یادگار امام حجت‌ الاسلام و المسلمین حاج سید احمد خمینی صبحگاه 22 اسفند 73 به علت عارضه قلبی و تنفسی در بیمارستان شماره دو بقیة الله الاعظم(عج)  بستری شد؛ دکتر حسن عارفی، سرپرست تیم پزشکی در این خصوص گفت: «حاج سید احمد خمینی تا ساعت 2:30 بامداد دیروز در حالت عادی به سر می‌‌‌ بردند و با خانواده خود گفت و گو می‌‌‌ کردند.‌ هنگامی که ساعت 8 بامداد خانواده حاج سید احمد خمینی وارد اتاق ایشان شدند متوجه شدند که قلب از کار ایستاده و تنفس نیز قطع شده است».‌

‌همچنین تیم پزشکی نیز با صدور اطلاعیه ای در خصوص بستری شدن یادگار امام این طور توضیح داد: «به اطلاع ملت شریف و وفادار می‌‌‌ رساند، صبح دیروز آن عزیز دچار ایست قلبی ـ تنفسی شد و به محض اطلاع به بیمارستان شماره 2 بقیة الله الاعظم انتقال یافت و یک تیم پزشکی با تخصص‌‌‌ های گوناگون با تمام توان برای بهبود حال ایشان به کار گرفته شد.‌

‌‌هم اکنون نیز تلاش‌‌‌ های بی‌‌‌ وقفه کادر پزشکی ادامه دارد و از تمامی شیفتگان این بیت مکرم تقاضامندیم برای شفای عزیزی دعا کنند که در تمامی فراز و نشیب‌‌‌ های سخت و طولانی مدت در انقلاب اسلامی، لحظه‌‌‌ ای بنیانگذار این نظام مقدس را تنها نگذاشت و حق بزرگی به گردن همه عاشقان انقلاب اسلامی دارد.‌»

حاج سید احمد خمینی تا هنگام ارتحال امام خمینی(س) در 14 خرداد 1368، از مشاوران امین حضرت امام بود؛ اما پس از ارتحال امام هیچ سمت و نقش رسمی نداشت. با این حال بستری شدن او در بیمارستان انعکاس فراوانی در رسانه های داخلی و خارجی داشت و همه آنها علت بستری شدن یادگار امام در روز 21 اسفند ماه را مشکلات قلبی و تنفسی اعلام کردند.

خبرگزاری فرانسه و آسوشیتدپرس از جمله رسانه های خارجی فعال در این زمینه بودند. به عنوان نمونه، اسوشیتدپرس 22 اسفند ماه نوشت: «پسر (امام) خمینی، رهبر فقید ایران، که احتمال می‌‌‌ رفت به مقام بالایی دست یابد، بنا به گزارش امروز (دوشنبه) رادیو دولتی ایران پس از یک سکته قلبی وسیع، دچار مرگ مغزی شده است.‌ (حجت‌‌‌ الاسلام) احمد خمینی که یک روحانی شیعه در رده متوسط محسوب می‌‌‌ شود، از زمان فوت پدرش در ژوئن 1989، عضو شورای عالی امنیت ملی بوده است.‌ او نیز همچون پدرش یک مخالف سرسخت آمریکا بود و با توجه به بلندپروازی سیاسی‌‌‌ اش پیش‌ بینی می‌‌‌ شد که قدرت را در ایران به دست گیرد.‌ اما از فوت (امام) خمینی در شش سال پیش، او به گونه‌‌‌ ای قابل توجه در حاشیه قرار داشت.‌

‌‌قبل از فوت امام خمینی (حجت‌‌‌ الاسلام و المسلمین) احمد خمینی چشم و گوش پدرش بود و بر امور دیدارهای وی نظارت داشت، که این امر وی را از نفوذ شایان توجهی برخوردار کرده بود.‌ در آن زمان بسیاری بر این باور بودند که وی به عنوان شخصی که نام خمینی را بر خود دارد، برای جلب حمایت مردم، برای به دست گرفتن پستی سیاسی با دشواری کمی روبره رو خواهد شد.‌»

