جی پلاس، امام خمینی (س) در بیست و چهارم دی ماه سال ۵۸، در حکمی، حجت الاسلام و المسلمین سید باقر خوانساری را به سمت امام جماعت مسجد امام خمینی بازار تهران منصوب کردند. متن حکم امام به شرح زیر است:

"بسم اللّه‌ الرحمن الرحیم

خدمت جناب مستطاب سیدالاعلام و حجت‌ الاسلام آقای حاج آقا باقر خوانساری ـ دامت افاضاته

جنابعالی که بحمداللّه‌ تعالی به علم و وثاقت و امانت موصوف می‌ باشید، به امامت مسجد شاه سابق منصوب، و تولیت موقوفات و متعلقات مسجد مذکور را به جنابعالی واگذار نمودم. ان‌شاءاللّه‌ تعالی موفق به ترویج شریعت مطهره و ادارۀ امور موقوفات به وجه شایسته باشید. والسلام علیکم و رحمة‌اللّه‌.

به تاریخ 25 صفر 1400 / 24 دی ماه 58

روح‌ اللّه‌ الموسوی الخمینی"

صحیفه امام؛ ج ۱۲، ص ۱۱۷