جماران: هشتم اسفند سالروز موافقت حضرت امام با تشکیل شورای مدیریت حوزه علمیه قم است. ایشان در  1358/12/8 در پاسخ به نامه آیت الله حسینعلی منتظری که گزارشی از روند  تأسیس این شورا و اعضای اولیه آن را داده بود، می نویسند:

شورای مزبور کارهایی را که می خواهند انجام دهند، پس از نظر خواهی در امور‌‎ ‎‌مهمه از حضرت آیت الله گلپایگانی ـ دامت برکاته ـ مانعی ندارد. ان شاءالله موفق باشید.‌

تشکیل این شورا را می توان  برآورده شدن آرزوی سی ساله حضرت امام دانست. چرا که بنا بر آنچه در خاطرات برخی از مدرسین بزرگ حوزه ذکر شده است  اواخر دهه بیست شمسی به دستور آیت الله العظمی بروجردی هیئتی از مدرسین عالی مقام آنروز که حضرت امام در میان آن ها نقشی محوری داشت برای سامان دادن به  وضع حوزه علمیه قم، تحت عنوان هیئت حاکمه تشکیل گردید و این هیئت دستور العملی هم برای نظم  و نسق دادن به امور  طلاب و مدرسین تدوین کرد، ولی این کار به سرانجام نرسید.  مرحوم آیت الله سید محمد باقر سلطانی طباطبایی که خود یکی از اعضای این هیئت بوده است در خاطرات خود می گوید:. آیت الله بروجردی، به حفظ حوزه، علاقه زیادی داشتند. مکرر می گفتند:

«حوزه قم مثل شهری است که دروازه ندارد. حوزه، به روی اشخاص مختلف باز است. افراد صالح و ناصالح از هم ممتاز نمی شوند. ای کاش نظمی بود و برنامه ای.»

این آرزو را درجاهای مختلف ابراز می داشتند. به دنبال این موضوع، هیأتی را مرکب از چند نفر از آقایان حوزه، تشکیل دادند که نظریات اصلاحی خود را، برای اداره حوزه، بعد از مشورت، بگویند. به این هیأت اصطلاحاً «هیأت حاکمه» می گفتند. آیت الله بروجردی به آنان اختیار داده بودند که مصالح حوزه را بسنجند و بر این اساس عمل کنند....یکی از برنامه هایی که ریخته شد، موضوع امتحانات در حوزه بود: چه درسهایی امتحان گرفته شود، تعیین رتبه گردد و ... از آن هیأت چند نفری برای گرفتن امتحان، انتخاب شدند. این کار، زود به جریان افتاد. سطحها و مدت تحصیل(که عبارت بود از سه سطح) درسهای اصلی و جنبی هر سطح و کتابهای مربوط به هر بخشی را روشن کردند.

در یکی از جلسه های هیأت، بنده و مرحوم حاج سیداحمد زنجانی نتوانسته بودیم حضور داشته باشیم، اما سایر آقایان بوده اند. در این جلسه، از طرف مرحوم حاج شیخ مرتضی حائری، طرحی مطرح می شود. (گویا امام خمینی، در تهیه این طرح دخالت داشته اند) برنامه امتحانهای حوزه، کیفیت پرداخت شهریه ها، اخذ وجوهات، ملاقات اشخاص با زعیم حوزه علمیه و ... از مواد این طرح بوده است. خلاصه: در این طرح، که شامل مواد و فصولی بود. اداره حوزه و چگونگی اصلاح آن، پیش بینی شده بود. آقایان حاضر در جلسه، امضاء کرده بودند و برای تأیید نهایی، توسط آقای حائری و حاج فقیهی رشتی خدمت آیت الله بروجردی داده بودند.

