پس از سقوط پهلوی اول و پایان دیکتاتوری رضا شاه در شهریور 1320 و علی‌رغم اثرات تخریبی و ضد دینی حکومت 16 ساله او، در فضا و فرصت ایجاد شده بعد از او، سه جریان استبداد، استعمار و تحجرگرایی به ایفای نقش می‌پردازند، در این محیط نه تنها اثری از نماینده اسلام به معنای واقعی کلمه نیست بلکه شاهد بیشترین مقابله‌ها با تفکر دینی و آموزه‌های آن در جامعه هستیم، در این دوره فضای تبلیغاتی ضد مذهب و عدم دخالت دین در سیاست حاکم بود و این تلقی را به وجود آورده بود که دین نمی‌تواند و یا قادر نیست پاسخگوی نیازها، خواسته ها و مسائل مستحدثه باشد و اصولا در فضای مدرنیته دین جایگاهی ندارد.

با وجود ایسم های مختلف تحت عنوان لیبرالیسم، سوسیالیسم و مارکسیسم، به ویژه نفوذ جریان چپ در جامعه، تبلیغات علیه دین در جهت دین زدایی جامعه وسعت و گسترش زیادی پیدا کرده بود و به نحوی در دهه 20 شاهد غیبت و غربت دین در جامعه هستیم. چرا که علی رغم تفکر ضد دینی استبداد و استعمار، برخی آگاهانه و یا از روی غفلت و جهل و نادانی در فضای بی خبری مردم از اوضاع و احوال داخلی و جهانی و سیاست‌های استعماری، محیط را برای ضربه زدن به مذهب و شعائر مذهبی و انحراف دین را مناسب می‌دیدند و در جهت ایجاد بی بند و باری در جامعه، از خود بیگانه ساختن نسل جوان و ... فعالیت می‌کردند.

در چنین شرایطی امام خمینی(س)، پرچم احیاگری دین و دفاع از اسلام اصیل را به دست می‌گیرد و نه تنها به نقد قدرت استبداد و مبارزه با استعمار می‌پردازد بلکه در جهت دفاع از اصالت اندیشه دینی و هویت ایرانی اسلامی، حفظ باورهای اصیل دینی و ضرورت زدودن پیرایه‌ها و خرافه‌ها از اندیشه دینی و دفاع عقلانی از اسلام، به مخالفت و مبارزه با عقاید انحرافی از دین از جمله تفکر جدایی دین از سیاست می پردازد و پیامدهای این تفکر را گوشزد می‌کند و هشدارهای لازم را بیان می‌کند، بدین جهت امام خمینی ضمن انتشار اولین بیانیه قیامی خود در تاریخ 15 اردیبهشت 1323 ش برابر با 11 جمادی الاول 1363 ه ق محورهای مهمی همچون خطر تبلیغات علیه اسلام و روحانیت و حوزه های علمیه، هشدار به سکوت در برابر توطئه‌ها و دسیسه‌های ضد اسلام، فراخواندن علما و جامعه به قیام، خطر چیره شدن جهانیان و به زانو درآوردن کشورهای اسلامی و از بین بردن روح برادری و وحدت را مطرح می‌کند و می‌فرماید:

«هان ای روحانیین اسلامی! ای علمای ربانی! ای دانشمندان دیندار! ای گویندگان آیین دوست! ای دینداران خداخواه! ای خداخواهان حق‌پرست! ای حق‌پرستان شرافتمند! ای شرافتمندان وطن‌خواه! ای وطن‌خواهان با ناموس! موعظت خدای جهان را بخوانید و یگانه راه اصلاحی را که پیشنهاد فرموده بپذیرید و ترک نفع‌های شخصی کرده تا به همه سعادت‌های دو جهان نایل شوید و با زندگانی شرافتمندانه دو عالم دست در آغوش شوید. انّ للَّه فی ایّام دهرکم نفحاتٌ ألا فتعرّضوا لها ؛ امروز روزی است که نسیم روحانی الهی وزیدن گرفته و برای قیام اصلاحی بهترین روز است.»(صحیفه امام، ج 1 ،ص 22 )

و نیز کتاب کشف اسرار چندی قبل از آن در تاریخ 20 فروردین 1323 برابر با 15 ربیع الثانی 1363 ه. ق به قلم امام خمینی(س) در پاسخ به شبهات مطرح شده در کتاب اسرار هزار ساله حکمی زاده منتشر می‌شود و محورهایی همچون: لزوم حکومت و بحث ولایت، نقد سلطنت پهلوی و اینکه او لیاقت حکومت را نداشت، دین زندگی خردمندانه با شرافت می‌سازد و عدم پایبندی سلاطین به قانون اسلام و ... را مطرح می‌نماید و در بیان جامعیت قوانین اسلام می فرماید:

«تمام قوانین بزرگ اسلام دارای این دو جنبه است که هم نظر به حیات معنوی و ساز و برگ آن ... . و در زندگانی مادی و کمک کاری به نظم کشور و حیات اجتماعی و اساس تمدن دخالت کامل دارد، یک توده اگر با توحید و تقوی بودند چنانکه روح آنها بزرگ و کامل می‌شود کشور آنها نیز با عظمت و زندگانی اجتماعی و سیاسی آنها نیز با عظمت می شود.»(کشف اسرار، ص 312)

