متاسفانه تعدادى از رساله ها و تاليفات نفيس امام  در جا به جايى از منازل اجاره اى و در جريان چندين مرحله  يورش ‍ مامورين ساواك به منزل و كتاب خانه ايشان  مفقود گرديده است .

در اين جا فهرست اسامى آثار و تاليفات امام را بر طبق تاريخ نگارش مرور مى كنيم :

1 شرح دعاى سحر

2 شرح حديث راءس الجالوت

3 حاشيه امام بر شرح حديث راءس الجالوت

4 حاشيه بر شرح فوائد الرضويه

5 شرح حديث جنود عقل و جهل

6 مصباح الهداية الى الخلافة و الولاية

7 حاشيه بر شرح فصوص الحكم

8 حاشيه بر مصباح الانس

9 شرح چهل حديث

10 سرّ الصلوة (صلاة العارفين و معراج السالكين )

11 آداب نماز؛ يا (آداب الصلوة )

12 رساله لقاء الله

13 حاشيه بر اسفار

14 كشف الاسرار

15 انوار الهداية فى التعليقة على الكفاية (2 جلد)

16 بدايع الدرر فى قاعدة نفى الضرر

17 رسالة الاستصحاب

18 رسالة فى التعادل و التراجيح

19 رسالة الاجتهاد و التقليد

20 مناهج الاصول الى علم الاصول (2 جلد)

21 رسالة فى الطلب و الاراده

22 رسالة فى التقيه

23 رسالة فى قاعدة من ملك

24 رسالة فى تعيين الفجر فى الليالى المقمرة

25 كتاب الطهارة (4 جلد)

26 تعليقة على العروة الوثقى

27 المكاسب المحرمة (2 جلد)

28 تعليقة على وسيلة النجاه

29 رسالة نجاة العباد

30 حاشيه بر رساله ارث

31 تقريرات درس اصول آيت الله العظمى بروجردى

32 توضيح المسائل (رساله علميه )

33 مناسك حج

34 تحرير الوسيلة (2 جلد)

35 كتاب البيع (5 جلد)

36 تقريرات دروس امام خمينى

37 كتاب الخلل فى الصلوة

38 حكومت اسلامى يا ولايت فقيه

39 جهاد اكبر يا مبارزه با نفس

40 تفسير سوره حمد

41 استفتائات

42 ديوان شعر

43 نامه هاى عرفانى

44 صحيفه نور

45 وصيتنامه سياسى الهى