این قضیه را خود آیت الله بروجردی برای من نقل می کردند و می فرمودند: «شب گذشته سحر بیدار شدم برای گرفتن وضو. یادم آمد از نوشته دیشب که بعضی از مواد آن، به چشم خورده بود؛ ولی آن وقت دقت نکرده بودم. نوشته را دوباره، به دقت، خواندم. تعجب کردم؛ زیرا دیدم در این طرح، تمام اختیارات از من سلب شده است صبح به حاج احمد گفتم: آقایان را دعوت کند تا ببینم مقصودشان از این مواد، که مرا به کلی مسلوب الاختیار کرده است، چیست؟»....صبح جمعه، آقایان در منزل آیت الله بروجردی اجتماع کردند. من هم  شرکت کردم. قبل از شرکت من مسائلی  پیش آمده بود که آیت الله بروجردی اعتراضاً، جلسه را ترک و به اندرونی رفته بودند.....پس از این جلسه، ارتباط بعضی آقایان با آیت الله بروجردی قطع شد....مرحوم آقای حائری و مرحوم امام، از آن جلسه به بعد، ارتباطشان با آیت الله بروجردی کم شد، این تنها عاملی بود که باعث شده ارتباط امام با ایشان کمتر شود.البته دوباره ارتباط برقرار شد، ولی به شدت سابق و گرمی آن زمان نبود.امام، تا همین آخر عمرشان، که بنده خدمتشان بودم، از آیت الله بروجردی، به احترام و نیکی یاد می کردند.. ( مجله حوزه  شماره 43 ، ص46-44)

نکته قابل توجه در این مکتوب کوتاه حضرت امام ذیل نامه مرحوم  آقای منتظری این است که ایشان در حالی که رهبر محبوب و مقبول مردم و عالیترین مقام مذهبی و سیاسی کشور و مرجع طراز اول شیعیان بود  و همه مردم  از جان و دل فرامینش را اطاعت می کردند و می توانست نظرات و منویات اصلاحی خود برای حوزه های علمیه را عملی کند،  وقتی می خواهد به  موضوع مدیریت حوزه علمیه ورود پیدا کند همه اعضای شورا را به نظر خواهی و اطاعت از فرامین عالیترین مرجع حاضر در حوزه علمیه قم فرا می خواند و تلاش می کند در عین سر و سامان دادن به امور آن، هم شأن و شئون مرجعیت را رعایت کرده و هم استقلال حوزه را  حفظ کند، کاری که در طول عمر خود از ابتدای ورود به حوزه تا  رسیدن به عالیترین مقامات آن همواره مد نظر ایشان بود و در سیره نظری و عملی امام، شواهد متعددی می توان برای آن یافت.

حضرت امام در طول مدت پانزده سال مرجعیت و ریاست مرحوم حاج شیخ عبدالکریم حایری که مصادف بود با دوران ظلم و تعدی و فشار بی حد و حصر رضاخان قلدر، همواره به ایشان احترام گذاشته و علی رغم اینکه نظر مساعدی نسبت به مماشات آن  مرحوم با رضاشاه نداشت و در این امر پیرو بزرگانی همچون آیت الله سید حسن مدرس و استاد عرفانش آیت الله محمد علی شاه آبادی بود ولی کوچکترین قدمی برخلاف مرام آن بزرگوار بر نداشت و  درآن ایام، همه وقت و همت خویش را مصروف تحصیل و تألیف و خودسازی کرد. همچنین در مدت هشت ساله زعامت مراجع ثلاث(حضرات آیات سید  صدر الدین صدر، سیدمحمد تقی خوانساری و سید محمد حجت کوه کمره‌ای) در حوزه علمیه قم علی رغم آنکه  ایشان جایگاه و مرتبه بالایی بین مدرسین حوزه داشته  و دارای  کرسی درس اخلاق بود و مقبولیت  زیادی در بین مردم هم کسب کرده بود، اقدامی خلاف نظر آنان انجام نداد و حتی زمانی که کتاب کشف اسرار را نوشت حاضر نشد به نام خودش منتشر شود.

حضرت امام در دوره شانزده ساله زعامت و مرجعیت مرحوم آیت الله العظمی بروجردی نیز که خود ایشان نقش تعیین کننده ای در تحقق  زعامت آن بزرگوار داشت، علی رغم آزار و اذیت هایی که ازبرخی از نزدیکان آن مرحوم  متحمل گردید و اختلاف نظری که با ایشان پیدا کرد، همواره بر حفظ حرمت و پذیرش دستورات و نظرات آن زعیم حوزه تأکید داشت و اجازه نداد کوچکترین سوء استفاده ای از اختلاف دیدگاه بین خودش و ایشان بشود و خدشه ای در مقام و موقعیت آن مرجع علی الاطلاق پدید آید.