امام همچنین در رابطه با قانون خدا برای اداره جهان می فرماید: «دانشمندان دین‌دار می گویند دین، قانون بزرگ خدایی است که برای اداره کشورهای جهان و چرخانیدن چرخ‌های زندگی آمده است و هر کس به آن عمل کند، به سعادت دو جهان می رسد.»(همان، ص 291)

و در خصوص رحمت و محبت دین می فرماید: «سعادت، پیروی از قانون خدا است، به تمام احتیاجات همه دوره زندگانی این جهان و آن جهان احاطه دارد و با همه جهانیان رحمت و محبت دارد.»(همان، ص 267 )

لذا امام خمینی(س) دفاع از اسلام جامع و اصیل و مبارزه با هر گونه انحرافی از این مهم را، اولویت فعالیت‌های خود قرار می‌دهد چرا که از نگاه او، اسلام دین ترقی، دین سیاسی، دین آزادی و آزادگی، دین آزادی و استقلال، دین برابری و برادری، دین هدایت، دین مستند به برهان و متکی به منطق، دین قانون، دین عفو و رحمت و اغماض و دین عدل است.

لذا امام همواره و به ویژه در دهه 20 و بعد در دهه 30 خطر تفکر تحجرگرایی در حوزه‌های علمیه و انحراف از اسلام اصیل را نه تنها خطر مهم و اساسی تلقی می‌کند بلکه مبارزه با این تفکر، اصلاح امور، قوام بخشیدن به حوزه‌های علمیه و حمایت و همراهی با مرجعیت را مقدمه مقابله با استبداد و استعمار می‌شمارد و از این روی بیشترین مجاهدت‌های امام و بخش زیادی از عمر ایشان صرف تحقیق در مسائل اخلاقی، نگارش کتاب‌های سودمند، تدریس و تعلیم و تربیت شاگردان و کنار زدن تفکر خشکه مقدس‌ها و احیای حوزه می‌شود. ایشان همواره بر این مهم تأکید داشتند و ضمن بیان دغدغه‌ها، هشدارهای لازم را نسبت به دسیسه‌های ضد دینی داخلی و خارجی می دهد و می فرماید:

«گفتند ... اصل دین در بین بشر که آمده است، برای این است که مردم را خواب کند... دین از اول به دست قدرتمندها و سرمایه‌دارها پیدا شده، برای اینکه به واسطه دیانت مردم را آرام کنند و آنها مال مردم را بخورند. کم کم این مطلب باور حتی خود مسلمان‌ها، حتی بعضی از روحانیون و معممین هم ... آمده است که نه، این [دین] یک چیزی است که حالا نمی‌شود این را پیاده‌اش کرد.»(ص امام ، ج 4 ،ص 17)

و تبلیغات علیه اسلام آنچنان وسیع و گسترده و همراه با فشار بود که ورود و دخالت در سیاست امری مذموم شمرده می‌شد. و به مردم باورانده بودند که نباید روحانیت در سیاست دخالت کند و آخوند سیاسی به منزله یک فحش بود. امام در رابطه با این وضعیت به وجود آمده می گوید:

«و اگر یکی دخالت [در سیاست] می‌کرد می‌گفتند که این آخوند سیاسی است! اگر یک کسی در یک امری از امور زندگی این مردم، مقابل دولت می‌ایستاد، مقابل – مثلا – [شاه] می‌ایستاد به او مارک سیاسی می‌زدند.» (همان، ص 258)

با توجه به نگاه توحیدی امام، او آنچه را که حق می‌پنداشت بیان می‌کرد. و در راستای مبارزه با جزم اندیشی دینی، از فقه پویا با عنایت به دو عنصر زمان و مکان بهره می‌گیرد و در این مسیر جامعیت دین را مطرح می‌کند و نشان می‌دهد که قرائت عقلانی از دین با عقل مردم و پاسخ‌گویی به نیازهای جامعه سازگارتر است. لذا در دوران غیبت و غربت دین به احیاگری دین می‌پردازد و با بازخوانی دین به پاسخ‌گویی نیازها و مسائل مستحدثه پاسخ می دهد.

این مهم همواره دغدغه امام خمینی(س) بوده و در طول مبارزه و دوران نهضت مردمی ایران و حتی پس از پیروزی انقالب اسلامی ، دفاع از اسلام ناب و جامع و پویا و پاسخگو و مقابله با هر گونه تفکر انحرافی از این مهم را وظیفه و تکلیف می‌داند و می فرماید:

«باید تلاش کنیم زهد و قدس اسلام ناب محمدی را از زنگارهای تقدس مآبی و تحجرگرایی اسلام آمریکایی جدا کرده و به مردم مستضعف‌مان نشان دهیم.»(همان، ج 21 ،ص 143)

و نیز در نامه به سید حمید روحانی در خصوص مأموریت تدوین تاریخ انقلاب اسلامی می فرماید:

«شما باید نشان دهید که چگونه مردم، علیه ظلم و بیداد، تحجر و واپسگرایی قیام کردند و فکر اسلام ناب محمدی را جایگزین تفکر اسلام سلطنتی، اسلام سرمایه‌داری، اسلام التقاط و در یک کلمه اسلام آمریکایی کردند.»(همان، ج 21 ،ص 240)