حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی ضمن محکومیت کشتار شیعیان افغانستان، گفتند: بر همه سازمان‌های بین‌المللی و دولت‌ها نیز فرض است که تمام توان خود را برای جلوگیری از این ستم‌ها و جنایت‌ها به کار بگیرند. نتیجه سکوت امروز، آینده تلخ‌تر و سیاه‌تر برای این مردم مظلوم و کل منطقه و جهان اسلام است.
متن بیانیه حضرت آیت‌الله‌ شبیری زنجانی در محکومیت حمله تروریستی به نمازگزاران قندوز افغانستان بدین شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
«وَاتَّقُوا فِتنَه لَّا تُصِیبَنَّ الَّذِینَ ظَلَمُوا مِنکُم خَاصَّه وَاعلَمُوا انَّ اللَّهَ شَدِیدُ العِقَابِ»:
و بترسید از بلایی که در میان شما تنها ستمکاران دچار آن نمی‌شوند [و همه شما از سکوت در مقابل ظلم آسیب خواهید دید]، و بدانید که کیفر خداوند سخت‏ است (آیه 25 سوره انفال).
بار دیگر مردم مظلوم و شریف افغانستان هدف توحش کورکورانه، غیر انسانی و ضد اسلامی گروهی جنایتکار قرار گرفتند و ده‌ها نمازگزار بی‌گناه و بی‌دفاع قندوز به شهادت رسیدند. این‌جانب این مصیبت دردناک را به ساحت مقدس حضرت ولی عصر (عجل‌الله تعالی فرجه الشریف)، خانواده‌های عزادار و همه مردم مصیبت‌زده افغانستان تسلیت می‌گویم.
مردم ستم‌دیده و رنج‌کشیده افغانستان سال‌هاست که قربانی باندبازی جنگ‌طلبانه و اختلافات فرقه‌ای و قبیله‌ای شده و رنگ آرامش و زندگی را به خود ندیده‌اند. گروه‌های مختلفی با نام خدا و اسلام، دست به انواع جنایت‌ها و رفتارهای خلاف شرع در این کشور زده و می‌زنند و خصوصا زنان و کودکان مصائب بسیاری متحمل شده‌اند. اکنون نیز برای چندمین بار، گروهی درحال عبادت در مسجد، هدف حمله وحشیانه قرار گرفته و جان خود را از دست داده‌اند.
بر همه مسلمانان با هر مکتب و اندیشه‌ای، خصوصا بر عالمان و دولتمردان مسلمان فرض است که رفتارهای وحشیانه این گروه‌های مدعی اسلام را محکوم کنند تا نام مقدس اسلام، این آیین رحمانی و انسان‌ساز، بیش از این بدنام و آلوده به این توحش‌ها نشود.
بر همه سازمان‌های بین‌المللی و دولت‌ها نیز فرض است که تمام توان خود را برای جلوگیری از این ستم‌ها و جنایت‌ها به کار بگیرند. چنین رفتارهای وحشیانه‌ای فقط به سود قدرت‌هایی است که سعی دارند حضور مداخله‌گرانه در افغانستان داشته باشند و بر آلام این مردم بی‌پناه بیافزایند. نتیجه سکوت امروز، آینده تلخ‌تر و سیاه‌تر برای این مردم مظلوم و کل منطقه و جهان اسلام است.
«وَ سَیعلمُ الذینَ ظَلموا‌ ای مُنقَلبٍ ینقلِبونَ» (آیه 227 سوره شعراء).