 در دوران سیزده ساله حضور اجباری در حوزه علمیه نجف اشرف نیز همواره به شاگردان و مریدان خود سفارش می کرد حرمت آیت الله العظمی حکیم را حفظ کرده و خود کوچکترین اقدامی بر خلاف نظر ایشان انجام نداد. بلکه آمادگی خود را برای پیروی کامل از ایشان در مبارزه با محمد رضاشاه اعلام  کرد حتی وقتی برای اولین بار کتاب تحریر الوسیله امام  در نجف به چاپ رسید، ایشان از درج کلمه زعیم الحوزات العلمیه که در  آن زمان به  آقای حکیم اطلاق می شد برپشت جلد کتاب برآشفته شده و دستور انهدام همه مجلدات آن را دادند. آیت الل‍ه شیخ محمود قوچانی که متولی اولین چاپ تحریر الوسیله بوده است در خاطرات خود  می گوید:

چاپ اول هزار نسخه بود، وقتی تمام شد، همه را بار زدند و آوردند دفتر امام و در زیرزمین انبار کردند که بعد برای پخش به کتابفروشی‌ها بدهند. یکی دو روز بیشتر نگذشته بود، که یک روز اول صبح آقای فرقانی آمد در منزل ما، بنده صبح‌ها درس مرحوم آقای خویی می‌رفتم، درس ایشان یک ساعت و نیم بعد از طلوع آفتاب برگزار می‌شد، یک ساعتی به درس مانده بود که آقای فرقانی درب منزل ما آمد و گفتند: فلانی لباس بپوش و بیا، امام با شما کار دارد. وضو گرفته و لباس پوشیدم. در راه که می‌رفتیم گفت: فلانی چه کار کردی، امام از دست تو خیلی عصبانی است و با تشر به من گفت برو بگو قوچانی بیاید. هر چقدر در زندگی، کارها، رفتارهایم فکر کردم هیچ چیزی به خاطرم نرسید. گفتم حالا می‌رویم ببینیم چه می‌شود! وقتی بیت امام رسیدیم طرف اندرون رفتم و در زدم. مشهدی حسین آمد، طبق معمول بعد از مختصری معطل شدن، رفتم داخل، امام چهارزانو نشسته بودند، من هم دست امام را بوسیدم و به ایشان «صبحکم الله‌ بالخیر» گفتم. امام اخم کرده بودند و تحریرالوسیله هم در مقابلشان بود، آن را جلوی من پرت کردند و گفتند این چیه که اینجا نوشته شده است؟ تا فرمودند این چیه اینجا نوشته؟ من تا آخر مطلب را خواندم. فرمودند: دروغ به این بزرگی، من یک طلبه‌ای بیش نیستم. زعیم الحوزات العلمیه این غلط‌ها چیه؟ ما هم تأدباً ساکت بودیم و حرفی نمی‌زدیم، فرمودند که: حق ندارید یک دانه از اینها را منتشر کنید تمام را جمع کنید توی شط کوفه، نهر فرات بریزید، بعد ساکت شدند. ...