تحلیل‌ها از حکم امام خمینی متفاوت بوده است. چنانکه اشاره شد برخی آن را تبلور تقابل دو سنت مهم معاصر یعنی اسلام و غرب خوانده‌اند، برخی آن را خط و نشان ایران انقلابی بعد از پایان جنگ-به زعم آنان-بدون برنده با عراق تفسیر کرده‌اند و برخی نیز این فتوا را علیرغم اینکه مورد حمایت بسیاری از رهبران دینی قرار گرفت، مغایر رویه علمای اسلامی دانسته‌اند.
جماران؛ عبدالله شاکری در یادداشتی در خصوص نشر بخشی از سخنان مرحوم حاج سید احمد خمینی در سمینار «تبیین حکم تاریخی حضرت امام در مورد مولف کتاب آیات شیطانی» نوشت:
1- چنان که مشخص است این سخنان نه به طور محرمانه، بلکه در جلسه‌ای رسمی با حضور اقشار مختلف ایراد شده است.
2- چندی پیش نیز بریده‌ای از این سمینار که در آن آقای سید محمد خاتمی رئیس دولت اصلاحات به دفاع از این فتوا می‌پرداخت، نشر یافت.
3- اگرچه تاریخ این سمینار اسفندماه سال 69 است برخی از افراد و رسانه‌ها فرض را بر ایراد این سخنان در ماه‌های آخر حیات آیت امام خمینی گذارده و بر اساس گزاره ای غلط به تحلیل نیت خوانی از مرحوم آقای حاج سید احمد خمینی نشسته اند.
4- زمینه ایراد این سخنرانی مهم است. در مورد نفس فتوای امام خمینی و واکنش‌های به آن، آقای حنیف قریشی نویسنده پاکستانی‌تبار انگلیسی گفته بود، «این یکی از مهم‌ترین رویدادهای تاریخ ادبیات پس از جنگ [جهانی] است». درواقع، جهان اسلام در مقابل توهین به بنیانگذارش یعنی پیامبر، به صف آرایی در مقابل یکی از ارزش‌های بنیادین جهان غرب که آزادی بیان است، پرداخت. گزاره «هیچ‌کس نباید به خاطر آنچه می‌گوید یا می‌نویسند کشته شده، تهدید به کشته شدن شود یا با خطری جدی مواجه شود»، در مقابل گزاره «هیچ‌کس نباید آنقدر آزاد باشد که با تحقیر عزت پیامبر(ص) به مسلمان‌ها -که یک چهارم جمعیت جهان را تشکیل می‌دهند- توهین و بدگویی کند»، و شاید به نوعی تقابل تفاوت این دو جهان در تعریف آزادی.
5- قبل از انتشار آیات شیطانی، کتاب‌های سلمان رشدی جنجال برانگیخته بود. به عنوان مثال کتاب دوم او ایندیرا گاندی را خشمگین کرده بود.
6- بعد از انتشار کتاب و تا قبل از فتوای امام خمینی برخی از رویدادها (به روایت جستجویی اولیه در اینترنت) بدین شرح است:
- در اکتبر 1988 رشدی تهدید به مرگ می‌شود و سفرهای خود را لغو می‌نماید.
- کمپین نامه نگاری به وایکینگ پرس در آمریکا «نامه‌های تهدیدآمیز» زیادی را به همراه دارد.
- در نوامبر همان سال شیخ اعظم الازهر مصر درخواست عدم توزیع کتاب را می‌نماید.
- چند روز بعد در دسامبر همان سال هزاران مسلمان در راهپیمایی سوزاندن کتاب در انکلیس شرکت می‌کنند.
- نزدیک به دو ماه بعد طی روزهای 12 و 13 فوریه 1989 در حمله هزاران نفری به مرکز فرهنگی آمریکا در اسلام آباد پاکستان و شورش‌ها در سرینگار، جامو و کشمیر 7 نفر کشته و ده‌ها تن زخمی می‌شوند.
7- در 14 فوریه امام خمینی فتوای اعدام رشدی را صادر می‌کند «تا دیگر کسی جرأت نکند به مقدسات مسلمین توهین نماید».
