جماران: نشریه «حوزه» در شماره 16 خود که شهریور ماه 1365 انتشار یافت، مصاحبه ای با حضرت آیت الله حاج آقا رضا بهاالدینی داشته که نکات آموزنده زیادی دارد. مصاحبه کنندگان از آن عالم ربانی و معلم اخلاق درباره درس اخلاق در حوزه های علمیه و افرادی ک به عنوان الگو میتوانند راهنمای خودسازی و تهذیب نفس افراد باشند، پرسیدند و آن عالم مهذّب در جواب گفتند:

«مسأله اصلی تصمیم خود شخص است. هر کس باید به فکر خودباشد و بداند که پرونده حیاتی او را روزی بررسی خواهند کرد. البته ما بزرگانی داشتیم که بعد از زندگی ائمه معصومین(ع) می توان به عنوان اسوه و نمونه روی خصوصیات زندگی آنها تکیه کرد.

راجع به مرحوم حاج شیخ عبدالکریم حائری مؤسس حوزه علمیه قم و مرحوم شهید مجاهد آقا مصطفی خمینی که من سالیان دراز با آنها بودم،  دوست دارم چند سطری خود بنویسم، زیرا آنچه پیرامون شخصیت این دو بزرگوار میدانم جزء وجدانیات من است و به  آن معتقدم، بدون کم و کاست.»

آیت الله بهاءالدینی پس از نوشتن نظرش درباره شخصیت و بزرگواری های استاد خود آیت الله حائری یزدی، درباره شهید آیت الله سید مصطفی خمینی چنین مرقوم داشته اند:

بسمه تعالی

الحاج آقا مصطفی، آیت الله جمع بین المعقول و المنقول و السیاسه الاسلامیه الدینیه فی شبابه، و بلغ ما بلغ

من نوادر زماننا بل من نوادر الأعصار و الأزمان، صادق القول مع حسن النیّه، بصیر بالنفوس مع کمال الفطانه و الدهی، و له سهم وافر فی الانقلاب و حوادثه صابر فی المشکلات و نوائب الدهر.

إبن الامام، بل هو الامام، بل له اب مثل الامام، شدید الحب بالامام، لا لأجل الابوّه، والامام شدید الحبّ به، لا لأجل البنوّه، بل لجهات آخر لا مجال لذکرها.

آیت الله بهاالدینی، عالم مجاهد و محقق عالیقدر آیت الله شهید حاج آقا مصطفی خمینی را چنین توصیف کرده است:

او آیت الله بوده و از نظر علمی جامع علوم عقلی و نقلی و جامع آنها با سیاست اسلامی، در سن جوانی شد و به مقام و جایگاهی (بس والا) رسیده. او از نوادر زمان ما، بلکه از نوادر زمان ها و أعصار بوده است. هم صادق القول بوده و  هم حسن نیت داشته است. با کمال زیرکی و هوشیاری، به نفوس آگاهی داشت. او سهم فراوانی در انقلاب اسلامی و حوادث آن داشته و در مشکلات و گرفتاری های روزگار صابر و بردبار بوده است.

او فرزند امام بلکه خودش امام بوده، بلکه پدری مثل امام داشت و امام را شدیداً دوست می داشت، اما نه بدین خاطر که امام پدر او بوده، و امام نیز او را شدیداً دوست می داشت، اما نه به خاطر اینکه مصطفی فرزند او بوده است، بلکه[این علاقه شدید طرفینی میان این پدر و پسر] به خاطر جهات دیگری بوده که مجال ذکر آنها نمی باشد.

بله چنین بوده که امام او را «نور بصرم و مهجه قلبم» توصیف کرده است.

خداوند امام خمینی و فرزند عالم و شهیدش و نیز رفیق و همدرس او آیت الله بهاءالدینی را با پیامبر و آل پیامبر (علیه و علیهم السلام) محشور فرماید و طالبان و مستعدان تهذیب نفس و خودسازی را موفق به تأُسی به این صالحان و خوبان بفرماید.