اما آن رهبر خردمند و الهی با وضعیتی مواجه شد که حفظ مصلحت ملت و کشور و انقلاب حکم می­کرد با آتش­ بس موافقت کند و قطعنامه را بپذیرد. آیت الله هاشمی رفسنجانی(قدس سره) جلسه مسئولان عالی رتبه کشور با امام را چنین گزارش می کند:

«ما گفتیم الان دیگر راهی نمانده و نمی توانیم بجنگیم. با شرارت های هوایی، الان میدان دست عراق است که می تواند تهران را هم بمباران شیمیایی کند و شما نمی توانید کاری کنید. سپاه هم که می گوید نمی جنگم و تا پنج سال بعد اولین عملیات را می کنم، آن هم اگر تأمین کنید. این دیگر معنایی ندارد که شما کشور را اینگونه نگه دارید... [اما در مقابل] استدلال ایشان این بود که ... به مردم چه بگوییم. من گفتم این چاره دارد، من به عنوان جانشین شما حق دارم که بروم و قطعنامه را امضا کنم، چون شما همه اختیارات را به من دادید. من می روم و می پذیرم و بعد شما مرا محاکمه کنید و اگر لازم هم بود، اعدام کنید، اگر من یک نفر نباشم مهم نیست، اما کشور نجات پیدا می کند. ایشان تکان خوردند و حتی حرف قبلی را که زده بودند، تکرار نکردند و گفتند من موافقت می کنم و شما بروید مردم را توجیه کنید که مردم در جریان باشند و واقعیات را به مردم بگویید و بعد امضا می کنیم». (روزها و روزگاران سخت، دفتر دوم، ص 619)

ایشان در خاطرات روزنوشت 23/4/67 می نویسد:

«سران قوا و احمد آقا آمدند... بعد از کمی بحث، سیاست ختم جنگ مورد اتفاق نظر قرار گرفت و دسته جمعی برای پیشنهاد ختم جنگ خدمت امام رفتیم. نماز مغرب و عشاء را با امام خواندیم و به مذاکره نشستیم. جلسه بیش از یک ساعت طول کشید...  ایشان فرمودند راه حل چیست؟ همگی گفتیم ختم جنگ با پذیرش قطعنامه 598 با شکل دیگر. امام نگران عدم وفای دشمن بودند و ناراحتی مردم». (پایان دفاع آغاز بازسازی، ص 210)

ایشان در 26/4/67 می نویسد:

«اول قرار نبود که امام چیزی بنویسند و قرار بود که بعد از اعلان ما، امام هم تأیید کنند ولی تدبیر احمدآقا مؤثر واقع شد و امام پیام نوشتند: برای حل مشکلات احتمالی؛ احمدآقا کار بزرگی انجام داد». (همان، ص 216)

هاشمی رفسنجانی جلسه توجیه مسئولان و بزرگان کشور را چنین روایت می کند:

«به دفتر آیت الله خامنه ای رفتم، در جلسه ای که برای شنیدن و توجیه نظر امام در پذیرش آتش بس منعقد شده بود شرکت کردم. جمعی از نمایندگان مجلس و جمعی از وزراء و جمعی از اعضای شورای نگهبان و مجلس خبرگان و جامعه مدرسین و جمعی از نظامیان بودند. آقای خامنه ای به عنوان مدیر جلسه صحبت کوتاهی کردند و احمدآقا پیام امام را خواندند که مضمون آن عدم امید به پیروزی به این زودیها، بنا بر اعتراف فرماندهان نظامی سپاه و ارتش و درخواست امکانات زیادی برای جنگ بر اساس نامه فرمانده سپاه که دولت قادر به انجام آن نیست... [بوده است] سپس من با بیان مفصل، علل این تصمیم را توضیح دادم».(همان، ص 214)

در ماجرای قبول قطعنامه، از یک سو رهبری امام خمینی با مؤلفه های تکیه بر نظر کارشناسان و متخصصان و نیز متعهد بودن به حفظ مصلحت کشور و ملت، در مراحل تصمیم سازی و تصمیم گیری؛ درس آموز است و از سوی دیگر و در کنار آن، درس اخلاق بزرگی نیز در خود دارد. آیت الله هاشمی رفسنجانی در آن شرایط دشوار و برای حفظ موقعیت رهبری، به امام پیشنهاد کرده بود:

«من به عنوان فرمانده جنگ و جانشین شما، اعلام آتش بس می کنم. شما هم بعد از آن مرا محاکمه کنید و بگویید چرا این کار را کردید؟ یعنی دیگر دامن شما و دامن کل نظام را نمی گیرد، یک فرمانده این تصمیم را گرفته است؛ من هم اعتراضی نمی کنم چون به نظرم عمل کرده ام و حق هم داشتم که تصمیم بگیرم.