‌‌از نکات جالب توجه دیگر در بستری شدن حاج سید احمد خمینی عیادت چهره های تراز اول کشور از او بود. آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب، آیت الله هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور وقت، حجت الاسلام و المسلمین علی اکبر ناطق نوری رئیس وقت مجلس شورای اسلامی و حجت الاسلام و المسلمین محمدی گلپایگانی رئیس دفتر مقام معظم رهبری از جمله شخصیت های سیاسی بودند که به عیادت یادگار امام رفتند. آیت الله هاشمی در طول 24 ساعت سه بار برای عیادت به آی سی یو بیمارستان بقیة الله(عج) رفت و در جریان روند معالجه و گزارش های تیم پزشکی حاج سید احمد خمینی قرار گرفت‌‌ و به گروه 30 نفره پزشکی ایشان دستور داد در صورت لزوم با همه پزشکان ایرانی و خارجی کاملاً مشورت شود.‌

به نقل از یکی از اعضای خانواده امام خمینی(س) گفته شد که ایشان برای درمان به خارج فرستاده نخواهد شد، اما دکتر سیمون بارسونز، پزشک انگلیسی روز 23 اسفند ماه وارد تهران شد تا به گروه پزشکی بپیوندد.‌ در همین روز تیم پزشکی اعلام کرد که حاج سید احمد خمینی در حالت کمای مغزی قرار دارد و حتی به نقل از یکی از اعضای نامشخص گروه پزشکی گفته شد: «حجت‌‌‌ الاسلام اکنون مبتلا به مرگ مغزی است».

‌‌دکتر عارفی، رئیس تیم پزشکی حاج سید احمد خمینی نیز در گفت و گو با واحد مرکزی خبر، با تشریح وضع درمانی ایشان، گفت: «گروه پزشکی کامل با استفاده از تخصص های مختلف تمام تلاش خود را برای رفع مشکلات کبد، خون و تنفس ایشان به کار گرفته‌‌‌ اند.‌ در حال حاضر مغز و سیستم عصبی حجت‌‌‌ الاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینی کار نمی ‌کند، ولی قلب وی در حال تپش است و تیم پزشکی محتاج دعای خیر امت اسلامی برای شفای عاجل یادگار گرامی حضرت امام خمینی است.‌»

مردمی که هنوز داغ از دست دادن امام خمینی(س) در دل های آنها تازه بود، با دلی مضطرب، گلویی بغض گرفته، چشمی به اشک نشسته به درگاه ایزد متعال دست استغاثه برداشتند و شفای عاجل حاج سید احمد خمینی را از او خواستار شدند. در این استغاثه، نفوس پاک و مطمئنه در هر کوی و برزن و خانه‌‌‌ ای این نغمه الهی را بر لب داشتند که: «امن یجیب المضطر اذا دعاه و یکشف السوء».

‌‌تلاش های گروه 30 نفره پزشکی راه به جایی نبرد و دست تقدیر الهی چنین حکم کرد که روز 25 اسفند ماه دومین پسر امام خمینی(س) در سن 49 سالگی دعوت حق را لبیک گفته و روح بلند و ملکوتی اش به پدر بزرگوار و برادر شهیدش بپیوندد و دل های مردم شیفته و دلداده به خاندان خمینی را یک بار دیگر در ماتم و عزا فرو ببرد. مردمی که هنوز پس از گذشت حدود شش سال از رحلت بنیانگذار جمهوری اسلامی در ماتم از دست دادن امام و مقتدای خویش بودند، مجبور به وداع با فرزند امامشان شدند و با تسلیم به اراده الهی بر سر و سینه زنان با پیکر پاک حجت الاسلام و المسلمین حاج سید احمد خمینی وداع کردند.