سال 98 در دیدار اعضای هیات علمی دانشگاه‌ها با مقام معظم رهبری گفته بود: «متأسفانه تقدم نظم سیاسی بر نظم اجتماعی و نظم علمی، دانشگاه تهران را به جولانگاه نزاع‌های سیاسی تبدیل کرده و روح تعامل و همدلی را تضعیف کرده است. امروز بیش از هر زمان دیگر، عزل‌و‌نصب مدیران دانشگاه‌ها و دانشکده‌ها بیشتر از آنکه تابع شایستگی‌های علمی، اخلاقی و تجربه باشد، تابع باندبازی‌های سیاسی است. اگر وضعیت به همین منوال پیش رود، بیم آن می‌رود که باندبازی‌های سیاسی و حزبی بر شایسته‌سالاری علمی و اخلاقی مستولی شود و دانشگاه به باتلاق نزاع‌های سیاسی تبدیل شود، یقینا این‌گونه تغییرات شتاب‌زده، چیزی جز خسارت برای دانشگاه به ارمغان نخواهد آورد و شأن علم و پیشرفت‌های علمی دانشگاه را به‌شدت تحت تأثیر قرار خواهد داد». او گفته بود: «متأسفانه زد‌و‌بندهای سیاسی حاکم بر دانشگاه‌ها و وزارت علوم، حتی اجازه بازخواست و پرسش اصولی از مسئولان را نمی‌دهد». خبر انتصاب قالیباف و زاکانی به هیات امنای دانشگاه تهران مصداق سخنانی است که این استاد دانشگاه تهران دو سال پیش هم بر زبان آورده بود. انتصاب شهردار تهران و رئیس مجلس به هیئت امنای دانشگاه تهران باعث شده نام چهره‌هایی فرهنگی که در گذشته‌های دور عضو هیات امنای این دانشگاه بو‌دند، در فضای مجازی به میان آید و مقایسه‌ای ناخودآگاه آنها صورت گیرد و پرسش‌هایی از این دست صورت گیرد که اینکه این دو نفر واجد کدام ویژگی خاص علمی بوده‌اند که باید جایگزین دیگران شوند. انتصاب چهره‌های سیاسی که یکی از آنها به‌ویژه در ماه‌های اخیر هم انتصابش در شهرداری محل اما واگر بسیار بود و هم انتصاباتی که خودش در شهرداری انجام داده در معرض انتقادهای فراوان. بی‌توجهی به همه این حواشی، شائبه دخالت نگاه سیاسی در دانشگاه را با انتصاب قالیباف و زاکانی بیش از پیش تقویت می‌کند. نباید فراموش کرد که نهاد دانشگاه همواره مورد توجه اصولگرایان بوده است و هربار که بر سر کار آمده‌اند، تسخیر آن به اشکال مختلف یکی از اهدافشان بوده است. اصولگرایان هر‌زمان که روی کار آمده‌اند نگاه سیاسی خود را بر انتصاب‌ها و تغییرات دانشگاه‌ها اعمال کرده‌اند. انتصاب رؤسایی با نگاه‌های خاص سیاسی، اخراج استادان، ستاره‌دارکردن دانشجویان و زیر‌و‌زبر‌کردن ساختار دانشگاه آزاد با آمدن محمود احمدی‌نژاد بخشی از خاطرات پررنگ سال‌های گذشته است. دعوای جنجالی بر سر تغییر ریاست و هیات امنای دانشگاه آزاد در آن سال‌ها ابعاد حقوقی و سیاسی دامنه‌داری به خود گرفت. رفتار وزرای علوم و رؤسای دانشگاه‌ها حتی در زمانی که اصولگرایان بر سر کار نبوده‌اند هم زیر ذره‌بین بوده و فشارهایی که بر وزرای علوم و برخی دانشگاه‌های مطرح وارد می‌شد تا استعفا و برکناری هم پیش می‌رفت. نکته جالب اینکه علیرضا زاکانی، عضو جدید هیات امنای دانشگاه تهران، خودش یکی از حامیان و موافقان استیضاح رضا فرجی‌دانا، وزیر علوم روحانی بود که در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ برگزار و فرجی‌دانا از وزارت علوم برکنار شد. فرجی‌دانا پیش‌تر در ۱۹ خرداد ۱۳۹۳، محمود نیلی‌احمدآبادی را به‌عنوان سرپرست دانشگاه تهران منصوب کرده بود‌ اما پس از معرفی نیلی، غلامعلی حدادعادل، رئیس فراکسیون اصولگرایان مجلس شورای اسلامی، اعلام کرد که انتخاب سرپرست دانشگاه تهران منجر به تیره‌شدن روابط مجلس و وزارت علوم می‌شود!
