جماران: رژیم بعث در دو مرحله ایرانیان مقیم عراق اخراج کرد. یکبار در دیماه سال 1350 و بار دوم در تیرماه سال 1354 که به تسفیر اول و تسفیر دوم مشهور است. در مرحله اول دولت عراق به همه ایرانیان ساکن دستور داد که باید این کشور را ترک کنند. حتی کسانی‌که چندین نسل آنها متولد عراق بودند و تنها شش روز به آنان مهلت داد تا تکلیف املاک و دارایی های منقول و غیر منقول خود را مشخص نمایند.

این فرمان ناگهانی و غیر مترقبه که در اعتراض به اعلام استقلال بحرین و واگذاری حاکمیت جزایر تنب بزرگ و کوچک و ابوموسی به ایران صادر شد، باعث ایجاد ناراحتی و اضطراب شدیدی بین ایرانیان ساکن عراق، به‌ویژه ساکنین نجف و کربلا گردید. به گونه‌ای که  روزنامه کیهان در ۹ دی ۱۳۵۰، خبر از «اخراج ۴۱ هزار ایرانی از عراق» داد. آیت‌الله محمدرضا رحمت در خاطرات خود می‌گوید:

آن روزها صحنه‌های بسیار عجیبی در نجف به چشم می‌خورد، کسانی از علماء را می‌دیدیم که در خیابان هنگام رفت و آمد با صدای بلند گریه می‌کردند، حرم امیرالمؤمنین(ع) یک حال و هوای دیگری داشت، وضع بسیار ناراحت کننده‌ای بود. (خاطرات نجف، ج2، ص48)

آیت‌الله محمود قوچانی هم می‌گوید: همهمه و ولولۀ خاصی به‌پا شد که برای مردم بسیار رقّت‌بار بود، حتی برای افراد متمکن، چه برسد به بیچاره‌ها و مستضعفین که هیچ‌جا و سرپناهی نداشتند. (همان ، ج1، 158)

حضرت امام در تاریخ دوم دیماه 1350در اعتراض به این تصمیم دولت عراق، تلگرافی خطاب به احمد حسن البکر رئیس‌جمهور وقت این کشور می‌فرستند. در بخشی از این پیام آمده است:

«در عصری که دولت‌ها به انواع تبلیغات می‌خواهند بر متحدین و متفقین خود بیفزایند و ملت‌ها را به بلوک خود متصل کنند، صلاح نیست دولت عراق ملت‌های بزرگ را از خود برنجاند و موجب تبلیغ برضد خود شود. ملت ایران، خود را از ملت عراق جدا نمی‌داند، و در مشکلاتی که برای این مملکت اسلامی پیش آمده در رأس مدافعین و مجاهدین بوده است... مصلحت نیست ملت‌هایی را که در اوقات آزاد در هر سال هزاران نفوس از آنها برای زیارت اعتاب مقدسه در این مملکت وارد می‌شوند و در اقتصاد آن تأثیر بسزا دارند، از خود براند. به نظر اینجانب این عمل با این شدت و خشونت که مأمورین انجام می‌دهند، در این سرمای مرگبار که زنها و اطفال در معرض هلاک هستند، به حیثیات سیاسیه و به اقتصاد مملکت صدمه می‌زند.» (صحیفه امام، ج2، ص404)

هم‌زمان با این پیام ایشان در جمع تعدادی از طلاب و ایرانیان سخنرانی کرده و می‌فرمایند: 

«در مدتها پیش که یهودیها را بنا بود از بغداد بیرون کنند، شش ماه مهلت دادند و یک جلسه‌ای درست کردند، هیأتی درست کردند که اموال اینها را به طور عادلانه بخرند و به آنها بدهند و بروند و با شما آقایان و با ملت شیعه در اینجا - ایرانی‌ها - اینطور رفتار کردند و من ناگوار است برایم که در یک همچو مملکتی که با ... اینطور رفتار می‌کنند، با مجاورین قبور ائمه - علیهم السلام – این‌طور عمل می‌کنند، من دیگر برایم گوارا نیست ماندن اینجا. بنابراین من فردا تذکره‌ها را می‌فرستم و از آنها تقاضا می‌کنم به اینکه اجازه بدهند ما برویم به لبنان.» (صحیفه امام، ج 2، ص406)

