جماران، سال های پایانی عمر آیت الله سید محسن حکیم همراه با تضییقات و گرفتاری ها از طرف رژیم بعث عراق و بیماری همراه بود. حسن البکر که با کودتا بر سر کار آمده بود سعی داشت بیش از گذشته بر آیت الله حکیم سخت بگیرد تا جایی که ایشان را به تسلیم وادار کند که البته نتوانست. حبس خانگی و انواع آزار و اذیت ها را بر مرجع شیعیان و خاندانش روا داشت. تا اینکه سرانجام ایشان در بیست و هفتم ربیع الاول سال 90 مطابق با دوازدهم خرداد سال 49 رحلت کرد.

بیماری و جانشینی آیت الله حکیم از موضوعات مهم و سرنوشت سازی بود که ساواک به شدت آن را پی گیری می کرد و درصدد بود که خود به طور مستقیم این مهم را پیش ببرد. در سندی با موضوع جانشینی آیت الله سید محسن حکیم چنین آمده است:

"در زمینه بیماری آیت الله سید محسن حکیم و انتخاب اعلم مجتهد بعد از فوت ایشان کمیسیونی با حضور نمایندگان ادارات کل دوم، سوم و هفتم تشکیل و صورت جلسه ای در این مورد تنظیم...

در کشور عراق سه مرجع تقلید به اسامی آیات الله سید ابوالقاسم خویی، سید روح الله موسوی خمینی و سید محمود شاهرودی اقامت دارند که با توجه به اینکه آیت الله شاهرودی از نظر مرجعیت فاقد وجهه بوده و همچنین آیات الله خویی و خمینی نیز دارای فعالیت های مضره علیه کشور ایران می باشند از این رو کمک به جانشینی آنان بعد از آیت الله حکیم به مصلحت نیست. 

در قم آیات الله سید کاظم شریعتمداری، محمد رضا گلپایگانی و شهاب الدین مرعشی نجفی سکونت دارند که دو نفر اخیر الذکر به علت داشتن سوابق مضره و فعالیت علیه دولت ایران اصولا انتخاب آنان به مصلحت نیست. لکن آیت الله شریعتمداری دارای شرایط جانشینی می باشد ولی چون منتسب به دولت بوده و از نظر میزان سواد در سطح پایین تری از گلپایگانی و مرعشی نجفی قرار دارد و همچنین مورد تایید اکثریت روحانیت نیست و از طرفی منحصرا در استان آذربایجان شرقی دارای نفوذ می باشد لذا انتخاب وی مقرون به صرفه نمی باشد.

در مشهد آیت الله سید هادی میلانی و در تهران آیات الله سید احمد خوانساری و میرزا احمد آشتیانی هستند که از نظر موقعیت و مرجعیت تقریبا هم طراز آیات مقیم قم می باشند که ضمن آنکه از نظر روحانیت مورد تایید یکدیگر نیستند از نظر اکثریت مردم نیز صلاحیت جانشینی آیت الله حکیم را ندارند. ..." (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 179-180)

ساواک نه تنها درصدد جانبداری از یکی از مراجع بود بلکه همه فعالیت ها و جلسه هایی را که در این باره نیز برگزار می شد زیر نظر داشت. در سندی که در تاریخ سوم اردیبهشت ماه سال 49 درباره جلسه در خانه مرحوم شجونی چنین آورده است: "اگر آقای حکیم فوت کند دولت به شاهرودی تسلیت خواهد گفت ولی در باطن خویی و گلپایگانی را تایید خواهد کرد." (یاران امام در آینه اسناد، ج 5، ص 183)

سرانجام آیت الله حکیم پس از یک دوره بیماری در دوازدهم خرداد ماه 49 رحلت کردند و در کنار کتابخانه خود به خاک سپرده شدند. این مساله رژیم شاه و ساواک را به تحرک واداشت که مبادا فرصتی برای مردم و حوزه ها برای تجمع پیش بیاورد. با همه کارشکنی های ساواک، طرفداران امام خمینی(س) همه تلاش خود را به کار بستند تا ایشان را به عنوان مرجع تقلید شیعیان جهان معرفی کنند. در اسناد ساواک این تلاش گزارش شده است. در سندی در همین رابطه آمده است: 

"در مجلس ترحیم آیت الله حکیم در مسجد سلطانی شهرستان قزوین، خمینی را مرجع تقلید شیعیان جهان معرفی کرده است. ضمنا روز 13/3/49 تعدادی اعلامیه مبنی بر معرفی خمینی به عنوان مرجع تقلید در مساجد و معابر عمومی آن شهرستان الصاق شده بود." (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 210)

در سند دیگری چنین آمده است:

" شایع است کلیه سران دولت های عربی و روسای شیعیان قبیله های عربی تلگرام تسلیت به آیت الله خمینی مخابره و عموم شیعیان ممالک عربی خمینی را به مرجعیت برگزیده اند. 

