امام باقر(ع) پنجمین امام شیعیان، که بنا به روایتی در اوّل ماه رجب در شهر مدینۀ منوره، به دنیا آمد. پدر ایشان امام زین العابدین(ع) و مادرش فاطمۀ ام عبدالله دختر امام مجتبی(ع) و از زنان با فضیلت بشمار می رود.

بنابر نقل های تاریخی، امام باقر(ع) در سن چهارسالگی همراه کاروان کربلا در کنار جدّش امام حسین(ع) شاهد صحنه‌های کربلا بود، که به برخی از آن حوادث اشاره کرده است.

پیامبر خدا حضرت محمد(ص) نزد جابر بن عبدالله انصاری از فرزندش محمد بن علی یاد کرد و ایشان را باقرالعلوم نامید و از وی خواست تا سلام حضرتش را به وی برساند.

امام خمینی در وصیت نامه سیاسی ـ الهی خود دربارۀ شخصیت بلند مرتبۀ امام باقر(ع) می‌فرماید:

ما مفتخریم که «باقرالعلوم»‌ بالاترین شخصیت تاریخ است و کسی جز‌‎ ‎‌خدای تعالی و رسول صلی اللّه علیه و آله  و ائمۀ معصومین علیهم السلام ‎ ‎‌مقام او را درک نکرده و نتوانند درک کرد، از ما است.‌ (صحیفه امام، ج 21، ص 397)

همچنین در کتاب شریف شرح چهل حدیث به عظمت امام باقر(ع) و فضل ایشان اشاره کرده، می‌فرماید:

چنانچه عالم آل محمد، صلی الله علیه وآله، و عاشق جمال حق تعالی، جناب باقر العلوم علیه السلام، صدقه را پس از وقوع در دست سائل می‌بویید و می‌بوسید و استشمام رایحۀ طیبۀ محبوب از آن می‌کرد. (شرح چهل حدیث، ص 489)

امام خمینی در این کلام بلند، امام باقر(ع) را عالم آل محمد می‌شمارد، چنانکه در روایات به آن اشاره شده است و ایشان را عاشق جمال حق تعالی معرفی می‌کند، که حتی در صدقه جمال الهی را می‌بیند و بوی آن را از دستان سائل استشمام می‌کند.

در کتاب آداب الصلوة در تفسیر سورۀ مبارک توحید، امام خمینی به روایتی از امام باقر(ع) استناد می‌کنند:

از حضرت باقر العلوم نیز کلامی راجع به اسرار‌‎ ‎‌حروف «الصّمد» ذکر کند. پس، گوید که حضرت باقر علیه السلام فرمود:‌‎ ‎‌«اگر یافته بودم از برای علمی که خداوند به من مرحمت فرموده حمله ای،‌‎ ‎‌همانا نشر می دادم توحید و اسلام و ایمان و دین و شرایع را از «الصمد».‌‎ ‎‌چگونه از برای من چنین شود با آن که جدّم امیر المؤمنین نیافت حمله ای برای‌‎ ‎‌علمش حتی آن که آه دردناک می کشید و می فرمود بالای منبر:" سؤال کنید‌‎ ‎‌از من قبل از آن که مرا نیابید. همانا بین اضلاع سینۀ من است علم بزرگی؛ آه‌‎ ‎‌آه، که نمی یابم حملۀ آن را. (آداب الصلوة، ص 316، به نقل از توحید صدوق)

از خصوصیات انسانی الهی امام باقر(ع) بسیار سخن گفته شده است و آن حضرت را با صفاتی بلند همچون ساده زیستی، خدمت به مردم و حج گزاران، پرهیز دادن از دنیا طلبی ستوده‌اند.

امام خمینی ضمن استناد به حدیثی از امام باقر(ع) دربارۀ دنیا و حب مال می‌فرماید:

پس، تعلق قلب و محبت دنیا عبارت از دنیای مذموم است، و هر چه دلبستگی به آن زیادتر باشد، حجاب بین انسان و دار کرامت او و پرده ما بین قلب و حق بیشتر و غلیظتر شود. (شرح چهل حدیث، ص 121)

امام باقر(ع) دوران امامتش با سلیمان، یزید و هشام بن عبدالملک همزمان بود و سختی‌های بسیاری را تحمل کرد ولکن در آخر عمر در زمان عمر بن عبدالعزیز شرایط بهتری فراهم آمد و زمینه‌هایی برای تبادل افکار جهان اسلام به سایر بلاد فراهم شد. عمر بن عبدالعزیز منع ثبت و ضبط حدیث را برداشت و دشنام به امیرالمؤمنین(ع) و اذیت و آزار آل علی(ع) را منع کرد، از این رو امام باقر(ع) از این فرصت‌ها برای نشر معارف دین و مکتب اهل بیت بهره برد و زمینه‌ای برای حضور عالمان و بزرگان علمی را در مدینه فراهم آورد. آنچه از احادیث امام باقر(ع) باقی مانده، بخش بزرگی از معارف قرآنی، اخلاقیات و معارف دینی و احکام را شامل می‌شود.

در آثار فقهی اصولی و حدیثی امام خمینی استنادات فراوانی به روایات امام باقر(ع) ملاحظه می‌شود، که از راویان از آن حضرت بهره برده و در زمینه‌های مختلف در بیان و تشریح معارف دین کمک گرفته است. این ویژگی در تفسیر آیات قرآن نیز بسیار چشمگیر و قابل توجه است زیرا راهگشایی برای حلّ مباحث تفسیری بشمار می‌آید.

امام خمینی در کتاب آداب الصلوة دربارۀ قبول رسالت و ولایت به روایتی از امام باقر(ع استناد می‌کند و می‌فرماید:

بالجمله، تمسّک به اولیاء نعم که خودْ راه عروج به معارج را یافته و سیر‌‎ ‎‌الی اللّه را به اتمام رسانده اند از لوازم سیر الی اللّه است؛ چنانچه در احادیث‌‎ ‎‌شریفه به آن بسیار اشاره شده و در ‌‌وسائل‌‌ بابی منعقد فرموده در بطلان عبادت‌‎ ‎‌بدون ولایت ائمه و اعتقاد امامت آنان. و از ‌‌کافی‌‌ شریف حدیث نموده به سند‌‎ ‎‌خود از محمد بن مسلم که گفت: «شنیدم حضرت باقر العلوم علیه السلام‌‎ ‎‌می فرمود: بدان ای محمد، همانا امامان جور و اتباع آنها از دین خداوند‌‎ ‎‌معزولند و گمراهند و گمراه کنند؛ پس، اعمالی که می کنند مثل خاکستری‌‎ ‎است که در روز طوفانی باد سخت به او وزد و او را متفرق کند». (آداب الصلوة، ص 136، 137).