جماران: سید مصطفی خمینی اولین فرزند زندگی مشترک حضرت امام خمینی و خانم خدیجه ثقفی است که در 21 آذر1309 هجری شمسی مطابق با 21 رجب 1349 هجری قمری متولد شد. وی از سن حدود شش سالگی وارد مکتب خانه شد و همچون پدر خود از تحرک و شادابی و چالاکی بالایی در دوران کودکی و نوجوانی برخوردار بود و سپس دوران تحصیلات ابتدایی خود را در مدرسه موحدی قم به پایان رساند. وی پس از پایان ششم ابتدایی به حوزه رفته و به تحصیل علوم دینی پرداخت و طلبه ای برجسته و ممتازی بود که از استعداد و نبوغ خاصی برخوردار بود.

حضرت آیت الله العظمی جعفر سبحانی در خصوص تحصیل او می گوید: "سید مصطفی استعداد و حافظه قوی داشت و فهم خوب و دقت بسیار بالایی داشت و با توجه به حافظه خوبی که داشت با اصرار من  همه الفیه ابن مالک را حفظ کرد و نه تنها حفظ می کرد بلکه خوب هم می خواند و گاهی که من مطلبی درباره زندگی علما نقل می کردم ایشان علاقه مند می شد که آن بخش کتاب نخبة المقال را که راجع به علما بود حفظ کند و قسمتی از اشعار منظومه را  نیز حفظ کرده بود و می خواند و از یک نبوغ فکری و ذکاوت بالایی برخوردار بود" 

آقا مصطفی در سن هفده سالگی به لباس روحانیت ملبس شد که حضرت امام (ره) برای تشویق ایشان یک مجلس خاص عمامه گذاری برقرار کرد. وی خیلی سریع دوره سطح را در حوزه به پایان رساند و در این سن کم جزو ممتازین و شاگردان برجسته حوزه بود. مرحوم آیت الله سید محمد ابطحی کاشانی در این باره می گوید: " در مباحث اظهار نظر می کرد و نسبت به مطالب علمی ، حالت تعبد نداشت ، مثلا اگر شیخ انصاری یا هر بزرگواری مطلبی را گفته است ، دربست نمی پذیرفت بلکه مانند پدر بزرگوارش در مقام تجزیه و تحلیل برمی آمد . لذا ایشان در مباحث علمی ید طولایی داشت و دنبال هر مطلب که می رفت بحث را پیگیری می کرد "

آیت الله مرتضی حائری ، پدرخانم ایشان می گوید:" او دوستانی در مدرسه حجت داشت مثل آقای ابطحی ، گاهی وقت ها که پیش رفقایش می آمد ، ماهم دورا دور مباحث آنها را میدیدم . مباحثاتی که با جر وبحث زیادی همراه بود . یکی از خصوصات ایشان این بود که در هر جلسه ای شرکت می کرد، از مسائل علمی سخن می گفت و مجلس را به یک مجلس علمی مبدل می ساخت و بسیار بحث می کرد و بحث را طولانی می نمود " 

ایشان دروس سطح را نزد اساتید مطرح روزگار خود مانند: حضرات آیات سید محمد باقر سلطانی طباطبایی ، شیخ عبدالجواد اصفهانی ، محمد صدوقی و مرتضی حائری فرا گرفت و همزمان در کنارآموزش فقه و اصول ، منظومه را نزد آیت الله سید رضا صدر فرا گرفت و در ادامه به تحصیل کتاب اسفار نزد آیت الله سیدابوالحسن رفیعی قزوینی و علامه سید محمد حسین طباطبایی پرداخت. او در کنار تحصیل این دروس بر کتاب اسفار ملاصدرا تعلیقه نوشته است.

از سال 1330 در حالی که جوانی بیست و دو ساله بود توانست در محفل درس خارج حضرت آیت الله العظمی سید حسین بروجردی ، امام خمینی و آیت الله سیدمحمد محقق داماد شرکت کرده و به عنوان مستشکلی دانا و آگاه جای خود را بین ممتازین حوزه باز کند و ظرف مدت پنج سال در سن 25 سالگی به درجه اجتهاد برسد. وی جزو بهترین شاگردان حوزه و درس امام بود و بعنوان یک مدرس معروف میان طلاب و فضلا و مدرسین حوزه مطرح شده و فلسفه و فقه تدریس می کرد.