شایع است در چند سال قبل روز 15 خرداد آیت الله خمینی وسیله دولت دستگیر و تبعید شد و درست در تاریخ 15 خرداد 49 به مرجعیت جهان برگزیده شد اظهار نظر می کنند این کار خداوند است اکثریت مردم اظهار نظر می کنند مرجع تقلید آیت الله خمینی است.

شایع است در مجلس ترحیمی که از طرف آقای شریعتمداری در قم به مناسبت رحلت آیت الله حکیم منعقد شده بود هیچ کس شرکت نداشته غیر از مامورین سازمان های دولتی و کارگران هتل ها و در مجلس ترحیمی که در مسجد اعظم حوزه علمیه قم تشکیل شده بود تمام طبقات مردم شرکت داشته و در این مجلس آقای گرامی یکی از وعاظ منبر رفته و ضمن سخنرانی صریحا آیت الله خمینی را با حضور تمام روحانیون قم به عنوان مرجع تقلید شیعیان جهان معرفی می کند. (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 219-220)

طبق سند ساواک، مرحوم شیخ علی اصغر مروارید در مجلس ترحیمی که برای آیت الله حکیم در مسجد جلیلی تهران برگزار شد، با کدهایی به بیان ویژگی مرجعیت پرداخت: "مردم باید از کسی تقلید کنند که خیر و شر آنها را در مقابل دول استعمارکننده تشخیص بدهد. اظهارات ناطق در ساعت 1830 پایان یافت." (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 248)

در سند دیگری از ساواک به گفته مدیر یکی از مدرسه های تهران برگزار شده اشاره کرده و از قول وی چنین آورده است:

"دیروز موقعی که می خواستم مدرسه را تعطیل کنم به کلیه محصلین تذکر دادم که به پدران و مادران خود بگویند از این پس دیگر از رساله آیت الله خمینی استفاده کنند." (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 257)

در مقابل فعالیت علما و مردم برای مرجعیت عام امام، محمدرضا پهلوی نیز به مقابله و جلوگیری از مطرح شدن مرجعیت عام ایشان پرداخت و با ارسال تلگرام تسلیتی برای آیت‌ الله سید کاظم شریعتمداری به قم و تلگرام تسلیتی برای آیت‌ الله سید احمد موسوی خوانساری در تهران این نقشه خود را پیاده کرد.متن تلگرام شاه به شرح زیر است:

 «حضرت آیت‌الله العظمی حاج سید کاظم شریعتمداری دامت برکاته ـ قم

خبر درگذشت حضرت آیت‌ الله العظمی حاج سید محسن طباطبایی حکیم موجب کمال تأسف و تأثر خاطر ما گردید، بدین وسیله این ضایعه را به جناب مستطاب عالی و جامعه روحانیت اسلام تسلیت گفته و عظمت روز افزون دین مقدس اسلام را که تعالیم نجات‌بخش آن باعث سعادت دنیوی و اخروی است از درگاه خداوند قادر متعال مسئلت داریم.

به تاریخ 12 خرداد ماه 1349 ـ کاخ نیاوران شاه»

«حضرت آیت‌ الله العظمی حاج سید احمد موسوی خوانساری دامت‌ برکاته ـ تهران

 خبر درگذشت حضرت آیت‌ الله العظمی حاج سید محسن طباطبایی حکیم موجب کمال تأسف و تأثر خاطر ما گردید، بدین وسیله این ضایعه را به جناب مستطاب عالی و جامعه روحانیت اسلام تسلیت گفته و عظمت روزافزون دین مقدس اسلام را که تعالیم نجات‌بخش آن باعث سعادت دنیوی و اخروی است از درگاه خداوند قادر متعال مسئلت داریم.

