شیوه علمی و تحقیقی حضرت امام این بود که علاوه بر تدریس محققانه، خود به نوشتن مطالب تدریس شده میپرداخت که محصول آنها: یک دوره کامل اصول فقه، چهار جلد مسائل طهارت، دو جلد مسائل مکاسب محرمه، پنج جلد مسائل بیع و خیارات و یک جلد مسائل مربوط به خلل در نماز گردیده است.
جماران: امام خمینی بیش از پنجاه سال در حوزه های علمیه قم و نجف علوم اسلامی را تدریس می کرده که بیش از سه دهه آن به تدریس خارج فقه و اصول گذشت. ایشان از سال 1323 ش تدریس خارج اصول و سپس تدریس خارج فقه را آغاز کرد که تا واپسین روزهای اقامت در نجف اشرف ادامه داشت.
اگر سابقه تاریخی تعلیم و تعلّم علوم اسلامی در قم را به دورة هجرت اشعریون به این ناحیه بدانیم، نظری دور از واقعیت نگفته ایم، در طول قرون و اعصار، در این وادی با برکت و در جوار مضجع شریف حضرت معصومه(س) مشعل هدایتگر علوم آل محمد(ص) برقرار بوده است. البته تحولات روزگار و فراز و فرودهای تاریخی در پرفروغ یا کم فروغ کردن مدرسه اهل بیت در قم تأثیر داشته است، تا اینکه از آغاز سال 1301ش مصادف با رجب 1340ق با دعوت مصرانه علمای وارسته قم، فقیه متقی و مدبّر حضرت آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری(قدس سره) مدیریت و زعامت حوزه علمیه قم را به دست گرفت(حاج شیخ عبدالکریم حائری، ص 59). در آن روزگار سخت که هم پیامدهای اجتماعی ـ اقتصادی جنگ جهانی اول، تلفات و خسارات فراوانی برای ایرانیان داشت و هم از نظر سیاسی ناکارآمدی سلسله قاجار و عدم استقرار حکومت مشروطه واقعی، توجیه گر برآمدن دیکتاتوری رضاخان گردید، آیت الله حائری از سر اخلاص و تدبیر، چنان فعالیت کرد که در نظر همگان «مؤسس» شناخته شد. او در مکتب فقهی خود فقهای بزرگ فراوانی پرورش داد و استاد چندین تن از مراجع آینده شیعه شناخته شد. رحلت غریبانه او در سال 1314ش، رسالت و بار مسئولیت آیات ثلاث، صدر، حجت و خوانساری را سنگین کرد، اما آنان توانستند با فداکاری زیاد، دشواری های دوران دیکتاتوری نفس گیر سالهای آخر رضاخانی و سپس اوضاع بسیار بد پس از جنگ جهانی دوم را تحمل کنند و حوزه حاج شیخ را استمرار بخشند. تدبیر مخلصانه این سه آیت اخلاص و تقوی؛ و حمایت و همراهی علما و افاضل دیگر، زمینه ساز هجرت پرخیر و برکت فقیه بزرگ حضرت آیت الله بروجردی(قدس سره) به قم بوده که با زعامت مدبرانه خود و نیز تدریس سازنده و شاگردپروری های خود، دوره ای درخشان از نشاط علمی و دینی را برای ایران و حتی فضای خارج از ایران رقم بزند. ایشان محرم 1364ق مطابق با دی ماه 1323 ش با دعوت مصرانه مراجع و مدرسین وارد قم شد و تا فروردین1340ش که وفات کرد، با فقاهت و زعامت در خدمت اسلام و مسلمین بوده است.(جرعه ای از دریا، ج 3، ص 646)
امام خمینی(س) که در طبقه پس از آیات ثلاث از مدرسین برجسته علوم عقلی و نقلی و اخلاق حوزه علمیه قم بود و برای دعوت آیت الله بروجردی برای هجرت به قم بسیار فعالیت کرد، به مدت 7 ـ 6 سال در درسهای خارج فقه و اصول ایشان شرکت میکرد و حتی درسهای اصول ایشان را تقریر میکرد که بعدها در یک جلد با نام «لمحات الاصول» انتشار یافت. آیت الله بروجردی پس از ورود به قم شروع به تدریس فقه و اصول کرد، حضرات آیات مطهری و منتظری که از سالها پیش در اخلاق و فلسفه شاگرد حضرت امام و به جایگاه علمی وی آگاه بودند، از ایشان درخواست کردند تا درس اصول ـ از مباحث أمارات ـ برای آنها داشته باشد، چرا که از اول مباحث اصول ـ مبحث الفاظ ـ را در درس آیت الله بروجردی شرکت میکردند. آیت الله منتظری در تقریرات خود می نویسد: «شرعها بطلب و إصرار منّی و من أخی الشهید آیت الله المطهری (طاب ثراه)، لما عرفنا منه آنذاک ما خفی علی غیرتا من العبقریه و الألمعیّه و کمال الدقه و ذکاء النظر. فطلبنا من سماحته أن یشرع لنا بحثاً اصولیاً حول ما طرجه المحقق الخراسانی فی المجلد الثانی...»(محاضرات فی الاصول، ص 9)
و این آغاز تدریس درس خارج و اجتهادی امام خمینی بوده که از آن پس بیش از سه دهه در حوزه های علمیه قم و نجف استمرار یافت.
