اما امام خمینى(س) پرچم مبارزه را بر زمین ننهاد و مردم را به ادامۀ قیام علیه خودسری‌ها و سیاست‌هاى رژیم وابستۀ شاه فراخواند، نقطۀ عطف این مرحله از مبارزات امام، مخالفت با رفراندوم امریکایى شاه در 6 بهمن 1341 تحت عنوان «انقلاب سفید»  بود. در پى آن، مأموران نظامى و انتظامى رژیم به همراه جمعى از چماقداران و اوباش در 2 فروردین 1342 ـ مصادف با سالگرد شهادت حضرت امام جعفر صادق(ع) ـ به مدرسه فیضیه قم یورش بردند.

این واقعه و فشارهاى پس از آن، نتیجه‏ اى معکوس براى رژیم داشت. امام خمینى در هر فرصتى ـ با تأکید بر اصل جدا نبودن دین از سیاست ـ مردم و روحانیت را به قیام عمومى فرا مى ‏خواند. محور مخالفت‌ها و افشاگری‌هاى امام در این مقطع عبارت بود از: تأکید بر وابستگى همه جانبۀ شاه به بیگانگان به ویژه دولت امریکا، روابط پشت پرده و پیوندهاى رو به گسترش شاه با اسرائیل، مخالفت مخفى و علنى شاه با احکام مترقى اسلام، و سلب آزادی هاى مردم توسط رژیم.