به تاریخ 12 خرداد ماه 1349 ـ کاخ نیاوران شاه»

اسناد مختلف ساواک بیانگر تلاش همه جانبه رژیم شاه برای پیشگیری از تثبیت موقعیت امام به عنوان مرجع تقلید شیعیان جهان است. سند زیر که از اداره کل سوم به ریاست ساواک استان کرمان در تاریخ 21/4/49 صادر شده نمونه ای ازاین تلاش هاست که به وضوح مخالفت خود با مراجع نجف را اعلام داشته است: 

"نظر به اینکه تنها کشور شیعه مذهب در جهان ایران است لذا طبعا بایستی مرجع تقلید نیز در ایران باشد و در حال حاضر دو نفر از مراجع تقلید به اسامی آیات الله سید کاظم شریعتمداری در قم و سید احمد خوانساری در تهران شایستگی جانشینی آیت الله حکیم را دارند. خواهشمند است دستور فرمایید به نحو غیرمستقیم مراتب را به روحانیون تفهیم و نتیجه را اعلام دارند." (یاران امام در آینه اسناد؛ ج 5، ص 337)

با همه تلاش هایی که دوست داران و ارادتمندان امام که در همه قشرهای جامعه حاضر بودند، برای مرجعیت ایشان انجام می دادند، امام اما نه تنها تلاشی در این رابطه نمی کردند که عزادار سوگ آیت الله حکیم بودند. آیت الله نصرالله شاه آبادی در خاطرات خود در این باره می گوید:

" بعد از فوت آیت الله حکیم به عنوان عرض تسلیت خدمت آقا سیدیوسف حکیم، فرزند ایشان، به نجف مشرف شدم. شبی که می خواستم فردایش برگردم، شب عید غدیر بود. خدمت امام برای خداحافظی رفتم. وقتی وارد اتاق امام شدم دیدم در این اتاق که سرتاسرش از چراغ های سفید کوچک بود، یک چراغ تقریباً شصت ولتی بالای میز امام آویزان است که ایشان برای مطالعه به همین یک چراغ اکتفا کرده بودند. سلام کردم دستشان را بوسیدم و گفتم: آقا امشب چه شبی است؟ فرمودند:«شب عید غدیر است.» گفتم: امشب یک همچو شب بزرگی است. مردم همه از شما متوقع هستد که در بیرونی تشریف داشته باشید و آنها دستبوسی بکنند. و لااقل یک شب اظهار فرح و سروری بشود و شما اینجا نشسته اید در حالی که جماعتی در بیرونی منتظر قدم مبارک شما هستند. امام با ناراحتی فرمودند:«فلانی شما هم چنین می گویید؟» گفتم: آقا مگر امشب شب عید غدیر نیست؟ شما حتی چراغی هم در حجره تان روشن نکرده اید. امام فرمودند:«می دانی ما کی را از دست داده ایم؟ ما حکیم را از دست داده ایم. اقلاً تا یک سال نباید احترام این شخصیت را حفظ کرد؟ ما فرح و سرور داریم؟ بعد از رفتن آقای حکیم ما دیگر باید خوشحالی داشته باشیم؟» من شرمنده شدم و گفتم: آقا ببخشید. من خودم هم برای تسلیت آمده بودم اینجا. نمی دانستم شما تا این حد دقت دارید. امام فرمودند:«بر همه واجب است که این بزرگوار را احترام کنند.» (برداشت هایی از سیره امام خمینی؛ ج ۵، ص ۵۸)

یکی از یاران نزدیک امام درباره روزگاری که هنوز آیت الله حکیم در قید حیات بودند، اینگونه نقل کرده است، که بیانگر ارادت و اهمیت جایگاه مرجعیت در دیدگاه امام است:

"یکی از مقلدان امام مبلغ بسیار سنگینی را به عنوان وجوهات به یکی از علمای تهران داده بود تا آن را در نجف خدمت امام برساند. ایشان آن را داده بود دفتر آیت‌ الله حکیم و چون مبلغ زیاد بود از ایشان قبضی گرفته و برگشته بود ایران و قبض را به مقلد داده بود. آن شخص گفته بود که من گفتم این پول را خدمت حاج آقا روح الله (امام خمینی) بدهید چرا قبض آیت الله حکیم را برای من آورده ای؟ این عالم دیده بود اگر قضیه پخش شود خوب نیست، سریع بلیت هواپیما گرفته و به نجف برگشت و رفت خدمت آیت الله شیخ نصرالله خلخالی و گفت جریان این طور شده و این قبض رسید آقای حکیم را از من قبول نمی‌کند. آقای خلخالی هم قبض را گرفت و به خدمت امام آورد. امام تا آن قبض را دیدند آن را گرفتند و فوراً یک قبض از خودشان نوشتند و دادند. نه اینکه قبض آیت الله حکیم را صرفاٌ تأیید نمایند! بلکه قبضی جدید صادر کردند که آن مبلغ پول به اینجانب رسید تا آبروی آن شخص محفوظ بماند و شأن مرجعیت آیت الله حکیم هم حفظ شود."