جماران، فعالیت های انقلابی آیت الله ابوالقاسم خزعلی با حمایت از مرجعیت عام امام خمینی (س) بعد از ارتحال آیت الله العظمی بروجردی آغاز شد. ایشان به مانند برخی دیگر از علمای آن زمان در نامه ای نوشت: «وجوب حفظ حوزه اسلام و دین و اعزاز و تقویت مسلمین، از بدیهیات تردید ناپذیر است. با مرجعیت عامه حضرت آیت الله خمینی (س) مطالب مذکور امکان پذیر است.» این حکم در آن زمان مؤثر و مهم بود

آیت الله خزعلی با توجه به شرکت در مبارزه در موارد متعدد مورد عنایت امام خمینی (س) قرار گرفت که یکی از آنها پیامی است که امام بعد از شهادت فزرند آیت الله خزعلی خطاب به ایشان صادر کردند. در قسمتی از این پیام که 4 خرداد ماه سال 1357 صادر شده، آمده است: «پس از اهداى سلام و تحیت، من از یاد دوستان وفادار به اسلام و احکام آسمانى آن بیرون نمى روم. من از یاد جوانان غیورى که خود را فداى اسلام و هدف هاى آن کردند، و از یاد عزیز شما که به ابدیت پیوست و در جوار لطف حق تعالى در ردیف فداکاران راه حق ثبت شد بیرون نمى روم. من از یاد شما و امثال شما که مردانه در مقابل ستمکاران ایستاده اید و مصیبت ها را کوچک شمرده اید در مقابل هدف؛ خارج نمى شوم. من از دعاى به آن مظلومان و به شما مجاهدان غافل نیستم. شماها در راه حق سوگمند شدید و با روح بزرگ با ناگواری ها مواجه شده، اعصاب ظالمان را خرد کردید.» (صحیفه امام، جلد 3، صفحه 400)

البته اظهار توجه های امام به آیت الله خزعلی به همین مورد ختم نشد و از موارد دیگر می توان به نامه امام خمینی (س) خطاب به آیت الله اشراقی اشاره کرد. در قسمتی از نامه ای که امام در 28 تیر 57 به داماد خود یعنی آیت الله شهاب الدین اشراقی می نویسند، آمده است که: « از قرار مسموع آقاى خزعلى براى نرفتن منبر و محدود بودن [ممنوع المنبر بودن] گرفتارى مادى پیدا کرده اند جنابعالى به وسیله آقاى غفاریان از ایشان استفسار کنید و آنچه گرفتارى دارند رفع کنید و در آتیه هم تا وضع چنین است رفع گرفتارى ایشان بشود.» (صحیفه امام، جلد 3، صفحه 430)

بعد از پیروزی انقلاب اسلامی هم احکام متعددی از جانب امام خمینی (س) برای آیت الله ابوالقاسم خزعلی صادر شد که حکم انتصاب برای شورای نگهبان در 12 بهمن ماه سال 1359 یکی از این احکام است. در این حکم آمده است: « جناب حجت الاسلام آقاى حاج شیخ ابو القاسم خزعلى- دامت افاضاته‏ - چون جناب حجت الاسلام آقاى حاج شیخ محمد رضا مهدوى کنى عضو شوراى نگهبان به خاطر مشاغل مهم دیگرى که دارند نمى توانند در جلسات شورا شرکت نمایند، از این رو طبق اصل نود و یکم قانون اساسى جمهورى اسلامى که به منظور پاسدارى از احکام اسلام و قانون اساسى از نظر عدم مغایرت مصوبات مجلس شوراى اسلامى با آنها، شورایى تشکیل مى شود و انتخاب اعضاى آن بر طبق شرایط تعیین شده به عهده این جانب مى باشد، بدین وسیله جنابعالى را به عنوان یکى از شش فقیه به عضویت شوراى نگهبان منصوب مى نمایم. از خداى تعالى موفقیت هر چه بیشتر شما را امیدوارم.» (صحیفه امام، جلد 14، صفحه 42) همچنین در خرداد ماه سال 1365 امام خمینی (س) در پاسخ به نامه آیت الله لطف الله صافی گلپایگانی حکمی مبنی بر باقی ماندن ایشان در شورای نگهبان صادر می کنند که در این حکم نیز آمده است: « با تشکر وافر از زحمات ارزنده حضرات فقهاى محترم شوراى نگهبان- دامت برکاتهم- چون ادامه این خدمت بزرگ به اسلام و جمهورى اسلامى امرى ضرورى است و حضرات فقهاى محترم مذکور در متن، لیاقت و تعهدشان محرز است، و در مدت طولانى این خدمت آشنایى وافر به مسائل جاریه دارند، براى دوره جدید نیز خود حضرات حجج اسلام: آقاى حاج آقا لطف اللَّه صافى و آقاى حاج شیخ احمد جنتى و آقاى حاج شیخ ابو القاسم خزعلى- ایّدهم اللَّه تعالى- را به عضویت در شوراى محترم نگهبان منصوب نمودم. از خداوند تعالى مزید توفیق آنان را در این خدمت خواهانم.» (صحیفه امام، جلد 20، صفحه 59)

حضرت امام خمینی(س) همچنین  در 4 اردیبهشت 1358 طی حکمی 20 نفر را برای تدوین متمم قانون اساسی منصوب می کنند که مرحوم آیت الله خزعلی(ره) یکی از اعضای این جمع بوده است.

به امید آن که این حسن اعتماد حضرت امام نسبت به ایشان و موارد دیگر تظیر آن ذخیره قبر و قیامت آن مرحوم باشد. والسلام.