علی مطهری در گفت‌وگو با خانه ملت، با اشاره به انتقادات آیت‌الله مصباح یزدی از رئیس‌جمهور، گفت: من دقت‌نظرها و اعلام خطرهای جناب آقای مصباح یزدی در مباحث  فرهنگی و فکری و ایدئولوژیک را می‌پسندم و برای جلوگیری از انحراف و تغییر مسیر انقلاب اسلامی مفید می‌دانم.

نماینده مردم شهرستان‌های تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر در مجلس شورای اسلامی ادامه داد: ولی این سوال برای بنده ایجاد شده است که چرا آقای مصباح در زمان دولت قبلی که انحرافات فرهنگی بیشتر از امروز بود و رئیس‌جمهور سابق و آقای مشایی افکار ویژه مخالف مبانی و آرمان‌های انقلاب اسلامی را مطرح می‌کردند از قبیل مکتب ایران، وحدت ادیان و بیداری انسانی بجای بیداری اسلامی و همین طور فیلم‌های سینمایی که در آن به دنبال عادی‌سازی روابط زن شوهردار با مرد بیگانه بودند و یا رئیس جمهور وقت مسئله نظارت بر پوشش اسلامی را به سخره می‌گرفت، در آن زمان جناب آقای مصباح این مقدار عکس‌العمل نشان نمی‌دادند و فقط به اشاراتی اکتفا می‌کردند.

وی با بیان اینکه امروز آقای مصباح، یک جمله رئیس‌جمهور را که قابل تاویل است به سکولاریسم تفسیر می‌کنند و با تندی به وی حمله می‌کنند، افزود: لذا این شائبه ایجاد می‌شود که حب و بغض‌ها در اینگونه قضاوت‌ها دخالت دارد.  

عضو کمیسیون فرهنگی مجلس ادامه داد: این مسئله درباره برخی ائمه جمعه نیز صدق می‌کند. برخی در زمان دولت قبل که وضع فرهنگ بدتر از امروز بود ساکت بودند ولی اکنون اعلام خطر می‌کنند.