نیلی‌احمدآبادی تا آخر کار روحانی رئیس دانشگاه تهران ماند اما به‌دنبال انتشار یک نامه برکنار شد. نیلی‌احمد‌آبادی یک روز بعد از نگارش نامه‌ای برای آزادی یکی از دانشجویان این دانشگاه به قوه قضائیه برکنار شد و محمد مقیمی به‌عنوان سرپرست این دانشگاه انتخاب شد. نیلی‌احمدآبادی در مراسم تودیعش جمله‌ای گفت که همه اتفاقات رفته بر دانشگاه و خودش را توضیح می‌داد: « نگاه وزرای علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی باید به دانشگاه تغییر کند؛ دانشگاه تهدید نیست اگر در تصمیم‌گیری‌ها دانشگاه را محدود کنید نمی‌تواند به‌خوبی کار کند». اما مقیمی که به‌جای او نشست در دولت دوم محمد احمدی‌نژاد معاون اداری و مالی دانشگاه تهران و از چهره‌های حامی رئیسی بود. این در‌حالی بود که اصولگرایان معتقد بودند این دولت روحانی بوده که بعد از روی‌کار‌آمدنش دست به تغییر گسترده رؤسای دانشگاه‌ها زده است. عبدالله گنجی از روزنامه جوان قبل از برکناری نیلی‌احمدآبادی نوشته بود: «دولت روحانی دهه آخر مرداد 1392 مستقر شد و دهم شهریور-یعنی کمتر از 20 روز درحالی‌که وزارت علوم وزیر هم نداشت- رئیس دانشگاه علامه طباطبایی را تغییر داد؛ اما اکنون از این خبرها نیست و هیچ رئیس دانشگاهی تغییر نکرده است و شاید به‌زودی تغییر نکند، چون اعتدال رفته تندروها!! آمده‌اند». نکته عجیب اینکه بسیج استادان دانشگاه تهران که همین چند‌ماه پیش با نوشتن نامه‌ای مدعی شد دولت پیشین در دانشگاه تهرانی عملکرد سیاسی و غیرعلمی داشته، هیچ واکنشی به انتصاب سیاسی این دو نفر در هیئت امنا دانشگاه تهران نکرده است. در نامه پیشین آنها آمده بود: «عملکرد غیرعلمی، سیاسی و باندیِ هشت‌ساله مدیریت دانشگاه تهران در دو دولت گذشته؛ نمونه بارز عدم مسئولیت دینی، ملی و حرفه‌ای است که شواهد و ادلّه بسیاری بر آن دلالت واضح دارد. بدبختانه قربانیان اصلی این عملکرد جناحی و ضعیف، ناامیدی دانشجویان نخبه در نماد آموزش عالی، دانشگاه تهران، بوده و هست که از دو جهت علمی و اعتقادی متضرر شده‌اند و جبران این میراث باندی مشکل خواهد بود».
در ماجرای دعوای دولت احمدی‌نژاد و دانشگاه آزاد هم رئیس اسبق دولت اصرار داشت که فرهاد رهبر رئیس دانشگاه آزاد شود، اما هیات امنای این دانشگاه مخالف بود. در‌نهایت احمدی‌نژاد متوصل به شورای عالی انقلاب فرهنگی شد و این نهاد هم رأی به نفع احمدی‌نژاد داد‌ اما طبق مقررات، تا رئیس هیات‌امنای دانشگاه آزاد اسلامی حکم آقای دانشجو را امضا نکند، ریاست او بر این دانشگاه رسمیت نمی‌یابد، در نهایت احمدی‌نژاد چاره را در تلاش برای تغییر ترکیب هیات امنا دید! از این منظر ترکیب هیئت امنای دانشگاه‌ها به‌ویژه دانشگاه‌های اصلی برای اصولگرایان همواره مهم بوده است.