براساس نامه گمرک ایران که به ناظران و مدیران کل گمرکات کشور ارسال شده است، کالاهای موضوع جزء های (1)، (3) و (5) بند الف ماده 9 قانون مالیات بر ارزش افزوده از شمول معافیت مالیات بر ارزش افزوده حذف شده‌اند. متن نامه گمرک به شرح زیر است:

به نوشته تسنیم، پیرو بخشنامه شماره 77/00/532894 مورخ 1400/4/22 موضوع ابلاغ قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده مصوب سال 1400، با توجه به لازم الاجرا بودن قانون مذکور از تاریخ 1400/10/13 به پیوست تصویر نامه شماره 200 / 9627 / ص مورخ 1400/9/6 سازمان امور مالیاتی کشور مبنی بر عدم شمول معافیت جهت واردات کالاهای موضوع جزء های (1)، (3) و (5) بند الف ماده 9 قانون مالیات بر ارزش افزوده ارسال می‌گردد، خواهشمند است دستور فرمایید از تاریخ 1400/10/13 در صورت اظهار کالاهای مورد نظر نسبت به اخذ مالیات بر ارزش افزوده و عوارض با رعایت کلیه مقررات اقدام نمایند.

 سازمان امور مالیاتی با ارسال نامه‌ای در اوایل آذر ماه به گمرک ایران اعلام کرد که کالاهای وارداتی موضوع جزءهای (1)، (3) و (5) بند «الف» ماده 9 قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده از زمان لازم و اجرا شدن این قانون در 11 دی ماه 1400  مشمول معافیت از  مالیات بر ارزش افزوده نخواهند بود. متن نامه سازمان امور مالیاتی به گمرک ایران به شرح زیر است:

با عنایت به لازم الاجرا شدن قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده (مصوب 1400/03/02) از تاریخ 1400/10/13 و در اجرای آن بخش از تبصره 010 جزء (17) بند «الف» ماده (9) قانون یاد شده که مقرر می دارد: ..... واردات کالاهای موضوع جزءهای (1)، (3) و (5) بند «الف» این ماده مشمول معافیت نبوده و مالیات و عوارض با نرخ استاندارد نه درصد (9 ٪) در مبادی گمرکی به آن تعلق می‌گیرد. عرضه این کالاها در داخل کشور، مانند عرضه کالاهای مشابه داخلی از پرداخت مالیات و عوارض معاف است. 

گمرک جمهوری اسلامی ایران از تاریخ اجرای قانون مکلف است در مبادی ورودی گمرکی از کالاهای موضوع جزء های (1)، (3) و (5) به شرح ذیل، مالیات و عوارض ارزش افزوده با نرخ استاندارد 9 ٪ وصول نماید؛ لذا خواهشمند است به منظور اجرای دقیق قانون و جلوگیری از سردرگمی فعالان اقتصادی، دستور فرمایید در این خصوص اقدام مقتضی صورت پذیرد.

جزء (1): کلیه محصولات کشاورزی فرآوری نشده مشتمل بر محصولات خام زراعی و باغی، گیاهان دارویی، محصولات مرتعی، محصولات جنگل(از جمله چوب خام)، محصولات گلخانه(از جمله سبزی، صیفی، گل و گیاه و انواع قارچ)

تبصره - فعالیت های مربوط به مراحل بسته بندی، انبارداری و نگهداری محصول در دمای مناسب در سردخانه، انجماد محصول(شامل سردخانه)، پاک کردن، درجه بندی، بوجاری بذور، پوست گیری مانند شالی‌کوبی، شستشو، تمیزکاری، تفکیک، همگن سازی، خشک کردن انواع محصولات مانند چای، کشمش و خرما با روشهای مختلف، تفت دادن، مانند پخت نخود و پنبه پاک کنی، فرآوری محصولات کشاورزی محسوب نمی‌شود. ارائه خدمات مزبور به محصولات کشاورزی مشمول مالیات و عوارض فروش نیست.

جزء (3): بذر، نشاء، نهال، سم و کود

جزء (5): کالاهای زیر:

1-5 -شیر، پنیر و ماست 

2-5 -تخم ماکیان

3-5-آرد و نان

4-5 -انواع گوشت و فرآورده های گوشتی مطابق با فهرستی که هر سال وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تا پایان دی ماه برای اجرا در سال بعد به این سازمان ارسال می‌کند.

5-5 -برنج، حبوبات، سویا و پروتئین سویا

6-5 -انواع روغن‌های خوراکی، اعم از گیاهی و حیوانی

7-5 -شیر خشک مخصوص تغذیه کودکان

8-5-تخم مرغ نطفه دار و تبدیل آن به جوجه یک روزه