در پی درگذشت آیت‌الله واعظ زاده خراسانی، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی پیام تسلیتی صادر کرد.
متن پیام بدین شرح است:
«انالله و انااليه راجعون»
درگذشت آیت‌الله محمد واعظ زاده خراسانی باعث تألم و تأسف خاطر گردید.
عالم بزرگواری که به عنوان مؤسس دانشگاه مذاهب اسلامی و نخستین دبیرکل مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی، تلاش‌های زیادی برای تقویت وحدت و جلوگیری از اختلافات مذهبی داشته است.
با تسلیت فقدان این روحانی محقق حوزه‌های علمیه نجف اشرف، قم و مشهد الرضا، علوّ درجات ایشان و صبر و اجر بازماندگان، به خصوص فرزندان آن مرحوم و بويژه جناب آقاي دكتر صادق واعظ زاده همكارمان در مجمع تشخيص مصلحت نظام را از درگاه خداوند باریتعالی خواستارم.