از ویژگی های ایشان آن که ارادتی خاص به خامس آل عبا حضرت امام حسین  علیه السلام  داشت و بر اقامه عزا و گریه پیرامون مصائب  و اشک ریختن بر مصیبت های آن حضرت مداومت می نمود و از جمله کتاب هایش« مثیر الاحزان » امام می باشد. 

 شاه قاجار خواست با ایشان پیوند خانوادگی برقرار نمایند و فرزند این عالم جلیل القدر را به دامادی برگزیند. ولی علی رغم اصرار شاه، ملا محسن یزدی از خواسته او سرباز زد و مانع ازدواج فرزندش با دختر شاه شد. 

 این دانشمند بزرگ را داستانی دیگر است در خصوص مبارزه با حاکم یزد که در این جا یاد می شود: گویند، هنگامی که وی دید حاکم ستمگر یزد بیداد می کند، مردم ستمدیده را آگاه نموده علیه او بسیج کرد تا آن که با افتضاح زیاد نماینده شاه را از یزد بیرون کرد. حاکم یزد وقتی نزد شاه آمد، بدون آن که از ظلم خودش سخنی به میان آورد، به سمپاشی و تبلیغات سوء علیه آخوند دست زد. 

 شاه برای فرو نشاندن قیام یزد، رهبر قیام را به تهران احضار کرد و در اولین رویاروئی به آخوند یزدی پرخاش و تندی کرد.

 سلطان تشریح واقعه یزد و تفصیل جریان را از وی خواست و منظورش این بود که در بازجوئی وی خود را تبرئه نموده اصلاً منکر شود که در نهضت دست داشته است.

 آخوند با کمال شهامت فرمودند : من او را از شهر بیرون کردم و چون حاکم ظالمی است که فقرا از دست او به ستوه آمده بودند لذا من علیه او قیام نمودم!

 فتحعلی شاه که با این قاطعیت روبرو گشت، عصبانی شده با حالت تغیر، رو به اطرافیان کرد و گفت: چوب و فلک را بیاورید تا تنبیهش کنیم. پس از آماده شدن چوب و فلک، پاهای آخوند برای کتک و شکنجه بسته شد. شاه به امین الدوله اصفهانی رو نموده گفت:

 یقیناً دامن آخوند از این آلودگی ها پاک است و ظاهراً ایشان هیچ نقشی در چنین واقعه خطرناک نداشته و این بی حرمتی ها و جسارت ها از طرف عده ای اوباش و مردم عادی صورت پذیرفته، و....

در واقع می خواست با این سخنان به آخوند تلقین کند که خودت را تبرئه کن و یک کلمه بگو من دخالت نداشتم وخودت را راحت کن!

امین الدوله که هدف شاه را می دانست با تکان دادن سر، سخن وی را تصدیق کرد و گفت: ایشان به حضرت اقدس همایونی ارادتمند و وفادارند و به مقام با عظمت ملوکانه، جسارتی روا نمی دارند.

 ناگاه آخوند در همان حالی که پایش در فلک بود، با عصبانیت فریاد زد: چرا سلطان دروغ می گوید؟ من حاکم را بیرون کردم، خودم بودم، مردم و رعایا هیچ تقصیری ندارند؟

 شاه که با چنین برخورد غیر منتظره ای مواجه شد با اشاره به أمین الدوله فهماند که: واسطه شود تا آخوند را آزاد کنم.

 امین الدوله هم رو به شاه کرد و گفت : ایشان محترم و از بزرگان علماست به خاطر من از خطایش درگذر و مورد عفو ملوکانه اش قرار ده.

  آنگاه پای آخوند را باز کردند و او برخاست و به منزل رفت.[ ١]

 --------------------------------------------------------------------------------

 . ١ ] . قصص العلما، صفحه ١٠١  ١٠٢

(استفاده از اين مطلب فقط با ذكر نشاني سايت جايز است)