در سال 1382، فقه جعفری در کنار فقه حنفی در قانون اساسی افغانستان رسمیت یافت و شیعیان در موضوعات احوال شخصیه و سایر مسائل تابع مذهب خود بودند. اما طالبان پس از بازگشت مجدد به قدرت، با شیعیانی که 30 درصد از جمعیت 40 میلیونی افغانستان را تشکیل می‌دهند، به مثابه یک اقلیت برخورد کرده و حقوق آنها را پایمال می‌کنند.
طالبان در خردادماه سال گذشته، تدریس فقه جعفری در دانشگاه بامیان را ممنوع کرده و با اعلام دلایلی همچون: نظام واحد باید نصاب و قانون واحد داشته باشد.، تمام کشورهای اسلامی نیز دارای یک نصاب دانشگاهی واحد هستند.،ایجاد مناقشه در میان دانشجویان اهل سنت و تشیع در دانشگاه بامیان،ایجاد هزینه برای دانشگاه با تاسیس صنف‌های جداگانه، کمبود استاد » و… به ‌درخواست‌های تجدید نظر شورای علمای شیعه، پاسخ منفی دادند.
مشکور کابلی کارشناس مسائل سیاسی افغانستان در گفتگو با خبرگزاری شفقناافغانستان اظهار داشت: دلایل طالبان برای رد آموزش فقه جعفری در دانشگاه بامیان، اساساً برخاسته از منطق طالبانی است که حقیقت را در انحصار یک قرائت و پیروان یک مذهب می‌داند و سایر مذاهب اسلامی را به شکل مطلق باطل اعلام می‌کند. این تفکر «منطق خوارج و طالبان» است.
وی در پاسخ به دلایل مطرح شده طالبان گفت: دانشکده فقه و حقوق و دپارتمان فقه جعفری در بامیان از گذشته وجود داشته، تجربه شده، کادر علمی داشته و در این سالها هیچ نزاعی بین محصلین پیش نیامده بود. تشکیل این دیپارتمان در بامیان بر مبنای حقوق اساسی است که برای شهروندان افغانستان به ویژه پیروان دو مذهب رسمی کشور، حنفی و جعفری قائل شده بود.
وی همچنین افزود: قانون اساسی قبلی با حضور بیش از 2000 حقوقدان، علمای برجسته شیعه و سنی و نمایندگان احزاب،اقوام و جریان‌های سیاسی افغانستان تصویب شده بود و از الزامات آن قانون این بود که احوال شخصیه شیعه بر پایه محاکم مرتبط با آن جدی گرفته شود و آموزش فقه و معارف جعفری در نظام آموزشی تدوین شود که حداقل در بامیان این مسئله انجام شد.
این کارشناس مسائل سیاسی افغانستان در خصوص استدلال طالبان مبنی بر «نظام واحد باید دارای نصاب واحد باشد» گفت: این استدلال اساسا تحمیل یک نظام آموزشی، نوعی آپارتاید فرهنگی، علمی و مذهبی برای حذف دیگر زبانها، فرهنگ‌ها، تمدن‌ها، ارزش‌ها و مذاهب مختلف است.
وی افزود: رفتار طالبان در این حوزه، تک ساحتی، تک قومیتی و تک نصابی ساختن نظام آموزشی است. کسانی که با نظام‌های حقوقی منطقه و جهان آشنایی دارند و حتی کسانی که سواد ابتدایی از نظام‌های حقوقی و مبانی حقوق داشته باشند، می‌فهمند که در کشورهای زیادی از جهان، قوانین و نظام‌های متعدد وجود دارد، به ویژه در کشورهایی که فدرال هستند و مذاهب، زبان‌ها و فرهنگ‌های فراوانی دارند. در آنجا، نصاب‌های واحد وجود ندارد. کشورهایی همچون آمریکا، آلمان، عراق، لبنان، امارات و حتی پاکستان، که زادگاه و خاستگاه تفکر طالبانی است.
