جی پلاس، درباره اینکه منظور از اصلاح دانشگاه ها در دیدگاه امام خمینی (س) چه بوده، برداشت ها متفاوت بوده و همین تفاوت در برداشت از مفاهیم در کلام ایشان، اختلاف نظرهایی را در طیف های مختلف ایجاد کرده و با تغییر دولت ها، رویکردها برای تحقق این امر نیز تغییر می کند و گویی شکل سلیقه آن طیف و جناح را به خود می گیرد تا پیاده شدن اندیشه های آن حضرت. کوتاه سخن آنکه کلام امام آنقدر واضح و روشن است که نیاز به هیچ تفسیری ندارد و خود گویای نظرات و دیدگاه های ایشان در این امر مهم است. 

امام خمینی در پیام رادیو تلویزیونی خطاب به ملت ایران به مناسبت پایان رفراندوم جمهوری اسلامی در دوازدهم فروردین 58 چنین فرمودند:

"در جمهوری‌‎ ‎‌اسلامی باید دانشگاه ها متحول بشود؛ دانشگاه های پیوسته، به دانشگاه های مستقل‌‎ ‎‌متبدل بشود. فرهنگ ما باید متبدل بشود؛ فرهنگ استعماری، فرهنگ استقلالی بشود.‌"

(صحیفه امام؛ ج 6، ص 460)

امام خمینی در سیزدهم تیرماه سال 58 در جمع اساتید دانشگاه تهران به بیان تفاوت میان دانشگاه های غربی و دانشگاه های اسلامی اشاره کرده و فرموده اند:

"فرق بین دانشگاه های غربی و دانشگاه های اسلامی باید در آن طرحی باشد که اسلام‌‎ ‎‌برای دانشگاه ها طرح می کند. دانشگاه های غربی ـ به هر مرتبه ای هم که برسند ـ طبیعت‌‎ ‎‌را ادراک می کنند، طبیعت را مهار نمی کنند برای معنویت. اسلام به علوم طبیعی نظر‌‎ ‎‌استقلالی ندارد. تمام علوم طبیعی ـ به هر مرتبه ای که برسند ـ باز آن چیزی که اسلام‌‎ ‎‌می خواهد نیست. اسلام طبیعت را مهار می کند برای واقعیت؛ و همه را رو به وحدت و‌‎ ‎‌توحید می برد. تمام علومی که شما اسم می برید و از دانشگاه های خارجی تعریف‌‎ ‎‌می کنید ـ و تعریف هم دارد ـ اینها یک ورق از عالم است؛ آن هم یک ورق نازل تر از همۀ‌‎ ‎‌اوراق. عالَم، از مبدأ خیر مطلق تا منتها الیه، یک موجودی است که حَظِ طبیعی اش یک‌‎ ‎‌موجود بسیار نازل است؛ و جمیع علوم طبیعی در قبال علوم الهی بسیار نازل است؛‌‎ ‎‌چنانکه تمام موجودات طبیعی در مقابل موجودات الهی بسیار نازل هستند. فرق مابین‌‎ ‎‌اسلام و سایر مکتب ها ـ نه مکتب های توحیدی را عرض نمی کنم ـ بین مکتب توحیدی و‌‎ ‎‌سایر مکتب ها، که بزرگترینش اسلام است، این است که اسلام در همین طبیعت یک معنای‌‎ ‎‌دیگری می خواهد، در همین طب یک معنای دیگری می خواهد، در همین هندسه یک‌‎ ‎‌معنای دیگری را می خواهد، در همین ستاره شناسی یک معنای دیگری می خواهد ... .‌

‌‌     کسی که مطالعه کند در قرآن شریف این معنا را، می بیند که جمیع علوم طبیعی جنبۀ‌‎ ‎‌معنوی آن در قرآن مطرح است نه جنبۀ طبیعی آن. تمام تعقلاتی که در قرآن واقع شده‌ ‎‌است و امر به تعقل، امر به اینکه محسوس را به عالم تعقل ببرید و عالم تعقل؛ عالمی است‌‎ ‎‌که اصالت دارد و این طبیعت، یک شبحی است از عالم؛ منتها ما تا در طبیعت هستیم، این‌‎ ‎‌شبح را، این حظ نازل را می بینیم.‌"

(صحیفه امام؛ ج 8، ص 433-434)

رهبر کبیر انقلاب اسلامی در دیدار با نمایندگان دانش آموزان تبریز که در ششم آبان سال 58 صورت گرفت، بر اتکای به خود تاکید کرده و فرمودند:

"دانشگاه ها باید یک دانشگاه هایی باشد که ما دیگر احتیاج به خارج‌‎ ‎‌پیدا نکنیم، که دستمان در آن وقتی که می خواهیم یک کسی را معالجه کنیم به دیگران‌‎ ‎‌دراز کنیم که بیایید بروید آنجا معالجه تان بکنند. باید دانشگاه های ما و همۀ قشرها کاری‌ ‎‌بکنند که لااقل ما محتاج به غیر نباشیم. اینطور نباشد که اگر یکی مریض می شود، بگویند‌‎ ‎‌اینجا نمی شود معالجه اش کرد. اینطور نباشد که اگر یک گرفتاری بشود، بگوید که نه،‌‎ ‎‌نمی شود دیگر درستش کرد." 

