آثار باقیمانده از هر شخصی، نمایانگر بخشی از اندیشه‌ها، افکار، دغدغه‌ها و آرمان‌های اوست. درخصوص امام خمینی(ره)، این وجه از شخصیت جامع‌الاطراف او بسیار درخشنده و پر تلألو است. به بیان دیگر، جامعیت شخصیت امام خمینی(ره)، علاوه بر برکات فراوانی که از وجود ذی‌جودش در حوزه‌های مختلف در راستای خدمت به بشریت و جهان اسلام به‌ویژه آزادگان عالم و محرومان دنیا نمایان است، در میراث مکتوب گرانسنگ و کتاب‌های ذی‌قیمتی که از او به یادگار مانده است، بیشتر رخ می‌نمایاند.

    وقتی کتاب « شرح دعای سحر» را در 27 سالگی منتشر می‌سازد، کتابی که حاوی مباحث بلند عرفانی، اخلاقی و معرفتی است، نشان می‌دهد که او در همان عنفوان جوانی دارای چه افکار بلند عرفانی بوده است. جالب این است که سال تألیف این اثر مصادف با ورود مرحوم آیت‌الله شیخ محمدعلی شاه‌آبادی به‌ قم است که در همان بدو ورودش، امام خمینی(ره) به‌عنوان یک طلبه جوان علاقمند به عرفان و فلسفه که در همان سن و سال هم در این علوم صاحب نظر بوده، توفیق شاگردی آن عارف واصل را پیدا می‌کند.

 تألیف این کتاب در سال اول شاگردی نزد مرحوم شاه‌آبادی، این نکته را روشن می‌کند که امام خمینی(ره) همان‌گونه که خودش در اولین برخورد و ملاقات با ایشان گفته، فلسفه را قبلا خوانده بوده و در عرفان نیز کار کرده و استاد دیده بود. این کتاب به زبان عربی بوده و ترجمه فارسی آن نیز منتشر شده است.

 حال که رشته کلام در معرفی کتاب‌های امام خمینی(ره) آن‌هم در سنینی که او را با نام آقا روح‌الله می‌شناختند به این‌جا کشید، ذکر این نکته ضروری است که کتاب‌های امام در موضوعات گوناگون به نگارش درآمده است از جمله: فقه، اصول فقه، اخلاق، تفسیر، فلسفه، کلام، عرفان، سیاست.

 البته در این میان کتاب‌های عرفانی‌اش از درخشندگی خاصی برخوردارند که در همین راستا، دو سال پس از نوشتن کتاب «شرح دعای سحر» یعنی در 29 سالگی، به تألیف کتاب «مصباح الهدایة الی الخلافة والولایه » مبادرت می‌نماید که این کتاب هم به زبان عربی بوده است.

این کتاب در بیان حقیقت محمدیه و ولایت علویه است که ترجمه فارسی آن پس از انقلاب اسلامی ایران چاپ شد. این کتاب و «شرح دعای سحر» فقط برای کسانی که با عرفان و اصطلاحات آن آشنایی دارند، قابل استفاده است.

 اثر عرفانی دیگر ایشان، «لقاءالله» نام دارد که مقاله‌ای به زبان فارسی در هفت صفحه است که در آن نیز از استادش مرحوم شاه‌آبادی یاد می‌کند. این رساله در پایان کتاب «لقاءالله» حاج میرزا جواد ملکی تبریزی چاپ شده است.

«سر الصلاة » (صلاة العارفین یا معراج السالکین) دیگر اثر ارزشمند امام خمینی(ره) است که در 38 سالگی آن‌را نوشته است. این کتاب برای خواص از اهل عرفان و سلوک نوشته شده است. در این کتاب از «اسرار الصلاة» شهید ثانی و مرحوم شاه‌آبادی یاد می‌شود.

اثر دیگر «تعلیقة بر شرح فصوص الحکم» به زبان عربی است. «فصوص الحکم» تألیف محی‌الدین عربی و شرح آن از محمود قیصری است و امام خمینی(ره) شرح فصوص را در هفت سالی که در محضر مرحوم شاه‌آبادی بوده، نزد ایشان خوانده و تاریخ تألیف این تعلیقه هم همان سال‌هاست.

کتاب دیگر ایشان، «تعلیقة علی مصباح الانس» به زبان عربی است که تالیف آن هم به همان سال‌هایی برمی‌گردد که در محضر مرحوم آیت‌الله شاه‌آبادی به دریافت حقایق عرفانی اشتغال داشته است.

«تعلیقة علی شرح حدیث رأس الجالوت» به زبان عربی دیگر کتاب عرفانی اوست. (قاضی سعید قمی از دانشمندان و عرفای قرن یازدهم، تألیفات فراوانی دارد که یکی از آن‌ها شرح حدیث رأس الجالوت است). علاوه بر آن، مستقلاً «شرحی بر حدیث راس الجالوت» به عربی نوشته‌اند که تاریخ تالیف آن در 28 سالگی ایشان بوده است.

«تفسیر سوره حمد» هم تفسیری است عرفانی بر سوره حمد که امام خمینی(ره) در سال‌های اول پیروزی انقلاب در پنج جلسه در تلویزیون بیان کرد و مکرر چاپ شده است.

به جهت رعایت اختصار، برخی دیگر از کتاب‌های امام راحل، فقط به عنوان‌شان اشاره می‌شود: «الحاشیة علی الاسفار»، «آداب الصلاة»، «مبارزه با نفس یا جهاد اکبر»، «شرح حدیث جنود عقل و جهل»، «شرح اربعین حدیث».

