متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسمه تعالی
درگذشت عالمِ عامل و پرهیزگار مرحوم آیت الله آقای حاج شیخ ابوالقاسم خزعلی رحمت الله علیه را به خاندان محترم و همه ی بازماندگان و نیز به دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می کنم. عمر با برکت این روحانی با فضیلت، سرشار از نقطه های درخشان است، سالیان دراز بهره گیری از درس امام خمینی و دیگر فقهای بزرگ در قم و مشهد، همراهی با امام بزرگوار از آغازین روزهای نهضت انقلابی و دفاع شجاعانه از آن بزرگمرد و در دوران دشوار اختناق طاغوتی با بینایی رسا و صریح، حضور در مسئولیت های سنگین پس از پیروزی و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان، صبر جمیل بر شهادت فرزندش در قم و در هنگامه ی حرکات انقلابی ملت ایران و آنگاه حفظ قرآن و انس با آن و با دریای بی پایان حدیث و نیز فعالیت بلند مدت در تبلیغ و بیان معارف اسلامی، و آنگاه ثبات قدم در خط اصیل و صراط مستقیم انقلاب در همه حال و تا پایان زندگی ... 
اینها سرفصل های مهم زندگی این عالم متقی و پرکار است که در دیوان الهی مضبوط و مأجور است انشاالله.
رحمت و مغفرت الهی برای آن بزرگوار مسألت می کنم.