در اینکه منظور امام از اصلاح دانشگاه ها چه بوده، اختلاف نظرهایی وجود دارد، برخی آن را به نازل ترین فهم از اندیشه ایشان کشانده و تنها بر تفکیک جنسیتی آن تاکید کرده اند که نشان می دهد نه تنها برداشت درستی از مطالب ایشان نداشته اند که راه را نیز به بی راهه رفته اند و اما غور در بیانات امام به راحتی می تواند، فهم درستی از این مطلب دهد.
جی پلاس، درباره اینکه منظور از اصلاح دانشگاه ها در دیدگاه امام خمینی (س) چه بوده، برداشت ها متفاوت بوده و همین تفاوت در برداشت از مفاهیم در کلام ایشان، اختلاف نظرهایی را در طیف های مختلف ایجاد کرده و با تغییر دولت ها، رویکردها برای تحقق این امر نیز تغییر می کند و گویی شکل سلیقه آن طیف و جناح را به خود می گیرد تا پیاده شدن اندیشه های آن حضرت. کوتاه سخن آنکه کلام امام آنقدر واضح و روشن است که نیاز به هیچ تفسیری ندارد و خود گویای نظرات و دیدگاه های ایشان در این امر مهم است.
امام خمینی در پیام رادیو تلویزیونی خطاب به ملت ایران به مناسبت پایان رفراندوم جمهوری اسلامی در دوازدهم فروردین 58 چنین فرمودند:
"در جمهوری اسلامی باید دانشگاه ها متحول بشود؛ دانشگاه های پیوسته، به دانشگاه های مستقل متبدل بشود. فرهنگ ما باید متبدل بشود؛ فرهنگ استعماری، فرهنگ استقلالی بشود."
(صحیفه امام؛ ج 6، ص 460)
امام خمینی در سیزدهم تیرماه سال 58 در جمع اساتید دانشگاه تهران به بیان تفاوت میان دانشگاه های غربی و دانشگاه های اسلامی اشاره کرده و فرموده اند:
"فرق بین دانشگاه های غربی و دانشگاه های اسلامی باید در آن طرحی باشد که اسلام برای دانشگاه ها طرح می کند. دانشگاه های غربی ـ به هر مرتبه ای هم که برسند ـ طبیعت را ادراک می کنند، طبیعت را مهار نمی کنند برای معنویت. اسلام به علوم طبیعی نظر استقلالی ندارد. تمام علوم طبیعی ـ به هر مرتبه ای که برسند ـ باز آن چیزی که اسلام می خواهد نیست. اسلام طبیعت را مهار می کند برای واقعیت؛ و همه را رو به وحدت و توحید می برد. تمام علومی که شما اسم می برید و از دانشگاه های خارجی تعریف می کنید ـ و تعریف هم دارد ـ اینها یک ورق از عالم است؛ آن هم یک ورق نازل تر از همۀ اوراق. عالَم، از مبدأ خیر مطلق تا منتها الیه، یک موجودی است که حَظِ طبیعی اش یک موجود بسیار نازل است؛ و جمیع علوم طبیعی در قبال علوم الهی بسیار نازل است؛ چنانکه تمام موجودات طبیعی در مقابل موجودات الهی بسیار نازل هستند. فرق مابین اسلام و سایر مکتب ها ـ نه مکتب های توحیدی را عرض نمی کنم ـ بین مکتب توحیدی و سایر مکتب ها، که بزرگترینش اسلام است، این است که اسلام در همین طبیعت یک معنای دیگری می خواهد، در همین طب یک معنای دیگری می خواهد، در همین هندسه یک معنای دیگری را می خواهد، در همین ستاره شناسی یک معنای دیگری می خواهد ... .
کسی که مطالعه کند در قرآن شریف این معنا را، می بیند که جمیع علوم طبیعی جنبۀ معنوی آن در قرآن مطرح است نه جنبۀ طبیعی آن. تمام تعقلاتی که در قرآن واقع شده است و امر به تعقل، امر به اینکه محسوس را به عالم تعقل ببرید و عالم تعقل؛ عالمی است که اصالت دارد و این طبیعت، یک شبحی است از عالم؛ منتها ما تا در طبیعت هستیم، این شبح را، این حظ نازل را می بینیم."
(صحیفه امام؛ ج 8، ص 433-434)
رهبر کبیر انقلاب اسلامی در دیدار با نمایندگان دانش آموزان تبریز که در ششم آبان سال 58 صورت گرفت، بر اتکای به خود تاکید کرده و فرمودند:
"دانشگاه ها باید یک دانشگاه هایی باشد که ما دیگر احتیاج به خارج پیدا نکنیم، که دستمان در آن وقتی که می خواهیم یک کسی را معالجه کنیم به دیگران دراز کنیم که بیایید بروید آنجا معالجه تان بکنند. باید دانشگاه های ما و همۀ قشرها کاری بکنند که لااقل ما محتاج به غیر نباشیم. اینطور نباشد که اگر یکی مریض می شود، بگویند اینجا نمی شود معالجه اش کرد. اینطور نباشد که اگر یک گرفتاری بشود، بگوید که نه، نمی شود دیگر درستش کرد."
