح احتمالات نادرست فراوان شده‌است و این نیز از آسیب‌های جدی این علم است و باید برای آن چاره‌اندیشی کرد.
*آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در نجف به تدریس شرح منظومه، کفایه الاصول و مکاسب پرداخت و خارج اصول نیز تدریس می‌کرد
*ایشان علاوه بر اجتهاد مسلم در فقه و اصول، در فلسفه، رجال، تفسیر و دیگر علوم اسلامی نیز صاحب‌نظر و سرآمد بود و در بسیاری از علوم به‌ویژه فقه و اصول و تفسیر نظریه‌های مهم و ارزشمندی داشت