گفتم: آقا چرا ما کتاب‌ها را در شط کوفه بریزیم به جای آن جلدش را عوض می‌کنیم، یا اصلاً چرا جلدش را عوض کنیم، اگر اجازه بدهید من این نوشته‌اش را علاج بکنم شاید یک طوری کورش بکنیم ـ والله‌ یادم نمی‌رود ـ یک مرتبه یک نفس عمیقی کشید و فرمود: آهان همین کار را انجام بدهید، یک مرتبه آن حالت عصبانیت و اضطراب عوض شد، گفتم: چشم اجازه بدهید من بروم ببینم چه علاجی می‌توانم انجام بدهم. فرمودند: زود خبرش را به من بدهید. یک جلد کتاب برداشتم و رفتم درس آقای خویی، بعد از درس رفتم چاپخانه و به او گفتم آن قوطی کلیشه‌هات را بیاور، کار دارم. گفت: چکار داری؟ گفتم: شما بیاور. گفت: نه، بگو می‌خواهی چکار بکنی. تا من بدانم چی بیاورم گفتم: صاف و پوست کنده امام از آنچه پشت جلد این کتاب نوشته شده است عصبانی است. البته در آن زمان امام نمی‌گفتیم، در عرب‌ها سید می‌گفتیم، در فارس‌ها هم آقا می‌گفتیم، گفتم ایشان عصبانی شده و می‌گوید چرا دروغ به این بزرگی پشت این کتاب نوشته‌اید. گفت: راست می‌گویی؟ دروغ می‌گویی؟ چه می‌گویی؟ گفتم: نه من عین واقعیت را می‌گویم. گفت: من این کار را نمی‌کنم. گفتم: مگر اختیار دست خودت است. گفت: اینجا آقایان می‌آیند این قدر شیرینی به بچه‌ها می‌دهند که عنوانی ابداعی و ابتکاری درست بکنند که چشم‌گیر و فوق‌العاده باشد! آن وقت سید که برای این مسأله، اهلیت بیش از اینها دارد، می‌گوید من این را پاک کنم! چی آن دروغ است؟ این حرف‌ها چیست که می‌زنید؟ گفتم: چک و چونه‌اش به شما مربوط نیست آنچه که من می‌خواهم بیاور، امام غیر از این را نمی‌پذیرد، گفته است همه را داخل شط کوفه بریزید، اگر این کار را نکنم باید آن کار را انجام دهم. خیلی با کراهت و ناراحتی بلند شد رفت جعبه‌اش را آورد و در فلزاتی که آنجا بودند گشتیم و یک چیزی پهن‌تر از این قلم پیدا کردیم که فقط نقش می‌زد که آنچه در زیر آن هست را کور بکند و خوانده نشود، آن را انتخاب کردیم، گفتیم این را ببر زیر دستگاه ببین با این چه‌کار می‌توانی انجام بدهی. خودش هم برای کار پسندید، و گفت چیز خوبی است برد زیر دستگاه روی همان قسمت نوشته شده و این نوشته را کور کرد که دیگر خوانده نمی‌شد. گفتم: بد نیست، فوراً خدمت امام بردم، داخل اندرونی رفتم و نشستم و گفتم آقا این را ملاحظه کنید، اگر خوب است، بقیه‌اش را هم همین‌طور انجام دهم. حضرت امام دقت کردند و چهار طرف چرخاندند که ببینند آن زیر را می‌شود دید، دیدند هیچ قابل قرائت نیست. فرمودند: همین خوب است. همه آنها را می‌بری چاپخانه و همین کار را انجام می‌دهی و هزینه این کار بر عهدة من داخل گاری بردن، کرایه رفت و برگشت، کور کردن این کار، تماماً به گردن من می‌باشد.گفتیم: چشم.همه را بردیم چاپخانه و نوشته روی کتاب را کور کرده و برگرداندیم. (بر ساحل تحریرالوسیله، ص254-257)