8- برخی از رویدادها و واکنش‌ها بعد از فتوای امام خمینی بدین شرح است:
- در 17 فوریه ۱۹۸۹ فروشگاه‌های زنجیره ای کتاب از جمله B. Dalton، بارنز اند نوبل والدن بوک، اعلام کردند که دیگر کتاب را نمی‌فروشند.
- در 22 فوریه ۱۹۸۹ کتابفروشی‌های زنجیره ای بزرگ بارنز اند نوبل و والدنبوک در معرض تهدید، این رمان را از یک سوم کتابفروشی‌های کشور حذف کردند.
- در 24 فوریه ۱۹۸۹: در اثر شورش بزرگ ضد رشدی در بمبئی، ماهاراشترا، هند، دوازده نفر جان خود را از دست دادند و ۴۰ نفر مجروح شدند.
- دفتر اداره تحقیقات فدرال در اوایل مارس ۱۹۸۹ از ۷۸ تهدید به کتابفروشی‌ها مطلع شد که تصور می‌شد نسبت کوچکی از تعداد کل تهدیدها باشد.
- برخی از رهبران ضمن حمایت از این فتوا، مدعی شدند که مسلمانان انگلیس اجازه ندارند خودشان فتوا را اجرا کنند. در این میان، مجلس مسلمین و رهبر آن کلیم صدیقی (و پس از مرگ وی در سال ۱۹۹۶، جانشین وی، غیاث الدین صدیقی)، از این فتوا حمایت کردند.
- در میان نویسندگان، رولد دال از مشهورترین نویسندگان انگلیسی رشدی را «اپورتونیست خطرناک» نامید با این حال با قتل او مخالفت کرد.
- اسقف اعظم کانتربری، رابرت رانسی، از دولت خواست که قانون توهین به مقدسات را برای پوشش سایر ادیان، از جمله اسلام، گسترش دهد.
- در ماه می 1989 کت استیونز راک نواز بریتانیایی موافقت خود با این حکم را اعلام کرد.
9- نهایتا در سال 1990 رشدی برای بار چندم از مسلمانان عذرخواهی کرد. (و حتی گفته شده است به مناسبت درگذشت امام خمینی متنی منتشر می کند و بطور ضمنی احترام خود به اسلام را اعلام نمود).
10- (اگرچه ممکن است برخی از گزارش‌های بالا دقیق نباشد) اما به هر حال در چنین فضایی است که سمینار «تبیین حکم تاریخی حضرت امام در مورد مولف کتاب آیات شیطانی» برگزار می‌شود و ایران انقلابی موضعی تقابلی اتخاذ می‌کند.
بنابراین، اگرچه نشر و پررنگ نمودن این سمینار در برهه فعلی می‌تواند کارکردهای مختلف از جمله متشنج کردن سیاست تنش‌زدایی بین ایران و اروپا، تضعیف بیش از پیش جریان‌های اصلاح‌طلب وفادار به بنیانگذار و... داشته باشد، اما هرگونه تحلیل و نیت‌خوانی غیرجهت‌گیرانه‌ای نسبت به سخنان آقایان سید محمد خاتمی، سید احمد خمینی(و دیگرانی که در آن سالها موضعی گرفته‌اند) باید در چارچوب زمینه‌ای که ذکرش رفت صورت گیرد.
11- نکته پایانی آنکه تحلیل‌ها از حکم امام خمینی متفاوت بوده است. چنانکه اشاره شد برخی آن را تبلور تقابل دو سنت مهم معاصر یعنی اسلام و غرب خوانده‌اند، برخی آن را خط و نشان ایران انقلابی بعد از پایان جنگ-به زعم آنان-بدون برنده با عراق تفسیر کرده‌اند و برخی نیز این فتوا را علیرغم اینکه مورد حمایت بسیاری از رهبران دینی قرار گرفت، مغایر رویه علمای اسلامی دانسته‌اند. با این حال آنچه انکارناپذیر است آنکه این فتوا در غیاب صادرکننده اش نیز همچنان حیات دارد.