وی در رابطه با وجود نصاب‌های متعدد در کشورهای اسلامی منطقه گفت: اینکه طالبان مدعی‌اند در کشورهای دیگر نیز بسیاری از نصاب‌ها واحد هستند، این امر نشان‌دهنده بی‌سوادی و عدم آگاهی طالبان است. برای مثال، در کشورهای همسایه و منطقه‌ مانند پاکستان، مصر، ترکیه و عراق آموزش عادلانه و آزاد برای همه مذاهب، از ابتدا تا تخصص و دانشگاه میسر است.در ایران نیز، که طالبان همیشه بخاطر تحقیر شیعیان، به دروغ می‌گویند که اهل سنت مشکلات دارند، آموزش در حوزه‌های علمیه، دانشگاه‌ها فقه مذاهب، فقه ادیان، فلسفه ادیان تا بالاترین مدارج تحصیلی ارائه می‌شود و دانشجویان مسلمان شیعه و سنی، همچنین دانشجویان غیرمسلمان از سراسر دنیا، در این مراکز علمی، آزادانه تحصیل می‌کنند. بنابراین، ادعایی که در جهان اسلام یا در کشورهایی مانند ایران نصاب‌ها واحد هستند، یک «دروغ مطلق» است.
وی که رابطه نزدیکی با خانواده احمدشاه مسعود دارد، برای اولین بار از گفت‌و‌گوی تاریخی و مخفیانه میان ملامحمد عمر رهبر سابق طالبان و احمدشاه مسعود فرمانده نیروهای مقاومت پرده برداشت و گفت: ملاعمر یکی از پیش شرط‌های خودش برای صلح و تعامل با مسعود را «خارج کردن شیعیان از نظام سیاسی» مطرح کرده بود.وی از مسعود خواسته بود از شیعیان دوری کرده و اجازه ندهد که هیچ شیعه‌ای در ساختار حکومت وارد شود و اگر شیعیان بر مواضع‌شان اصرار دارند باید از افغانستان اخراج شوند.
وی در ادامه افزود: متاسفانه این گفت‌و‌گو نشان دهنده عمق خصومت طالبان و رهبری طالبان نسبت به تفکر تشیع، مذهب تشیع و هویت مذهب جعفری است. عمق کینه طالبان نسبت به مذهب جعفری، مورد تازه‌ای نیست. در طول 25 سال گذشته، طالبان با انجام عملیات انتحاری علیه مساجد، حسینیه‌ها، دانشگاه‌ها و ورزشگاه‌های شیعیان، خصومت‌شان با شیعیان و مذهب تشیع را تایید کرده‌اند. روزی ملا نیازی با عنوان سخنگوی طالبان و به عنوان والی طالبان در بلخ، در رسانه‌ها و با بلندگو در کوچه‌ها گفته بود که شیعیان یا سنی و مسلمان شوند یا افغانستان را ترک کنند.
وی اظهار داشت: طالبان دوم منافق‌تر از طالبان اول است. طالبان اول منویات خود را صریح و رسمی‌تر بیان می‌کردند اما طالبان دوم، متاسفانه براساس مشورت غربی‌ها و برخی سرویس‌های استخباراتی حالت نفاق بسیار پیچیده‌ای به خود گرفته‌اند.
این کارشناس سیاسی افغانستان با بیان اینکه افزایش کنترل شیعیان توسط طالبان خیال باطلی است، می‌گوید: امروز، شیعیان افغانستان در عصر ارتباطات زندگی می‌کنند. شیعیان افغانستان خون داده‌اند و در طول 40 سال اخیر توانسته‌اند یک بخش فعال و جدی از نظام سیاسی، فرهنگی، علمی و اقتصادی افغانستان باشند. کنترل، مهار و استحاله هویت فرهنگی، مذهبی، اجتماعی و سیاسی شیعیان، یک خیال باطلی است. چنانچه در دوره قبل، طالبان نتوانستند این را تطبیق کنند در دوره فعلی نیز به هیچ وجه موفق نخواهند بود.
این کارشناس افغانی در خصوص انتظار شیعیان افغانستان از بزرگان مذهب جعفری گفت: انتظار ما این است که طبیعتاً جمهوری اسلامی در جایگاه‌ام القرای جهان اسلام و حوزه‌های علمیه قم و نجف و سایر حوزه‌های علمیه و مراجع عظام تقلید مثل اینکه از فلسطین و از مظلومان سوریه و عراق دفاع می‌کنند کمک‌های شان را از مسلمانان افغانستان خصوصاً شیعیان دریغ نکنند. انتظار ما این است که مثل همیشه حمایت‌های مادی معنوی سیاسی خود و تمام ابزار‌هایی که دارند را به کار گیرند تا طالبان را پاسخگو بسازند و طالبان را به یک مسیر گفتگوهای سازنده برای تشکیل یک دولت فراگیر منتخب ملی قانع بسازند.وی افزود: اگر طالبان تثبیت شوند به مراتب خطرناک‌تر از طالبان اول خواهند بود و شیعیان در افغانستان و در سطح منطقه آسیب خواهند دید.