حضرت امام پس از پیروزی  انقلاب اسلامی و در دوران زعامت و رهبری خود نه تنها در امور رسمی حوزه، مسئولین را به  آیت الله العظمی گلپایگانی ارجاع می دادند بلکه برخی از اموری را  که از باب رهبری و مرجعیت اعلم و مبسوط الید به خودشان مربوط می شد به ایشان واگذار می کردند. به عنوان نمونه در موضوع رؤیت هلال ماه و  شروع ماه مبارک رمضان و دهه  اول ذی الحجه واعلام اعیاد فطر و قربان، حضرت امام بعد از کسب اطلاع از دفتر آیت الله العظمی گلپایگانی اعلام عید می کردند و بر همین اساس در طول دوران دهساله رهبری ایشان، مردم  کمتر با اختلاف مراجع در اعلام عید و مشکلات عدیده مترتب بر آن برای متدینین مواجه شدند.

ایشان  برای استقلال حوزه اهمیت زیادی قائل بوده و عنایت بالایی داشتند که حوزه های علمیه با وجوهات شرعیه و تبرعات و کمک های مردمی اداره شده و مانع از اتکای حوزه به بودجه های دولتی می شدند.  آیه الله سید حسین موسوی تبریزی در مصاحبه با نگارنده گفت : سال 1358درابتدای تشکیل دفتر تبلیغات اسلامی قم به فرمان حضرت امام  که در آن زمان  دفتر تبلیغات امام نامیده می شد، ما اعضای هیئت مدیره دفتر تصمیم گرفتیم در ایام تبلیغ، حق الزحمه روحانیون اعزامی به سراسر کشور را خودمان پرداخته و لذا به آنان گفتیم  وجهی بابت  تبلیغ از مردم محل دریافت نکنید. یک روز حضرت امام ما را به منزل خود در قم خواسته و  فرمود: شما می دانید تا چه زمانی در مصدر حکومت باقی هستید؟ شش ماه دیگر؟ یکسال دیگر؟ دهسال دیگر؟  مردم در طول این 14 قرن گذشته، خودشان در کنار سایر هزینه هایی زندگی، وظیفه خود می دانستند هزینه برپایی مجالس مذهبی و عزاداری اباعبدالله(ع) و دعوت از طلاب و روحانیون برای  فراگیری احکام دین و آموزش معارف دینی را نیز پرداخت  کنند. چرا این مسیر را تخریب می کنید، شما با این کار خود، رویه صحیح مردمی را تخریب کرده در حالی که معلوم نیست تا چه زمانی توانایی پرداخت چنین وجوهی را داشته باشید.

یکی دیگر از اموری که حضرت امام درخصوص حوزه های علمیه نسبت به آن حساسیت داشته و دردیدارهای خود با دست اندرکاران مدیریت حوزه نسبت به آن تذکر جدی داده اند، پرهیز از تشریفات است. ایشان می فرمایند:

 از امور مهمی که اینجانب نگران آن هستم مسائل حوزه های علمیه خصوصاً‌‎ ‎‌حوزه های بزرگ مثل حوزۀ مقدسۀ قم است. آقایان علمای اعلام و مدرسین محترم که‌‎ ‎‌خیر خواهان اسلام و کشورهای اسلامی هستند،توجه عمیق کنند که مبادا تشریفات و‌‎ ‎‌توجه به ساختمانهای متعدد برای مقاصد سیاسی و اجتماعی اسلام، آنان را از مسئلۀ مهم‌‎ ‎‌اصلی حوزه ها که اشتغال به علوم رایج اسلامی و خصوصاً فقه و مبادی آن به طریق سنتی‌‎ ‎‌است، اغفال کند، و مبادا خدای نخواسته اشتغال به مبادی و مقدمات موجب شود که از‌‎ ‎‌غایت اصلی که ابقا و رشد تحقیقات علوم اسلامی، خصوصاً فقه به طریقۀ سلف صالح و‌‎ ‎‌بزرگان مشایخ همچون «شیخ الطائفه»و امثاله ـ رضوان الله تعالی علیهم ـ و در متأخرین‌‎ ‎‌همچون «صاحب جواهر» و شیخ بزرگوار« انصاری»‌‎ـ علیهم رضوان الله تعالی ـ باز‌‎ ‎‌دارد...خوف آن است که اگر‌‎ ‎‌تشریفات و زرق و برقهای شبیه به قطب مادیت رواج پیدا کند، در نسلهای بعد اثر گذارد‌‎ ‎‌و خدای نخواسته آنچه از آن می ترسیم به سر حوزه ها بیاید. لازم است آقایانی که در این‌‎ ‎‌امور دست دارند و متصدی این مسائل هستند توجه کنند که حد افراط را جلوگیری کنند،‌‎ ‎‌و هر چه می کنند در خدمت حوزه های علمی و در خدمت اسلام و علوم اسلامی باشد، و‌‎ ‎‌کارها تعدیل شود و از افراط و تفریط احتراز گردد. از خداوند تعالی توفیق همگان را در‌‎ ‎‌خدمت به علم و علما و اسلام و ملت خواستارم.‌(صحیفه امام، ج17، ص325)

 شاخصه دیگر برای حوزه مطلوب حضرت امام، حفظ میراث فقها و تحصیل به روش فقه سنتی است. ایشان  بارها و  بارها در بیانات  و پیام های خود با تعابیر گوناگون چنین می فرمایند:

حوزه ها باید حوزۀ‌ فقاهت باشد. این حوزه های فقاهت بوده است که هزار و چند صد سال این اسلام را نگه‌‎ ‎‌داشته. این مشیْ ای بوده است که از زمان قدیم، از زمان ائمۀ هدی تا زمان ما، مشیْ ای‌‎ ‎‌بوده است که علمای ما داشته اند و آن حفظ فقاهت. نباید حالا شما فکر کنید که حالا که‌‎ ‎‌باید ‌‌[‌‌در‌‌]‌‌ امور سیاست هم ما دخالت بکنیم، پس به فقاهت کار نداشته باشیم. خیر، باید‌‎ ‎‌حوزه های فقاهت به فقه خودشان به همان ترتیبی که سابق بود هیچ تخطی نکنند. به همان‌‎ ‎‌ترتیبی که سابق تحصیل می کردید فقه و مقدمات فقه را ‌‌[‌‌تحصیل کنید‌‌]‌‌، محکم فقاهت‌‎ ‎‌را حفظ کنند. و ائمۀ جماعت محکم مساجد خودشان را و ارشاد ملت را حفظ کنند. و‌‎ ‎‌خطبای ملت هم باید منابر خودشان را و موعظه های خودشان را و ارشاد خودشان را‌‎ ‎‌حفظ کنند. و در عین حال مراقب اوضاع مملکت خودشان باشند. چنانچه اهل بازار باید‌‎ ‎‌بازار خودشان را حفظ کنند لکن مراقب باشند. اینطور نباشد که ما یکوقت خدای‌‎ ‎‌نخواسته، از آن اصلی که اساس حفظ اسلام است روبرگردان بشویم و حوزه ها به فقاهت‌‎ ‎‌کم توجه بشوند. این فقها هستند که حصون اسلام هستند و حفظ کردند اسلام را. باید‌‎ ‎‌حوزه ها عنایتشان به فقه و فقاهت از همه چیز بیشتر باشد. اگر حوزه های فقاهت خدای‌‎ ‎‌نخواسته از بین برود یا سست بشود، رابطۀ ما بین فقها و ملت قطع می شود. این حوزۀ‌‎ ‎‌فقاهت است که رابطه را محفوظ نگه داشته است. اگر یک اشخاصی آمدند در حوزه ها‌‎ ‎‌و پیشنهاد کردند که فقه لازم نیست، مثلاً به این طول و تفصیل باشد و فلان، و بیاییم یک‌‎ ‎‌چیزهای دیگر را هم چه بکنیم، اینها اشتباه می کنند یا مأمورند. فقه به همان قوّت اولیه اش‌‎ ‎‌باید باقی باشد. (همان، ج13، ص12)

علاقمندان می تواند برای دسترسی به همه نظرات ایشان در این خصوص، به صحیفه امام یا مجموعه تبیان، آثار موضوعی، دفتر دهم  مراجعه فرمایند.

توجه جدی و عمیق به موضوع اخلاق و تهذیب نفس در حوزه ها یکی دیگر از شاخصه های حوزه مطلوب از نظر حضرت امام است. ایشان می فرمایند:

حوزه ها باید درس اخلاق داشته باشند، نه یکی، نه دوتا، ده تا، بیست تا، درس‌‎ ‎‌اخلاق داشته باشند. اگر بخواهید که آیندۀ کشور شما یک آیندۀ نورانی باشد، تربیت‌‎ ‎‌کنید اینهایی که وارد در حوزه ها هستند، یا در آنجایی که درس می گویید وارد می شوند،‌‎ ‎‌تربیتشان کنید به یک تربیتی که از این عالم هجرت کنند، توجه به ماورای اینجا بکنند،‌‎ ‎‌روحانی باشند؛ یعنی روح باشند، یعنی توجه به ماورای طبیعت داشته باشند. از اول قدمها‌‎ ‎‌که برداشته می شود، برای آن طرف برداشته بشود، وقتی این طور شد، اینجا هم درست‌‎ ‎‌می شود. آن کسی که جهات معنوی خودش را تقویت کرد، آن کس در جهات طبیعی هم‌ قوی می شود. مَثَل، مَثَلِ انبیاست و اولیا، با همۀ آن معنویات، با همۀ آن معارف الهیه،‌‎ ‎‌کشورداری هم می کردند، حکومت هم تأسیس می کردند، حدود را هم جاری‌‎ ‎‌می کردند، کسانی هم که مضر به جامعه بودند از دم شمشیر می گذراندند، در عین حالی‌‎ ‎‌که در آن پایه از معارف بودند. (همان، ج19، 356)