(صحیفه امام؛ ج 10، ص 384-385)

امام خمینی در اول اردیبهشت سال 59 در دیدار با دانشجویان عضو انجمن اسلامی دانشگاه ها و سازمان های‌‎ ‎‌دانشجویی مسلمان سراسر کشور‌ به توهم برخی درباره معنی دانشگاه های اسلامی پرداخته و فرمودند:

"بعضی گمان کردند که کسانی که‌‎ ‎‌اصلاح دانشگاه ها را می خواهند و می خواهند دانشگاه ها اسلامی باشد این است که‌‎ ‎‌گمان کردند که ـ این اشخاص توهّم کردند که ـ علوم دو قسم است: هر علمی دو قسم‌‎ ‎‌است. علم هندسه یکی اسلامی است، یکی غیراسلامی. علم فیزیک یکی اسلامی‌‎ ‎‌است، یکی غیراسلامی. از این جهت اعتراض کردند به اینکه علم، اسلامی و غیراسلامی‌‎ ‎‌ندارد. و بعضی توهّم کردند که اینها که قائلند به اینکه باید دانشگاه ها اسلامی بشود؛ یعنی‌‎ ‎‌فقط علم فقه و تفسیر و اصول در آنجا باشد. یعنی همان شأنی را که مدارس قدیمه دارند‌‎ ‎‌باید در دانشگاه ها هم همان تدریس بشود. اینها اشتباهاتی است که بعضی می کنند، یا‌‎ ‎‌خودشان را به اشتباه می اندازند. آنچه که ما می خواهیم بگوییم این است که دانشگاه های‌‎ ‎‌ما، دانشگاه های وابسته است. دانشگاه های ما دانشگاه های استعماری است.‌‎ ‎‌دانشگاه های ما اشخاصی را که تربیت می کنند، تعلیم می کنند، اشخاصی هستند که‌‎ ‎‌غربزده هستند."

(صحیفه امام؛ ج۱۲، ص ۲۴۸)

ایشان در بخش دیگری از این سخنرانی به چگونگی اصلاح دانشگاه اشاره کرده و ادامه دادند:

"ما که می گوییم دانشگاه باید از بنیان تغییر‌‎ ‎‌بکند و تغییرات بنیادی داشته باشد و اسلامی باشد، نه این است که فقط علوم اسلامی را‌‎ ‎‌در آنجا تدریس کنند. نه اینکه علوم دو قسمند. هر علمی دو قسم است: یکی اسلامی و‌‎ ‎‌یکی غیراسلامی."

(صحیفه امام؛ ج ۱۲، ص ۲۴۹)

همچنین افزودند: "ما که‌‎ ‎‌می گوییم باید بنیاداً اینها تغییر بکند، می خواهیم بگوییم که دانشگاه های ما باید در‌‎ ‎‌احتیاجاتی که ملت دارند، در خدمت ملت باشند، نه در خدمت اجانب."

(صحیفه امام؛ ج 12، ص 249)

امام خمینی بر اینکه جوانانمان باید برای کشور و ملت خودشان کار کنند تاکید کرده و فرمودند:

"ما می خواهیم دانشگاه ها را طوری کنیم که‌‎ ‎‌جوان های ما برای خودشان و برای ملتشان کار کنند."

(صحیفه امام؛ ج 12، ص ۲۵۱)

اینها تنها نمونه های کوچکی از همه آنچه بود که امام خمینی درباره اصلاح دانشگاه ها بیان فرمودند، که هر بخش از سخنانشان می توانست و می تواند راهگشای تربیت نسلی فرهیخته، متکی به خود و توانایی هایش و دلسوز برای کشور و ملت بوده و باشد.

در همین راستا ایشان در دیدار با اعضای جدید ستاد انقلاب فرهنگی که عبارتند بودند از آقایان میر حسین موسوی (نخست وزیر)،  سید محمد خاتمی، عبدالکریم سروش، محمد علی نجفی و علی شریعتمداری که صبح روز دوازدهم مهر ماه سال 62 برای دیدار با ایشان به جماران رفته بودند، بر تلاش برای اسلامی کردن دانشگاه ها تاکید کرده و فرمودند:

"‌‌بسم الله الرحمن الرحیم‌

‌‌     بنا بر این شد تا به جای آقایانی که به عللی غایب بودند و در ستاد شرکت نمی کردند،‌‎ ‎‌افراد جدید منصوب گردد. تمام آقایانی که امروز در این ستاد هستند نمایندگان من در‌‎ ‎‌ستاد می باشند و هیچ فرقی بین این آقایان و اعضای قدیم نیست. اما قضیۀ دانشگاه از اهم‌‎ ‎‌امور است، همان طوری که برای دشمنان ما و برای آنها که می خواهند افکار جوانان ما را‌‎ ‎‌منحرف کنند هم مهم است، چون دانشگاه مرکز همه چیز است، حتی تشکیل دولت. و‌‎ ‎‌باید این مسئله را دنبال کنیم که دانشگاه اسلامی شود تا برای کشور ما مفید گردد. و باید‌‎ ‎‌سعی شود که تا دانشگاه به یکی از دو قدرت گرایش پیدا نکند، و این به صرف وقت و‌‎ ‎‌نظارت کامل احتیاج دارد. و باید توجه داشت تا بعد از بازگشایی مبادا افراد منحرف با‌‎ ‎‌تزریق مسائل انحرافی افکار جوانان ما را فاسد بکنند، و برای نظارت بر این موضوع‌‎ ‎‌احتیاج به افراد بسیاری است.‌

‌‌     امیدوارم دانشگاهی داشته باشیم که به درد ملت بخورد. و برای تحقق این امر لازم‌‎ ‎‌است از افراد متخصص متعهد و در صورت کمبود از متخصصین غیر مخالف با‌‎ ‎‌جمهوری اسلامی استفاده نمایید. ان شاءالله با قدرت هر چه تمام تر در این امر فعالیت کنید‌‎ ‎‌و به پیش بروید تا به مقاصد الهی برسیم.‌"‌‎ ‎‎

(صحیفه امام؛ ج 18، ص 166)