ایشان قدری نگاه کردند و با مهربانی گفتند نه، من این را قبول ندارم و نمی شود... حاج احمدآقا خبر دادند که امام به این نتیجه رسیدند که باید خودشان به عهده بگیرند و  اعلام کنند... بعد هم آن نامه معروف را نوشتند که یک نامه تاریخی است، حاج احمدآقا هم آمد و آن نامه را در جمع ما خواند». (روزهای و روزگاران سخت، دفتر دوم، ص 74-75)

اخلاص و اخلاق مداری امام خمینی در پاسخ به همسر گرامی و همراه دائمی ایشان شنیدنی است:

«پذیرش این قطعنامه همان گونه که خود حضرت امام(س) فرمود جام زهری بود که باید نوشیده می شد و این روز مسلماً یکی از روزهای سخت زندگی امام بود. اگر چه ایشان آنچه را انجام می داد بنا به مصلحت و از سر خیرخواهی و تکلیف الهی بود که این باور، کار را بر آن حضرت آسان می ساخت.

از قول آقای دکتر محمود بروجردی داماد امام شنیدم که گفته بود آن روز که این نظر امام اعلام شد، اکثر مسئولین شگفت زده شدند و اعضای دفتر امام چهره ای گرفته و افسرده داشتند و از اینکه امام پذیرش قطعنامه را خود شخصاً به عهده گرفته است متعجب بودند.

من در این شرایط حساس به دیدار خانم رفتم تا حالی از ایشان پرسیده باشم، وقتی خدمت شان رسیدم با کمال تعجب دیدم خانم لبخند رضایتی بر لب دارد، با لحن آرام و نشاط آور فرمود:

آقا محمود! امروز چندین بار شکر خدا را به جا آوردم که اگر در زندگی مشترک با آقا سختیهای زیادی کشیده ام اما همیشه مردانگی خاصی از ایشان دیده ام که واقعاً افسانه ای است، وقتی این روحیه را در آقا می بینم زندگی برایم شیرین می شود و تحمل سخیتها آسان می گردد. امروز هنگامی که خبر پذیرش قطعنامه را شنیدم از آقا سؤال کردم چرا شما خودتان مسئولیت پذیرش قطعنامه را به عهده گرفتید؛ چرا با پیشنهاد آقای هاشمی که گفته بود اجازه بدهید من اعلام کنم و تبعات آن را بپذیرم، شما قبول نکردید؟! آقا به من پاسخ داد یعنی من قهرمان شوم و دیگری قربانی؟ خانم از خدا بخواه این آخر عمری در چنین جهنمی نیفتم.

... و آنگاه خانم  این اشعار امام را زمزمه کرد:

الا یا ایهاالساقی ز می پر ساز جامم را

که از جانم فرو ریزد هوای ننگ و نامم را

از آن می ریز در جامم که جانم را فنا سازد

برون سازد ز هستی هسته نیرنگ و دامم را

از آن می ده که جانم را ز قید خود رها سازد

به خود گیرد زمامم را فرو ریزد مقامم را

از آن می ده که در خلوتگه رندان بی حرمت

بهم کوبد سجودم را بهم ریزد قیامم را

نبودی در حریم قدس گلرویان میخانه

که در هر روزنی آیم گلی گیرد لجامم را

روم در جرگه پیران از خود بی خبر شاید

برون سازند از جانم بمی افکار خامم را

تو ای پیک سبک باران دریای عدم از من

به دریادار آن وادی رسان مدح و سلامم را

به ساغر ختم کردم این عدم اندر عدم نامه

به پیر صومعه برگو ببین حسن ختامم را

(بانوان انقلاب خدیجه ای دیگر، ص 392-393)

بله این رهبر سیاسی که با دستان خالی ولی با قلبی مالامال از ایمان و توکل بر حضرت حق ـ تبارک و تعالی ـ برای اصلاح جان ها و جوامع قیام لله خود را آغاز کرد، در همان حالی که سیاست ورزی و تدبیر امور جامعه را انجام می دهد، سالکی است که مقامات و منازل سالکان کوی دوست را می پیماید و عارف کاملی است که دغدغه «حُسن ختام» را دارد و حاضر نیست دیگران «قربانی» شوند، تا او «قهرمان» شناخته شود!