محصول این اولین درس خارج اصول که تا سال 1330 ش ادامه یافت و با دو نفر آغاز و در سالهای بعد با اضافه شدن نفراتی دیگر به صورت محدود با شرکت 12 ـ 10 نفر خاتمه پیدا کرد، از چنان کیفیت و غنای علمی برخوردار بود که از آن کتاب های: انوار الهدایه فی التعلیقه علی الکفایه(2 جلد)، بدایع الدرر فی قاعده لاضرر، الاستصحاب، التعادل و الترجیح و الاجتهاد و التقلید، به قلم حضرت امام نوشته شد که با نوشته شدن «مناهج الوصول إلی علم الاصول» در دو جلد و رساله طلب و اراده، در دوره دوم تدریس اصول ایشان، یک دوره کامل مسائل اصول فقه به صورت تحقیقی و اجتهادی کامل شد. همین تدریس موفق و بسیار علمی و کیفی، زمینه ساز رونق اعجاب آور درسهای خارج امام در دهه سی تا قبل از آغاز نهضت برای صدها تن از فضلای حوزه علمیه قم گردید و شاگردان درس ایشان، پس از شاگردان درس آیت الله بروجردی بیشترین تعداد را به خود اختصاص داده بود و به ویژه درس خارج اصول ایشان زبانزد همگان بوده است.
حضرت امام پس از آغاز این درس اجتهادی در همان دهه بیست، دو درس خارج فقه ـ مبحث خیارات و زکات ـ را شروع کرد که مدت طولانی ادامه پیدا نکرد، اما از سال 1330 ش، هم دوره دوم از تدریس خارج اصول را آغازکردند و هم به موازات آن تدریس خارج فقه مبحث «طهارت» را و پس از اتمام آن، دوره سوم خارج اصول را آغاز کردند و مبحث «مکاسب محرمه» و به دنبال آن مباحث «البیع» را شروع کردند که بخشهای پایانی دوره اصول به خاطر مبارزات ناتمام ماند و مباحث بیع هم تا مسئله «بیع فضولی» رسید و متوقف شد.(ر.ک به مقدمه لمحات الاصول، به قلم آیت الله سبحانی)
حضرت امام پس از گرفتاریهای زندان و تبعید و پس از انتقال تبعیدگاهشان به نجف، تدریس خارج فقه را از اول مبحث «بیع» آغاز و تا پایان مبحث «خیارات» به پایان برد و دو سال پایانی حضور در آن حوزه شریف مبحث «خلل» در نماز را تدریس میکرد.
شیوه علمی و تحقیقی حضرت امام این بود که علاوه بر تدریس محققانه، خود به نوشتن مطالب تدریس شده میپرداخت که محصول آنها: یک دوره کامل اصول فقه، چهار جلد مسائل طهارت، دو جلد مسائل مکاسب محرمه، پنج جلد مسائل بیع و خیارات و یک جلد مسائل مربوط به خلل در نماز گردیده است. رساله لاضرر، رساله طلب و اراده و رساله تقیّه، از رسائل علمی نوشته شده در همین سه دهه تدریس دروس اجتهادی بوده که چون موضوع آنها از جنسی متفاوت بوده، در رساله های جداگانه نوشته شد، که این خود نشان دهنده جلوه دیگر از شخصیت علمی حضرت امام است که مرز میان علوم و رشته های گوناگون را رعایت و از خلط و در هم آمیزی آنها اکیداً پرهیز میکرد. آنچه نوشته شد گزارشی اجمالی از درسهای خارج فقه و اصول امام خمینی بوده است. اما گزارش از تدریس اخلاق، مقدمات و سطوح عالیه، منطق و کلام و فلسفه و عرفان، مجال و فرصت دیگری میطلبد.