(صحیفه امام؛ ج 10، ص 384-385)
امام خمینی در اول اردیبهشت سال 59 در دیدار با دانشجویان عضو انجمن اسلامی دانشگاه ها و سازمان های دانشجویی مسلمان سراسر کشور به توهم برخی درباره معنی دانشگاه های اسلامی پرداخته و فرمودند:
"بعضی گمان کردند که کسانی که اصلاح دانشگاه ها را می خواهند و می خواهند دانشگاه ها اسلامی باشد این است که گمان کردند که ـ این اشخاص توهّم کردند که ـ علوم دو قسم است: هر علمی دو قسم است. علم هندسه یکی اسلامی است، یکی غیراسلامی. علم فیزیک یکی اسلامی است، یکی غیراسلامی. از این جهت اعتراض کردند به اینکه علم، اسلامی و غیراسلامی ندارد. و بعضی توهّم کردند که اینها که قائلند به اینکه باید دانشگاه ها اسلامی بشود؛ یعنی فقط علم فقه و تفسیر و اصول در آنجا باشد. یعنی همان شأنی را که مدارس قدیمه دارند باید در دانشگاه ها هم همان تدریس بشود. اینها اشتباهاتی است که بعضی می کنند، یا خودشان را به اشتباه می اندازند. آنچه که ما می خواهیم بگوییم این است که دانشگاه های ما، دانشگاه های وابسته است. دانشگاه های ما دانشگاه های استعماری است. دانشگاه های ما اشخاصی را که تربیت می کنند، تعلیم می کنند، اشخاصی هستند که غربزده هستند."
(صحیفه امام؛ ج۱۲، ص ۲۴۸)
ایشان در بخش دیگری از این سخنرانی به چگونگی اصلاح دانشگاه اشاره کرده و ادامه دادند:
"ما که می گوییم دانشگاه باید از بنیان تغییر بکند و تغییرات بنیادی داشته باشد و اسلامی باشد، نه این است که فقط علوم اسلامی را در آنجا تدریس کنند. نه اینکه علوم دو قسمند. هر علمی دو قسم است: یکی اسلامی و یکی غیراسلامی."
(صحیفه امام؛ ج ۱۲، ص ۲۴۹)
همچنین افزودند: "ما که می گوییم باید بنیاداً اینها تغییر بکند، می خواهیم بگوییم که دانشگاه های ما باید در احتیاجاتی که ملت دارند، در خدمت ملت باشند، نه در خدمت اجانب."
(صحیفه امام؛ ج 12، ص 249)
امام خمینی بر اینکه جوانانمان باید برای کشور و ملت خودشان کار کنند تاکید کرده و فرمودند:
"ما می خواهیم دانشگاه ها را طوری کنیم که جوان های ما برای خودشان و برای ملتشان کار کنند."
(صحیفه امام؛ ج 12، ص ۲۵۱)
اینها تنها نمونه های کوچکی از همه آنچه بود که امام خمینی درباره اصلاح دانشگاه ها بیان فرمودند، که هر بخش از سخنانشان می توانست و می تواند راهگشای تربیت نسلی فرهیخته، متکی به خود و توانایی هایش و دلسوز برای کشور و ملت بوده و باشد.
در همین راستا ایشان در دیدار با اعضای جدید ستاد انقلاب فرهنگی که عبارتند بودند از آقایان میر حسین موسوی (نخست وزیر)، سید محمد خاتمی، عبدالکریم سروش، محمد علی نجفی و علی شریعتمداری که صبح روز دوازدهم مهر ماه سال 62 برای دیدار با ایشان به جماران رفته بودند، بر تلاش برای اسلامی کردن دانشگاه ها تاکید کرده و فرمودند:
"بسم الله الرحمن الرحیم
بنا بر این شد تا به جای آقایانی که به عللی غایب بودند و در ستاد شرکت نمی کردند، افراد جدید منصوب گردد. تمام آقایانی که امروز در این ستاد هستند نمایندگان من در ستاد می باشند و هیچ فرقی بین این آقایان و اعضای قدیم نیست. اما قضیۀ دانشگاه از اهم امور است، همان طوری که برای دشمنان ما و برای آنها که می خواهند افکار جوانان ما را منحرف کنند هم مهم است، چون دانشگاه مرکز همه چیز است، حتی تشکیل دولت. و باید این مسئله را دنبال کنیم که دانشگاه اسلامی شود تا برای کشور ما مفید گردد. و باید سعی شود که تا دانشگاه به یکی از دو قدرت گرایش پیدا نکند، و این به صرف وقت و نظارت کامل احتیاج دارد. و باید توجه داشت تا بعد از بازگشایی مبادا افراد منحرف با تزریق مسائل انحرافی افکار جوانان ما را فاسد بکنند، و برای نظارت بر این موضوع احتیاج به افراد بسیاری است.
امیدوارم دانشگاهی داشته باشیم که به درد ملت بخورد. و برای تحقق این امر لازم است از افراد متخصص متعهد و در صورت کمبود از متخصصین غیر مخالف با جمهوری اسلامی استفاده نمایید. ان شاءالله با قدرت هر چه تمام تر در این امر فعالیت کنید و به پیش بروید تا به مقاصد الهی برسیم."
(صحیفه امام؛ ج 18، ص 166)