بخشی دیگر از کتاب‌های امام خمینی(ره)، کتاب‌های فقه استدلالی است. ایشان مدت 30 سال یا بیشتر فقه استدلالی تدریس می‌کرد و همه این درس‌ها یا قسمت اعظم آن‌ها را نوشته و یکی از امتیازات این تألیفات همین است که پس از تدریس و تحقیق کامل، نوشته شده است؛ کتاب «الطهارة» در 4 جلد، «المکاسب المحرمة» در 5 جلد، کتاب «البیع» در 5 جلد، کتاب «الخلل فی الصلوة»، «رسالة فی التقیة»، «رسالة فی قاعدة من ملک»، «رسالة فی تعیین الفجر فی اللیالی المقمره».

و اما برخی تالیفات امام در اصول فقه که همه به زبان عربی است، به شرح ذیل است:

«رساله لا ضرر»

«رسالة الاستصحاب»

«رسالة فی التعادل والترجیح»

«رسالة الاجتهاد والتقلید»

«رسالة فی الطلب والارادة»

«تعلیقة علی کفایة الاصول»

«رساله در موضوع علم اصول»

بخشی دیگر از کتاب‌های امام خمینی(ره)، رساله‌های عملیه یا فقه غیراستدلالی اوست:

«تعلیقة علی العروة الوثقی»

«تعلیقة علی وسیلة النجاة»

«حاشیه توضیح المسائل»

«رساله نجاة العباد»

«حاشیه رساله ارث»

«مناسک و احکام حج»

«تحریر الوسیله»

«زبدة الاحکام»

«توضیح المسائل»

«توضیح المسائل امام خمینی»

«ملحقات توضیح المسائل»

«استفتائات»

«حکومت اسلامی یا " ولایت فقیه"»

برخی دیگر از کتاب‌ها و آثار: «کشف اسرار (فارسی)» که به جهت اهمیت موضوع و اینکه حضرت امام تمام نوشته‌هایش براساس تکلیف بوده است توضیح مختصری در مورد این کتاب در پی می‌آید:

شیخ مهدی پائین‌شهری از علمای قم و اتقیا بود. فرزند او علی‌اکبر حکمی‌زاده رساله‌ای به نام «اسرار هزار ساله» نوشت و در 38 صفحه در سال 1322ش منتشر ساخت. موضوع این رساله، حمله به مذهب تشیع بود، یعنی حرف‌های فرقه وهابی را به ضمیمه تبلیغات سؤ، علیه روحانیان که آن روزها بازارشان داغ بود، در این رساله آورده بود و در حقیقت رساله‌ای بود در ترویج وهابیت و از طرفی همسو با کسروی و از طرف دیگر با رضاخان که دشمن روحانیان بود. 

امام خمینی(ره)، سکوت را روا ندانست و کتاب «کشف اسرار» را در همان تاریخ، در پاسخ آن رساله نوشت و ضمنا خیانت‌های رضاخان را هم راحت بیان کرد. کتاب مورد استقبال قرار گرفت و بارها چاپ شد. چاپ اول در سال 1323ش و چاپ سوم آن در سال 1327ش در 334 صفحه توسط کتابفروشی علمیه اسلامیه تهران انجام شده است.

قابل ذکر است که امام خمینی(ره) برای تألیف «کشف اسرار» مدتی درس خود را تعطیل کردند و به نوشتن این کتاب پرداختند و یک بار دیگر به همه این درس را آموختند که باید دنبال عمل به تکلیف بود، نه اینکه به یک کار مخصوص دل بست.

امام خمینی(ره)، همیشه حامی حفظ وحدت مسلمانان بود، اما درعین‌حال، بیان ‌کردن بطلان عقاید وهابیان و خرافاتی را که آنان قائل‌اند، جایز می‌دانست و کتاب «کشف اسرار» در همین راستا بود. در ضمن امام خمینی(ره) بیان مبانی تشیع و استدلال بر حقانیت این مذهب را هم به‌طوری‌که اختلاف‌انگیز نباشد جایز، بلکه لازم می‌دانست.

برخی دیگر از کتاب‌های امام خمینی(ره) عبارتند از:

«صحیفه امام» در 22 جلد که مشتمل بر اعلامیه‌ها، گفتارها، حُکم‌ها، اجازات شرعی، نامه‌ها، سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های امام خمینی (ره) از  سال 1312 شمسی تا سال آخر عمر اوست. «وصیت‌نامه سیاسی الهی»، «ره عشق» (نامه عرفانی امام خمینی) و  «باده عشق» (یک نامه عرفانی دیگر) از دیگر آثار ایشان است.

در خاتمه یادآور می‌شود که در سال‌های اخیر به همت موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی رضوان الله تعالی علیه ، موسوعه ارزشمند ایشان که حاوی 50 جلد از کتاب‌های اوست در چهار بخش منتشر گردید که در این‌جا فقط به عناوین بخش‌های این مجموعه با ارزش اشاره می‌شود :

بخش اول: کتاب‌های اصولی با 8 عنوان در 7 مجلد.

بخش دوم: کتاب‌های فقهی با 6 عنوان در 14 مجلد.

بخش سوم: کتاب‌های فتوایی و استفتائات با 9 عنوان در 20 مجلد.

بخش چهارم: کتاب‌های اخلاقی، عرفانی، فلسفی با 11 عنوان در 9 مجلد.