آیت الله قاضی در کنار مبارزات و علمداری قیام مردم تبریز در برابر ظالمان طاغوتی و ماموران ساواک، دست از مبارزه بر نداشت و حضور ایشان در صف اول راه پیماییها، مردم آذربایجان را دلگرم می کرد و هیچ گاه مردم را در مبارزات رها نمی کرد و در کنار مبارزات ، تلاش های علمی و فرهنگی وی در مجامع علمی اسلامی در داخل و خارج از کشور و چاپ مقالاتش آثار متعددی از خود به یادگار گذاشت.
جماران: آیت الله سید محمد علی قاضی طباطبایی در بیست و چهارم فروردین 1292 در خانواده اصیل و سرشناس عالم پرور و پر آوازه آذربایجان (تبریز) به دنیا آمد و در دهم آبان 1358 بشهادت رسید. خاندان قاضی از دیر باز جزو دانشمندان دیار تبریز بودند که چندین قرن به حل و فصل امور اجتماعی و شرعی مردم می پرداختند.
والد ایشان حاج میرزا باقر قاضی در سال 1285 ق مقدمات علوم دینی را در حوزه علمیه تبریز از محضر میرزا محمود اصولی ، سیدعلی یزدی و حاج میرزا محمدعلی قواچه داغی فراگرفت. برای تکیمل تحصیلات به نجف رفت و نزد میرزای شیرازی ، میرزا حبیب الله رشتی و میرزا محمد باقر اصطهباناتی خارج فقه و اصول را فرا گرفت و به درجه اجتهاد رسید. در سال 1324 ق به تبریز برگشت و عمر با برکت خود را صرف فرهنگ تشیع کرد .
سید محمدعلی مقدمات را نزد پدر آموخت. سپس میرزا محمد حسین و حاج میرزا اسدالله قاضی که از مربیان ایشان بودند تربیت و پرورش وی را به عهده گرفتند. این دو بزرگوار که عموهای سیدمحمدعلی بودند نقش به سزایی در پرورش و رشد شخصیت علمی و فکری او داشتند، سپس به مدرسه طالبیه تبریز رفت و از استادان این حوزه بهره مند شد. سید محمدعلی در کنار فراگیری درس که با هوشیاری و کنجکاوی به دنبالش بود با بیدادگری و ستیز رضاخان که با ارزشهای مذهبی داشت نیز مواجه بود، از پدرش شیوه مبارزه با زورگویان رضاخانی را فراگرفت. نخستین تجربه مبارزه او در دوره نوجوانی و در شانزده سالگی بود. هنگام انقلاب مردم تبریز در سال 1307 (1348 هجری قمری) عالمان این دیار از جمله والد بزرگوارش به تهران تبعید شدند او نیز به همراه پدرش در این تبعید ناخواسته حدود دو ماه بعد به مشهد منتقل شدند و یک سال در مشهد ماندند و پس از آن به زادگاه خویش بازگشتند در این تبعید سیدمحمدعلی به خوبی با ظلم ستیزی رضاخان آشنا شد.
سید محمدعلی مدت ده سال در تبریز سرگرم فراگیری دانش بود و در سال 1319 ه.ش برای تکمیل علوم حوزوی به قم رفت و از محضر استادان برجسته حوزوی بهره های فراوان برد. ازجمله شرح منظومه سبزواری و اسفار ملاصدرا را از محضر حضرت امام استفاده کرد واین باعث شدارتباط صمیمانه ای میان این دو برقرار شود .
ایشان علاوه بر حکمت و فلسفه، در درس خارج اصول فقه امام نیز شرکت کرد و در عرصه های گوناگون از دانش و اندیشه امام بهره مند گشت. وی از امام مفتخر به دریافت اجازه روایت نیز شده است. او در سال های خفقان شاه ، مرادش را "مرجع اکبر و اشهر" می نامید و در هر فرصتی اندیشه های والای امام خمینی (ره) را بیان می کرد
شهید سیدمحمدعلی قاضی طباطبایی نزد آیات عظام گلپایگانی ، حجت کوه کمری و سیدصدرالدین صدر نیز به تکمیل دروس فقهی و فراگیری دانش درایه و رجال پرداخت . ایشان بعداز ده سال کسب دانش و معرفت اندوزی در حوزه علمیه قم، در سال 1329 ه.ش راهی نجف اشرف شد. و به مدت سه سال از محضر آیات عظام سید محسن حکیم، سیدعبدالهادی شیرازی، شیخ محمدحسین کاشف الغطا، شیخ عبدالحسین رشتی، حاج میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی بهره برد.
در میان استادان نجف اشرف ، ایشان به کاشف الغطا احترام ویژه ای میگذاشت و با آن فقیه فرزانه انس و الفتی برقرار کرده بود. عاملی که باعث این انس و الفت بود تزکیه نفس، فضیلت های اخلاقی، مهارت علمی و گستردگی نظر کاشف الغطا در عرصه های سیاسی و اجتماعی بود.