ایشان در زمینه فقه، اصول، تفسیر و فلسفه دارای تألیفات ارزشمندی می باشد.

با شروع نهضت در سال 1341 و حضور حضرت امام در صحنه قیام و مبارزه علنی با شاه، سید مصطفی مشاوری امین و بازوی پرتوان ایشان در همه مراحل بود. سید مصطفی از قبل، روحیه مبارزه و ضدیت با شاه را داشت و با مبارزین و انقلابیون و فدائیان اسلام مرحوم سید مجتبی نواب صفوی و مرحوم سید عبدالحسین واحدی ارتباط و دوستی و علاقه داشت. او در ایامی که مبارزه علیه لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی به رهبری امام آغاز شده بود به واسطه سفر به عتبات عالیات در ایران نبود . ولی در ایام عید نوروز سال 1342 که حضرت امام عید را تحریم کرده بودند و حادثه تهاجم به فیضیه روز دوم فروردین 42 از سوی کماندوهای رژیم صورت گرفت او در کنار امام بود و از ایشان محافظت می کرد .

عصر روز سیزدهم خرداد 1342 مصادف با روز عاشورا همدوش پدر در میان خیل عزاداران به مدرسه فیضیه رفت و لحظه به لحظه مواظب اطراف بود تا گزندی به امام نرسد. در شب دوازدهم محرم برابر با پانزده خرداد 1342 زمانی که ماموران رژیم شاه منزل امام خمینی را به محاصره در آورده ، در جستجوی ایشان برآمدند . حضرت امام آن ایام شب ها در منزل آقا مصطفی که روبروی منزل ایشان بود استراحت می کردند وقتی با سر و صدای مأموران متوجه حضور آنان شدند، فوراً لباس پوشیده و به بیرون از منزل آمدند و گفتند روح الله خمینی منم ، اینها را چرا میزنید ؟ این چه رفتار وحشیانه ای است ؟ چرا مانند دزدان از در و دیوار به پایین می پرید ؟ آقا سید مصطفی ابتدا سعی کرد از بردن امام ممانعت کند اما تلاش او ثمری نداشت و مأموران تهدید کردند اگر پیش بیاید به سویش شلیک می کنند. سید مصطفی با مشاهده این وضعیت در میان کوچه فریاد کشید: مردم ! خمینی را بردند .مردم گروه گروه جمع شده و پس از ساعتی حاج آقا مصطفی پیشاپیش مردم قم به طرف صحن مطهر حضرت معصومه (س) حرکت کرد. ساعت 9 صبح صحن مطهر مملو از جمعیت شده و شعارهای مختلفی به گوش می رسید، از قبیل : یا مرگ یا خمینی، خمینی بت شکن آزاد باید گردد. حاج آقا مصطفی در صحن با سخنانی همراه با ناراحتی و گریه از مردم سپاسگزاری کرد.

آقا مصطفی در غیاب امام تلاش می کرد نهضت امام را فعال نگه دارد. پس از تبدیل حبس امام به حصر در منزلی در محله قیطریه تهران ، سید مصطفی در خدمت امام بود و در ارتباط با مردم و مبارزین و برقراری رابطه با امام نقش مهمی داشت. بعد از آزادی امام در شانزدهم فروردین 1343 سید مصطفی سایه به سایه امام حرکت می کرد . هنوز چند ماهی از آزادی امام از زندان نگذشته بود که موضوع تصویب لایحه کاپیتولاسیون در مجالس سنا و شورای ملی ایران پیش آمد که امام علیه آن صحبت کردند. مجددا امام را درشب سیزدهم آبان 1343 دستگیر و به فرودگاه مهرآباد منتقل و بلافاصله به آنکارا منتقل کردند. سید مصطفی از ساعات اولیه صبح سیزدهم آبان در صدد برآمد مردم و علما را از واقعه آگاه کند . ابتدا به منزل آیت الله میرزا هاشم آملی رفت سپس به منزل آیت الله سید شهاب الدین مرعشی نجفی رفته و واقعه را به اطلاع ایشان رساند. هنوز دقایقی از حضور او در منزل آقای مرعشی نجفی نگذشته بود که مأموران رژیم به منزل ایشان ریخته و علیرغم مقاومت آقای نجفی مرعشی، سید مصطفی را دستگیر کرده و به زندان قزل قلعه تهران منتقل کردند و 57 روز در سلول انفرادی زندان قزل قلعه بود. تا اینکه ساواک با آزادی وی به شرط عزیمت کردن به ترکیه موافقت کرد. 