از دیگر امور لازم برای حوزه های  علمیه از نظر حضرت امام، توجه به نظم و انضباط است، امری که متأسفانه در حوزه های علمیه مورد غفلت قرار گرفته و بعضا با شعار: نظم ما در بی نظمی است توجیه می شود. ایشان می‌فرمایند:

دشمنان زیادی از هر طرف و هر طبقه پیرامون شما‌‎ ‎‌گرد آمده اند؛ نقشه های اهریمنانۀ خطرناکی برای نابودی شما و‌‎ ‎‌حوزه های علمیه در دست اجرا می باشد؛ ایادی استعمار خوابهای خیلی‌‎ ‎‌عمیق برای شما دیده اند؛ خوابهای خیلی عمیق برای اسلام و مسلمانان‌‎ ‎‌دیده اند؛ با تظاهر به اسلام نقشه های خطرناکی برای شما کشیده اند. شما‌‎ ‎‌فقط در سایه تهذیب، تجهیز و نظم و ترتیب صحیح، می توانید این مفاسد‌‎ ‎‌و مشکلات را از سر راه خود بردارید و نقشه های استعماری آنان را خنثی‌‎ ‎‌کنید. من اکنون روزهای آخر عمرم را می گذرانم و دیر یا زود از میان شما‌‎ ‎‌می روم؛ ولی آیندۀ تاریک و روزهای سیاهی برای شما پیش بینی می کنم.‌‎ ‎‌اگر خود را اصلاح نکنید، مجهز نگردید، نظم و انضباط در امور درسی و‌‎ ‎‌زندگی خود حکم فرما نسازید، در آتیه خدای نخواسته محکوم به فنا‌‎ ‎‌خواهید بود. تا فرصت از دست نرفته، تا دشمن بر همۀ شئون دینی و‌‎ ‎‌علمی شما دست نیافته، فکری کنید؛ بیدار شوید؛ به پا خیزید. در مرحلۀ‌‎ ‎‌اول، در مقام تهذیب و تزکیۀ نفس و اصلاح خود برآیید؛ مجهز و منظم‌‎ ‎‌شوید؛ در حوزه های علمیه نظم و انضباط برقرار سازید؛ نگذارید دیگران‌‎ ‎‌بیایند حوزه ها را منظم کنند؛ اجازه ندهید دشمنان، به بهانه اینکه اینان‌‎ ‎‌لایق نیستند، کاری از آنان ساخته نیست و مشتی بیکاره در حوزه ها گرد‌‎ ‎‌آمده اند، به حوزه های علمیه، دست بیندازند، و به اسم نظم و اصلاحات،‌‎ ‎‌حوزه ها را فاسد سازند و شما را تحت سلطۀ خود درآورند. بهانه دست‌‎ ‎‌آنان ندهید. اگر شما منظم و مهذب شوید، همه جهات شما تحت نظم و‌‎ ‎‌ترتیب باشد، دیگران به شما طمع نمی کنند؛ راه ندارند که در حوزه های‌‎ ‎علمیه و جامعۀ روحانیت نفوذ کنند. شما خود را مجهز و مهذب کنید؛‌‎ ‎‌برای جلوگیری از مفاسدی که می خواهد پیش بیاید مهیا شوید؛‌‎ ‎‌حوزه های خود را برای مقاومت در برابر حوادثی که می خواهد پیش بیاید‌‎ ‎‌آماده سازید.‌( جهاد اکبر، ص61)

این  بود اشاره ای به  دیدگاه های حضرت امام در خصوص حوزه علمیه مطلوب و مؤثر و کارآمد، البته ایشان شرایط  دیگری هم مطرح کرده اند، مانند: جلوگیری از نفوذ دشمنان و پیشگیری از تحجر  و خشک مقدسی و... که عمومیت داشته و شامل همه مراکز دانشگاهی و حوزوی می شود و اختصاصی به حوزه ها و روحانیون ندارد.

 از خداوند متعال برای این پیر فرزانه که هدفی جز اصلاح و خدمت به جامعه بشری نداشت غفران وآمرزش وهمنشینی با انبیاء و  اولیاء و صلحا مسئلت داریم و امیدواریم دست اندرکاران و مدیران حوزه  های  علمیه در  حال حاضر بتوانند منویات این دلسوز واقعی روحانیت را جامه عمل بپوشانند.