قاضی طباطبایی از بیست تن از مراجع و استادان برجسته قم و نجف اشرف اجازه اجتهاد و روایت اخذ کرد و بعداز سه سال اقامت در نجف به زادگاه خویش برگشت. او در سن 42 سالگی مجتهدی توانمند و دانشمندی خردمند بود که امام جماعت مسجده مقبره تبریزشده و به فعالیت های گسترده تبلیغی ، آموزشی و فرهنگی در عرصه سیاسی و اجتماعی پرداخت. در سال 1342 ه.ش که قیام شکوهمند پانزده خرداد شکل گرفت . ایشان به عنوان رهبری مردم و عالمان تبریز در برگزاری راهپیمایی و اعتراضات مردمی نقشی تعیین کننده داشت.
در سالهای 1342 و 1343 سه بار او را دستگیر و زندانی کردند. ایشان اولین کسی بود که پس از تبعید امام به عراق مجبور شد در نجف زندگی کند و پس از یکسال به ایران بازگشت و حدود نه ماه در تهران زیر نظر ساواک ساکن بود و بعد از آن به تبریز برگشت.
نقش ایشان در هدایت و رهبری مبارزات عالمان و مردم آذربایجان به گونه ای بود که او را خمینی دوم یا خمینی آذربایجان نامیدند. به دنبال مبارزات ضدطاغوتی ایشان در 30 آذر 1347 همزمان با عید سعید فطر در مسجد مقبره، با سخنرانی مهم و انتقاد از شاه و مزدورانش، آشکارا از امام خمینی حمایت کرد. ایشان را به مدت شش ماه به شهرستان بافت از توابع استان کرمان تبعید کردند. وی در آنجا نیز با مقاله های تند و انقلابی و نامه های افشاگرانه از رژیم پهلوی انتقاد می کرد.
بعد از اقامت شش ماهه در شهرستان بافت به یکی از شهرستان های شمال کشور منتقل شد و در هفتم تیرماه 1348 به زنجان تبعید شد . ولی وی به زنجان نرفت و یازدهم تیرماه وارد بستان آباد در حوالی تبریز شد . وقتی ساواک باخبر شد وی را روز بعد به زنجان منتقل کرد .
در اربعین شهدای 19 دی 1356 مردم قم ، آیت الله قاضی با هم فکری مراجع و عالمان دیگر شهرها و با هم فکری فقیهانی چون آیت الله حاج سید حسن انگجی با انتشار بیانیه ای مردم مبارز تبریز را به شرکت در مراسم چهلم شهدای 19 دی دعوت کرد. ماموران شهربانی و ساواک به این مراسم هجوم برده و به ساحت مقدس مسجد اهانت کردند و یکی از جوانان به دست ساواک به شهادت رسید و موجب گسترش موج انقلاب کردید.
آیت الله قاضی در کنار مبارزات و علمداری قیام مردم تبریز در برابر ظالمان طاغوتی و ماموران ساواک، دست از مبارزه بر نداشت و حضور ایشان در صف اول راه پیماییها، مردم آذربایجان را دلگرم می کرد و هیچ گاه مردم را در مبارزات رها نمی کرد و در کنار مبارزات ، تلاش های علمی و فرهنگی وی در مجامع علمی اسلامی در داخل و خارج از کشور و چاپ مقالاتش آثار متعددی از خود به یادگار گذاشت.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی در مرداد سال 1358 حضرت امام ایشان را به عنوان نماینده تام الاختیار خویش و امام جمعه تبریز منصوب کرد . نخستین نماز جمعه تبریز در روز 27 مرداد 1358 (روز جهانی قدس ) برگزار شد. آیت الله قاضی بعد از انتصاب بعنوان نماینده تام الاختیار امام، با راه اندازی و تشکیل کمیته های انقلاب اسلامی در حفظ نظم و آرامش مردم تلاش چشم گیری داشت و در بازسازی مساجد و دیگر اماکن مذهبی فعالیت می کرد.
سرانجام پس از عمری تلاش و کوشش و فراگیری علم و جهاد و مبارزه و خدمت به اسلام و مردم خطه آذربایجان ، روز دهم آبان سال 1358 در روز عید سعید قربان پس از اقامه نماز مغرب و عشاء به دست گروه فرقان ترور شد و مردم آذربایجان پیکر آن عارف زاهد و عالم نستوه را بعد از تشییع در مسجد مقبره و در کنار نیاکانش به خاک سپردند.
حضرت امام خمینی طی پیامی فرمودند: "با کمال تأسف ، ضایعه ناگوار شهادت عالم مجاهد حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سیدمحمدعلی قاضی طباطبایی رحمت الله علیه را به عموم مسلمانان متعهد و علمای مجاهد و مردم غیور و مجاهد آذربایجان و خصوص بازماندگان این شعید سعید تسلیت عرض میکنم و از خدای متعال صبر انقلابی برای مجاهدین راه حق و اسلام خواستارم "
روحش شاد و نامش جاودان