به دنبال موضعگیری حضرت امام، دولت عراق استاندار کربلا را که فرد بسیار بی‌رحم و خشنی بود، برای مذاکره خدمت ایشان فرستاد. امام در ابتدا حاضر به ملاقات با او نشد. آیت‌الله سید عباس خاتم در خاطرات خود می‌گوید:

 برخی از روحانیون از جمله حاج شیخ نصرالله خلخالی که از روحیات و مظالم او باخبر بودند خدمت امام رسیده و با التماس از ایشان می‌خواستند اجازه ملاقات بدهند، ولی امام زیر بار نمی‌رفت عاقبت به او فرمودند: تو دیگه چرا این قدر نگران هستی؟ من به او راه می‌دهم؛ ولی می‌خواهم صولتش بشکند، وقتی هم او را پذیرفتند، خیلی به او تشر زدند و گفتند: کاری که شما با ایرانی‌ها کردید با یهودی‌ها نکردید. (خاطرات نجف، ج 1ص106)

آیت‌الله محمود قوچانی نیز می‌گوید: با برخورد حضرت امام، همان شب در رادیو ابلاغ توقف اخراج از سوی رئیس‌جمهور عراق صادر شد، این در حالی بود که بیش از نود درصد ایرانی‌ها در سراسر عراق بارشان را بسته بودند. (همان، ص 162)

در همان ایام در ایران دو تن از سناتورها (جمشید اعلم و علامه وحیدی) در مجلس سنا علیه حضرت امام سخنرانی کرده و گفتند وی در عراق حضور داشته و اقدامی برای جلوگیری از اخراج ایرانیان نکرده است. مرحوم حجه الاسلام والمسلمین محمدتقی فلسفی نیز در مجلس ترحیم آقای چهل ستونی در مسجد بازار تهران به آنان پاسخ داده و اقدامات امام را در مقابله با این اقدام غیر ذکر کرد. این امر باعث ممنوع المنبر شدن وی تا زمان پیروزی انقلاب گردید.

پس از انعقاد قرارداد صلح الجزایر بین محمدرضا شاه و صدام حسین در اسفند 1353 مجددا رژیم عراق اقدام به اخراج طلاب و روحانیون ایرانی از این کشور کرد که حضرت امام برای بار دوم در دوم تیرماه سال 1354 به احمد حسن البکر تلگراف می‌کنند. ایشان در بخشی از این پیام می‌فرمایند:

«مصلحت نیست حوزۀ بیش از یک هزار سالۀ نجف اشرف که برای فقه اسلام تشکیل شده و در قلع فسادهای اخلاقی و اجتماعی اثر بسزا دارد، در زمان ریاست شما منقرض شود؛ مصلحت نیست بیش از یک هزار نفر رجال علم، آزرده خاطر، به این نحو از مملکت شما رانده شوند و در بلاد منتشر شوند؛ مصلحت نیست که مراجع عظام و مشایخ محترم که دنبال این تسفیر ممکن است هجرت کنند، از مملکت شما با این کیفیت خارج شوند... فکر وحدت مسلمین و دولت‌های اسلامی در راس برنامه زندگی این جانب است. من از اختلافات دولت‌های اسلامی نگران هستم، من از واقعه‌هایی که به شکاف بین مسلمین و دولت‌های آنها منتهی شود خائف هستم و نظر شما را به مفاسد حاصله از این عمل جلب می‌کنم و مقتضی می‌دانم دستور دهید متعرض حوزه مبارکه نشوند و اقامه آنها را چنانچه وعده کرده‌اند بدهند و به سایرین نیز اقامه دهند تا محصلین با دلگرمی به تحصیل و خدمت به اسلام و ممالک اسلامی مشغول باشند.» (صحیفه امام، ج3، ص 93)

گرچه این اقدام حضرت امام به علت برقراری روابط صلح‌آمیز بین دو دولت ایران و عراق و هماهنگ شدن مسئولان عراقی با حاکمیت ایران و عدم همراهی سایر مراجع عظام تقلید حاضر در عراق و کارشکنی برخی اطرافیان آنها، چندان موفقیت‌آمیز نبود و در ادامه با پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، فشار  دولت عراق برای اخراج ایرانیان شدت گرفت.

همین ایرانیان اخراج شده از عراق که به زبان عربی تسلط داشتند و در ایران به معاودین عراقی معروف شدند، بعدها با جنگ تحمیلی صدام علیه ایران با حضور در جبهه‌های جنگ کمک‌های شایانی به رزمندگان ایرانی کردند.