او پس از مشورت با روحانیون و علما و مخالفت مادر و بسیاری از آن ها با رفتن وی به ترکیه، از عزیمت به ترکیه منصرف می شود و لذا مجددا در تاریخ سیزدهم دی ماه 1343 دستگیر می شود و روز بعد به ترکیه اعزام می گردد. دستگیری مجدد سید مصطفی باعث ترس و وحشت همسر وی شده و موجب میشود سقط جنین کند . حاج آقا مصطفی در ترکیه یار و همراه امام بود . وقتی امام کتاب تحریرالوسیله را می نوشتند مسائل آن را با ایشان بحث می کردند. آقا مصطفی در ایام تبعید در ترکیه کتاب های الواجبات فی الصلوة و الفوائد والعوائد را نوشت.

سرانجام با توجه به فشارهای بین المللی و اعتراضات دولت ترکیه، رژیم شاه تصمیم به انتقال حضرت امام  و سیدمصطفی به عراق گرفت و آن ها در تاریخ سیزدهم مهرماه 1344 با هواپیما به بغداد منتقل شدند. در 23 مهرماه 1344 وارد شهر نجف اشرف می شوند و در منزلی که مرحوم حاج شیخ نصرالله خلخالی برای آنان تدارک دیده مستقر می شوند. 

در بعد مبارزاتی حاج آقا مصطفی پس از استقرار در نجف، مجموعه ای از افراد را که قریب بیست نفر بودند زیر نظر داشت این افراد با تمام محیط خارج از نجف از نظر سیاسی در ارتباط بود و کارهای بیرون از نجف در رابطه با امام را هماهنگ می کرد و ایشان با تیزهوشی و تیزبینی خاصی که در مسائل سیاسی داشت ارتباط افراد با امام را تنظیم می کرد. ایام حج فرصت مناسبی بود که برای کسب اطلاعات و هدایت مبارزات و ارتباط گیری با یاران امام درایران استفاده کند لذا در سالهای تبعید در نجف دو دفعه به حج مشرف شد و چندین سفر به سوریه و لبنان برای بهره گیری از فضای ایجاد شده در جنوب لبنان داشت. ایشان در نجف طلاب را دعوت می کرد تا برای گذراندن دوره های آموزش نظامی و پارتیزانی به لبنان بروند و چریک مسلح شوند. 

سید مصطفی در کنار شرکت در درس امام، در حلقه دروس بزرگان حوزه نجف نیز حاضر می شد و با شرکت در مباحث و اشکال کردن به مطالب مطرح شده توسط اساتید مشارکتی فعال در بحث ها داشته باشد. این روش موجب می شد بزرگان نجف به جایگاه علمی و فقهی سید مصطفی و بالتبع قوت و قدرت علمی حضرت امام آشنا شوند. وی در این شهر در عالی ترین سطوح ، کرسی تدریس داشت و شاگردان بسیاری را تربیت کرد و از قوت علمی و توان تدریس فوق العاده ای برخوردار بود . وی علاوه بر فقه و اصول به تدریس تفسیر نیز اهتمام داشت و تفسیری جامع و نو را پایه گذاری کرد. این تفسیر از ویژگی های منحصر به فردی برخورداراست ولی تا آیه 46 سوره بقره بیشتر نیست و در پنج جلد به چاپ رسیده است. 

در نهایت اول آبان 1356 در شبی پاییزی به شکل مرموزانه ای واقعه ای رخ داد که سرآغازی شد به رستاخیز ملت ایران و برآمدن صبح پیروزی. در این روز فردی که حضرت امام او را امید آینده اسلام می دانست،  ناباورانه رخ در نقاب خاک کشید و با این دنیای فانی وداع کرد وداعی که پدر عارفش آن را از الطاف خفیفه خداوند خواند. پیکر آقا مصطفی به روی دستهای مردم و علمای نجف تشییع شده و حضرت آیت الله العظمی حاج سید ابوالقاسم خویی بر آن نماز خواند و سپس در حرم حضرت امیرالمؤمنین (ع) در آرامگاه علامه حلی به خاک سپرده شد.                                   

روحش شاد و نامش جاودان